Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G380550.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A1W0W7B9
Pfam PF03055
Panther DB PTHR10543 PTHR10543:SF50
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G32810 : carotenoid cleavage dioxygenase 8
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g38580.1 : beta,beta-carotene 9,10-dioxygenase, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G083332 - -
2 Sobic.009G204501 - -
3 Sobic.003G056200 - -
4 Sobic.001G358366 - -
5 Sobic.001G171700 AT-rich interaction region, putative, expressed -
6 Sobic.004G126050 - -
7 Sobic.003G172966 - K05582: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K
8 Sobic.007G065000 proton-dependent oligopeptide transport, putative, expressed -
9 Sobic.001G530201 - -
10 Sobic.001G475950 - -
11 Sobic.008G040501 - -
12 Sobic.006G107700 OsMADS27 - MADS-box family gene with MIKCc type-box, expressed K09264: MADS-box transcription factor, plant
13 Sobic.002G159750 - -
14 Sobic.002G358450 - -
15 Sobic.001G278650 - -
16 Sobic.002G401533 - -
17 Sobic.009G097400 - -
18 Sobic.K032200 ATP synthase protein MI25, putative, expressed -
19 Sobic.001G331650 - -
20 Sobic.003G169100 photosystem II P680 chlorophyll A apoprotein, putative, expressed K02704: photosystem II CP47 chlorophyll apoprotein


Gene co-expression network
sample Sobic002G380550 Sobic002G380550 Sobic002G083332 Sobic002G083332 Sobic002G380550--Sobic002G083332 Sobic009G204501 Sobic009G204501 Sobic002G380550--Sobic009G204501 Sobic003G056200 Sobic003G056200 Sobic002G380550--Sobic003G056200 Sobic001G358366 Sobic001G358366 Sobic002G380550--Sobic001G358366 Sobic001G171700 Sobic001G171700 Sobic002G380550--Sobic001G171700 Sobic004G126050 Sobic004G126050 Sobic002G380550--Sobic004G126050 Sobic003G172966 Sobic003G172966 Sobic002G380550--Sobic003G172966 Sobic007G065000 Sobic007G065000 Sobic002G380550--Sobic007G065000 Sobic001G530201 Sobic001G530201 Sobic002G380550--Sobic001G530201 Sobic002G083332--Sobic001G530201 Sobic002G083332--Sobic002G380550 Sobic002G159750 Sobic002G159750 Sobic002G083332--Sobic002G159750 Sobic002G083332--Sobic003G056200 Sobic001G394532 Sobic001G394532 Sobic002G083332--Sobic001G394532 Sobic002G083332--Sobic001G358366 Sobic002G083332--Sobic009G204501 Sobic001G182700 Sobic001G182700 Sobic002G083332--Sobic001G182700 Sobic005G139900 Sobic005G139900 Sobic002G083332--Sobic005G139900 Sobic001G255866 Sobic001G255866 Sobic009G204501--Sobic001G255866 Sobic009G204501--Sobic003G056200 Sobic006G107700 Sobic006G107700 Sobic009G204501--Sobic006G107700 Sobic010G176000 Sobic010G176000 Sobic009G204501--Sobic010G176000 Sobic009G097400 Sobic009G097400 Sobic009G204501--Sobic009G097400 Sobic009G204501--Sobic003G172966 Sobic009G257000 Sobic009G257000 Sobic009G204501--Sobic009G257000 Sobic009G204501--Sobic002G083332 Sobic007G090433 Sobic007G090433 Sobic009G204501--Sobic007G090433 Sobic003G056200--Sobic003G172966 Sobic001G475950 Sobic001G475950 Sobic003G056200--Sobic001G475950 Sobic003G056200--Sobic006G107700 SobicK032200 SobicK032200 Sobic003G056200--SobicK032200 Sobic003G056200--Sobic004G126050 Sobic002G401533 Sobic002G401533 Sobic003G056200--Sobic002G401533 Sobic001G261444 Sobic001G261444 Sobic003G056200--Sobic001G261444 Sobic002G358450 Sobic002G358450 Sobic003G056200--Sobic002G358450 Sobic003G161900 Sobic003G161900 Sobic003G056200--Sobic003G161900 Sobic001G358366--Sobic007G065000 Sobic001G358366--Sobic002G083332 Sobic001G358366--Sobic002G159750 Sobic001G182900 Sobic001G182900 Sobic001G358366--Sobic001G182900 Sobic001G182800 Sobic001G182800 Sobic001G358366--Sobic001G182800 Sobic010G206600 Sobic010G206600 Sobic001G358366--Sobic010G206600 Sobic008G171200 Sobic008G171200 Sobic001G358366--Sobic008G171200 Sobic010G035600 Sobic010G035600 Sobic001G358366--Sobic010G035600 Sobic001G358366--Sobic001G394532 Sobic001G278650 Sobic001G278650 Sobic001G171700--Sobic001G278650 Sobic004G322650 Sobic004G322650 Sobic001G171700--Sobic004G322650 Sobic001G171700--Sobic008G171200 Sobic001G171700--Sobic010G176000 Sobic001G171700--Sobic009G204501 Sobic001G171700--Sobic002G380550 Sobic006G035200 Sobic006G035200 Sobic001G171700--Sobic006G035200 Sobic001G171700--Sobic001G358366 Sobic004G157050 Sobic004G157050 Sobic001G171700--Sobic004G157050 Sobic004G126050--Sobic003G172966 Sobic004G126050--SobicK032200 Sobic004G126050--Sobic001G475950 Sobic004G126050--Sobic003G056200 Sobic010G201332 Sobic010G201332 Sobic004G126050--Sobic010G201332 Sobic005G065800 Sobic005G065800 Sobic004G126050--Sobic005G065800 Sobic004G126050--Sobic002G358450 Sobic004G126050--Sobic001G261444 Sobic004G126050--Sobic006G107700 Sobic003G172966--Sobic003G056200 Sobic003G172966--SobicK032200 Sobic003G172966--Sobic004G126050 Sobic003G172966--Sobic001G475950 Sobic003G172966--Sobic006G107700 Sobic003G172966--Sobic009G097400 Sobic003G172966--Sobic001G261444 Sobic007G200700 Sobic007G200700 Sobic003G172966--Sobic007G200700 Sobic004G115100 Sobic004G115100 Sobic003G172966--Sobic004G115100 Sobic007G065000--Sobic010G035600 Sobic003G169000 Sobic003G169000 Sobic007G065000--Sobic003G169000 Sobic003G169100 Sobic003G169100 Sobic007G065000--Sobic003G169100 Sobic003G369533 Sobic003G369533 Sobic007G065000--Sobic003G369533 SobicK029400 SobicK029400 Sobic007G065000--SobicK029400 Sobic007G145801 Sobic007G145801 Sobic007G065000--Sobic007G145801 Sobic007G065000--Sobic010G206600 Sobic003G352000 Sobic003G352000 Sobic007G065000--Sobic003G352000 Sobic003G168200 Sobic003G168200 Sobic007G065000--Sobic003G168200 Sobic003G169200 Sobic003G169200 Sobic001G530201--Sobic003G169200 Sobic001G530201--Sobic005G139900 Sobic001G530201--Sobic002G083332 Sobic001G530201--Sobic001G394532 Sobic001G530201--Sobic010G206600 Sobic003G172600 Sobic003G172600 Sobic001G530201--Sobic003G172600 Sobic001G230050 Sobic001G230050 Sobic001G530201--Sobic001G230050 Sobic001G530201--Sobic001G182700 SobicK032300 SobicK032300 Sobic001G530201--SobicK032300
Octagon: transcription factors


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