Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G213100.2
Synonym Sb02g025566
Functional annotation zinc finger, C3HC4 type family protein, expressed
UniProt A0A1W0W590
Pfam PF01485
Panther DB PTHR11685 PTHR11685:SF145
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0016567; protein ubiquitination GO:0004842ubiquitin-protein transferase activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G53690 : RING/U-box superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os09g26470.1 : zinc finger, C3HC4 type family protein, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G135900 transferase family protein, putative, expressed -
2 Sobic.003G193600 expressed protein -
3 Sobic.009G095640 - -
4 Sobic.004G079600 - -
5 Sobic.005G054501 - -
6 Sobic.002G295600 - -
7 Sobic.007G051200 cytidylyltransferase domain containing protein, expressed K00968: choline-phosphate cytidylyltransferase
8 Sobic.005G125200 OsFBX313 - F-box domain containing protein, expressed -
9 Sobic.006G251100 powdery mildew resistant protein 5, putative, expressed -
10 Sobic.003G166001 - -
11 Sobic.008G129800 invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein, putative, expressed -
12 Sobic.003G192200 transporter family protein, putative, expressed -
13 Sobic.008G080700 CAMK_CAMK_like.46 - CAMK includes calcium/calmodulin depedent protein kinases, expressed K13412: calcium-dependent protein kinase
14 Sobic.002G165900 csAtPR5, putative, expressed -
15 Sobic.002G305800 expansin precursor, putative, expressed -
16 Sobic.007G133100 - -
17 Sobic.006G037100 expressed protein -
18 Sobic.008G131300 pectinesterase, putative, expressed K01051: pectinesterase
19 Sobic.003G400700 CAMK_CAMK_like.39 - CAMK includes calcium/calmodulin depedent protein kinases, expressed K13412: calcium-dependent protein kinase
20 Sobic.006G098900 pollen allergen Cyn d 23, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic002G213100 Sobic002G213100 Sobic001G135900 Sobic001G135900 Sobic002G213100--Sobic001G135900 Sobic003G193600 Sobic003G193600 Sobic002G213100--Sobic003G193600 Sobic009G095640 Sobic009G095640 Sobic002G213100--Sobic009G095640 Sobic004G079600 Sobic004G079600 Sobic002G213100--Sobic004G079600 Sobic005G054501 Sobic005G054501 Sobic002G213100--Sobic005G054501 Sobic002G295600 Sobic002G295600 Sobic002G213100--Sobic002G295600 Sobic007G051200 Sobic007G051200 Sobic002G213100--Sobic007G051200 Sobic005G125200 Sobic005G125200 Sobic002G213100--Sobic005G125200 Sobic006G251100 Sobic006G251100 Sobic002G213100--Sobic006G251100 Sobic001G135900--Sobic002G213100 Sobic001G135900--Sobic003G193600 Sobic001G135900--Sobic004G079600 Sobic001G135900--Sobic009G095640 Sobic001G135900--Sobic005G125200 Sobic003G192200 Sobic003G192200 Sobic001G135900--Sobic003G192200 Sobic001G135900--Sobic002G295600 Sobic001G135900--Sobic005G054501 Sobic001G135900--Sobic007G051200 Sobic003G193600--Sobic007G051200 Sobic008G129800 Sobic008G129800 Sobic003G193600--Sobic008G129800 Sobic003G193600--Sobic004G079600 Sobic002G122500 Sobic002G122500 Sobic003G193600--Sobic002G122500 Sobic003G193600--Sobic006G251100 Sobic002G305800 Sobic002G305800 Sobic003G193600--Sobic002G305800 Sobic004G163900 Sobic004G163900 Sobic003G193600--Sobic004G163900 Sobic008G080700 Sobic008G080700 Sobic003G193600--Sobic008G080700 Sobic008G131300 Sobic008G131300 Sobic003G193600--Sobic008G131300 Sobic009G095640--Sobic005G054501 Sobic010G257700 Sobic010G257700 Sobic009G095640--Sobic010G257700 Sobic002G165900 Sobic002G165900 Sobic009G095640--Sobic002G165900 Sobic007G133100 Sobic007G133100 Sobic009G095640--Sobic007G133100 Sobic010G246132 Sobic010G246132 Sobic009G095640--Sobic010G246132 Sobic009G089800 Sobic009G089800 Sobic009G095640--Sobic009G089800 Sobic006G244100 Sobic006G244100 Sobic009G095640--Sobic006G244100 Sobic003G379100 Sobic003G379100 Sobic009G095640--Sobic003G379100 Sobic009G095640--Sobic003G193600 Sobic003G166001 Sobic003G166001 Sobic004G079600--Sobic003G166001 Sobic004G079600--Sobic007G051200 Sobic004G079600--Sobic003G193600 Sobic004G079600--Sobic008G080700 Sobic006G098900 Sobic006G098900 Sobic004G079600--Sobic006G098900 Sobic004G079600--Sobic006G251100 Sobic004G079600--Sobic002G305800 Sobic006G037100 Sobic006G037100 Sobic004G079600--Sobic006G037100 Sobic004G080600 Sobic004G080600 Sobic004G079600--Sobic004G080600 Sobic005G054501--Sobic002G165900 Sobic005G054501--Sobic010G257700 Sobic005G054501--Sobic009G089800 Sobic005G054501--Sobic009G095640 Sobic005G054501--Sobic003G379100 Sobic008G190300 Sobic008G190300 Sobic005G054501--Sobic008G190300 Sobic002G100766 Sobic002G100766 Sobic005G054501--Sobic002G100766 Sobic004G078750 Sobic004G078750 Sobic005G054501--Sobic004G078750 Sobic003G226400 Sobic003G226400 Sobic005G054501--Sobic003G226400 Sobic002G295600--Sobic002G213100 Sobic002G295600--Sobic009G095640 Sobic002G295600--Sobic005G054501 Sobic002G295600--Sobic003G193600 Sobic002G295600--Sobic004G079600 Sobic002G295600--Sobic001G135900 Sobic002G295600--Sobic007G051200 Sobic002G295600--Sobic002G165900 Sobic002G295600--Sobic006G251100 Sobic007G051200--Sobic006G251100 Sobic007G051200--Sobic002G305800 Sobic007G051200--Sobic008G080700 Sobic002G236800 Sobic002G236800 Sobic007G051200--Sobic002G236800 Sobic007G051200--Sobic004G080600 Sobic007G051200--Sobic003G226400 Sobic007G051200--Sobic004G078750 Sobic007G051200--Sobic002G100766 Sobic007G051200--Sobic002G122500 Sobic001G160900 Sobic001G160900 Sobic005G125200--Sobic001G160900 Sobic004G338900 Sobic004G338900 Sobic005G125200--Sobic004G338900 Sobic002G160200 Sobic002G160200 Sobic005G125200--Sobic002G160200 Sobic009G044200 Sobic009G044200 Sobic005G125200--Sobic009G044200 Sobic006G099200 Sobic006G099200 Sobic005G125200--Sobic006G099200 Sobic005G125200--Sobic003G193600 Sobic005G027250 Sobic005G027250 Sobic005G125200--Sobic005G027250 Sobic007G204800 Sobic007G204800 Sobic005G125200--Sobic007G204800 Sobic005G125200--Sobic008G129800 Sobic006G251100--Sobic007G051200 Sobic006G251100--Sobic002G305800 Sobic006G251100--Sobic002G236800 Sobic006G251100--Sobic003G226400 Sobic006G251100--Sobic004G078750 Sobic006G251100--Sobic004G080600 Sobic006G251100--Sobic002G100766 Sobic006G251100--Sobic008G080700 Sobic006G251100--Sobic003G379100
Octagon: transcription factors


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