Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G251000.1
Synonym Sb04g029050
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during dark-induced senescence. (PubMedID : 27586543)
RING finger protein, putative, expressed
UniProt C5XZD5
Pfam PF13639
Panther DB PTHR14155 PTHR14155:SF103
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0008270; zinc ion binding GO:0005515protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G30370 : RING/U-box superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g49710.1 : RING finger protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.006G064500 - -
2 Sobic.008G112000 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase homolog 4, putative, expressed -
3 Sobic.002G259900 expressed protein -
4 Sobic.003G443601 - -
5 Sobic.007G138200 zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein, putative, expressed -
6 Sobic.003G196500 - -
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8 Sobic.003G283000 expressed protein -
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11 Sobic.005G031901 - -
12 Sobic.005G048100 - -
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15 Sobic.010G210050 - -
16 Sobic.001G515350 - -
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18 Sobic.002G244901 - -
19 Sobic.004G095400 calcium-binding EF hand family protein, putative, expressed -
20 Sobic.008G139250 - -


Gene co-expression network
sample Sobic004G251000 Sobic004G251000 Sobic006G064500 Sobic006G064500 Sobic004G251000--Sobic006G064500 Sobic008G112000 Sobic008G112000 Sobic004G251000--Sobic008G112000 Sobic002G259900 Sobic002G259900 Sobic004G251000--Sobic002G259900 Sobic003G443601 Sobic003G443601 Sobic004G251000--Sobic003G443601 Sobic007G138200 Sobic007G138200 Sobic004G251000--Sobic007G138200 Sobic003G196500 Sobic003G196500 Sobic004G251000--Sobic003G196500 Sobic006G151100 Sobic006G151100 Sobic004G251000--Sobic006G151100 Sobic003G283000 Sobic003G283000 Sobic004G251000--Sobic003G283000 Sobic010G196433 Sobic010G196433 Sobic004G251000--Sobic010G196433 Sobic006G031600 Sobic006G031600 Sobic006G064500--Sobic006G031600 Sobic007G156300 Sobic007G156300 Sobic006G064500--Sobic007G156300 Sobic003G392500 Sobic003G392500 Sobic006G064500--Sobic003G392500 Sobic001G326000 Sobic001G326000 Sobic006G064500--Sobic001G326000 Sobic003G189466 Sobic003G189466 Sobic006G064500--Sobic003G189466 Sobic005G112066 Sobic005G112066 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Octagon: transcription factors


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