Gene annotation
Transcriptome id Sobic.007G220100.1
Synonym RGLG2, Sb07g028640
Functional annotation copine, putative, expressed
UniProt A0A1B6PJ50
Pfam PF13920 PF07002
Panther DB PTHR10857 PTHR10857:SF53
NCBI CDD KOG4172; Predicted E3 ubiquitin ligase
KEGG Orthology K16280; E3 ubiquitin-protein ligase RGLG
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G14420 : RING domain ligase2
RAP-DB (Rice) LOC_Os08g38600.1 : copine, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium KQJ98797 , KQJ98796 , KQJ98798
Barley HORVU7Hr1G048620.37 , HORVU7Hr1G048620.36 , HORVU7Hr1G048620.35 , HORVU7Hr1G048620.34 , HORVU7Hr1G048620.33 , HORVU7Hr1G048620.32 , HORVU7Hr1G048620.31 , HORVU7Hr1G048620.30 , HORVU7Hr1G048620.9 , HORVU7Hr1G048620.8 , HORVU7Hr1G048620.5 , HORVU7Hr1G048620.4 , HORVU7Hr1G048620.7 , HORVU7Hr1G048620.6 , HORVU7Hr1G048620.1 , HORVU7Hr1G048620.3 , HORVU7Hr1G048620.2 , HORVU7Hr1G048620.24 , HORVU7Hr1G048620.25 , HORVU7Hr1G048620.26 , HORVU7Hr1G048620.27 , HORVU7Hr1G048620.20 , HORVU7Hr1G048620.21 , HORVU7Hr1G048620.22 , HORVU7Hr1G048620.23 , HORVU7Hr1G048620.28 , HORVU7Hr1G048620.29 , HORVU7Hr1G048620.14 , HORVU7Hr1G048620.19 , HORVU7Hr1G048620.18 , HORVU7Hr1G048620.11 , HORVU7Hr1G048620.10 , HORVU7Hr1G048620.13 , HORVU7Hr1G048620.12 , HORVU7Hr1G048620.15 , HORVU7Hr1G048620.17 , HORVU7Hr1G048620.16
Wheat TraesCS7B02G134400
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G029700 ELM2 domain containing protein, putative, expressed -
2 Sobic.002G300800 - -
3 Sobic.002G069800 OsFBX221 - F-box domain containing protein, expressed -
4 Sobic.005G035500 expressed protein -
5 Sobic.010G111400 myb-like DNA-binding domain, SHAQKYF class family protein, expressed -
6 Sobic.008G064100 flavin monooxygenase, putative, expressed K11816: indole-3-pyruvate monooxygenase
7 Sobic.009G051201 - -
8 Sobic.002G116700 thaumatin, putative, expressed -
9 Sobic.004G126900 expressed protein -
10 Sobic.002G086500 alpha-1,2-fucosidase, putative, expressed K15923: AXY8, FUC95A, alpha-L-fucosidase 2
11 Sobic.003G076400 ZOS1-07 - C2H2 zinc finger protein, expressed -
12 Sobic.007G069800 expressed protein -
13 Sobic.003G213100 AAA-type ATPase family protein, putative, expressed -
14 Sobic.003G325800 ATP-binding region, ATPase-like domain containing protein, expressed -
15 Sobic.007G025100 expressed protein -
16 Sobic.008G069200 OsMADS13 - MADS-box family gene with MIKCc type-box, expressed -
17 Sobic.002G059500 OsFBX237 - F-box domain containing protein, expressed -
18 Sobic.002G058900 OsFBX237 - F-box domain containing protein, expressed -
19 Sobic.002G101200 zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed K10638: UHRF1, E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
20 Sobic.005G052100 expressed protein -


Gene co-expression network
sample Sobic007G220100 Sobic007G220100 Sobic001G029700 Sobic001G029700 Sobic007G220100--Sobic001G029700 Sobic002G300800 Sobic002G300800 Sobic007G220100--Sobic002G300800 Sobic002G069800 Sobic002G069800 Sobic007G220100--Sobic002G069800 Sobic005G035500 Sobic005G035500 Sobic007G220100--Sobic005G035500 Sobic010G111400 Sobic010G111400 Sobic007G220100--Sobic010G111400 Sobic008G064100 Sobic008G064100 Sobic007G220100--Sobic008G064100 Sobic009G051201 Sobic009G051201 Sobic007G220100--Sobic009G051201 Sobic002G116700 Sobic002G116700 Sobic007G220100--Sobic002G116700 Sobic004G126900 Sobic004G126900 Sobic007G220100--Sobic004G126900 Sobic001G029700--Sobic002G300800 Sobic001G029700--Sobic010G111400 Sobic003G076400 Sobic003G076400 Sobic001G029700--Sobic003G076400 Sobic001G029700--Sobic005G035500 Sobic007G025100 Sobic007G025100 Sobic001G029700--Sobic007G025100 Sobic002G300900 Sobic002G300900 Sobic001G029700--Sobic002G300900 Sobic007G131100 Sobic007G131100 Sobic001G029700--Sobic007G131100 Sobic008G184000 Sobic008G184000 Sobic001G029700--Sobic008G184000 Sobic001G029700--Sobic002G116700 Sobic002G300800--Sobic001G029700 Sobic002G300800--Sobic007G025100 Sobic002G007300 Sobic002G007300 Sobic002G300800--Sobic002G007300 Sobic002G300800--Sobic002G300900 Sobic002G300800--Sobic007G131100 Sobic001G297700 Sobic001G297700 Sobic002G300800--Sobic001G297700 Sobic002G300800--Sobic008G184000 Sobic010G035000 Sobic010G035000 Sobic002G300800--Sobic010G035000 Sobic006G105300 Sobic006G105300 Sobic002G300800--Sobic006G105300 Sobic003G213100 Sobic003G213100 Sobic002G069800--Sobic003G213100 Sobic005G003100 Sobic005G003100 Sobic002G069800--Sobic005G003100 Sobic002G069800--Sobic009G051201 Sobic005G052100 Sobic005G052100 Sobic002G069800--Sobic005G052100 Sobic007G069800 Sobic007G069800 Sobic002G069800--Sobic007G069800 Sobic002G069800--Sobic005G035500 Sobic003G225800 Sobic003G225800 Sobic002G069800--Sobic003G225800 Sobic005G197000 Sobic005G197000 Sobic002G069800--Sobic005G197000 Sobic002G217000 Sobic002G217000 Sobic002G069800--Sobic002G217000 Sobic002G059500 Sobic002G059500 Sobic005G035500--Sobic002G059500 Sobic006G040101 Sobic006G040101 Sobic005G035500--Sobic006G040101 Sobic005G035500--Sobic007G025100 Sobic005G035500--Sobic002G300900 Sobic006G004100 Sobic006G004100 Sobic005G035500--Sobic006G004100 Sobic005G035500--Sobic010G111400 Sobic002G058900 Sobic002G058900 Sobic005G035500--Sobic002G058900 Sobic005G035500--Sobic007G131100 Sobic003G266100 Sobic003G266100 Sobic005G035500--Sobic003G266100 Sobic010G111400--Sobic003G076400 Sobic010G111400--Sobic005G035500 Sobic010G111400--Sobic001G029700 Sobic010G111400--Sobic007G025100 Sobic010G111400--Sobic002G059500 Sobic010G111400--Sobic002G300900 Sobic010G111400--Sobic002G058900 Sobic010G111400--Sobic006G040101 Sobic009G139500 Sobic009G139500 Sobic010G111400--Sobic009G139500 Sobic008G082300 Sobic008G082300 Sobic008G064100--Sobic008G082300 Sobic008G064100--Sobic007G131100 Sobic002G358000 Sobic002G358000 Sobic008G064100--Sobic002G358000 Sobic008G064100--Sobic005G035500 Sobic005G178200 Sobic005G178200 Sobic008G064100--Sobic005G178200 Sobic008G188200 Sobic008G188200 Sobic008G064100--Sobic008G188200 Sobic008G064100--Sobic007G025100 Sobic003G415300 Sobic003G415300 Sobic008G064100--Sobic003G415300 Sobic008G069200 Sobic008G069200 Sobic008G064100--Sobic008G069200 Sobic009G051201--Sobic003G213100 Sobic009G051201--Sobic003G225800 Sobic002G101200 Sobic002G101200 Sobic009G051201--Sobic002G101200 Sobic009G051201--Sobic002G217000 Sobic009G051201--Sobic005G197000 Sobic009G051201--Sobic002G069800 Sobic009G051201--Sobic005G003100 Sobic007G209700 Sobic007G209700 Sobic009G051201--Sobic007G209700 Sobic009G013200 Sobic009G013200 Sobic009G051201--Sobic009G013200 Sobic002G116700--Sobic008G069200 Sobic002G116700--Sobic001G029700 Sobic002G116700--Sobic008G188200 Sobic002G116700--Sobic008G064100 Sobic002G116700--Sobic007G131100 Sobic002G116700--Sobic008G082300 Sobic002G116700--Sobic002G300800 Sobic002G116700--Sobic007G025100 Sobic002G116700--Sobic010G111400 Sobic006G077800 Sobic006G077800 Sobic004G126900--Sobic006G077800 Sobic010G137600 Sobic010G137600 Sobic004G126900--Sobic010G137600 Sobic004G126900--Sobic008G069200 Sobic004G126900--Sobic001G029700 Sobic004G126900--Sobic003G076400 Sobic004G090500 Sobic004G090500 Sobic004G126900--Sobic004G090500 Sobic007G083900 Sobic007G083900 Sobic004G126900--Sobic007G083900 Sobic008G012000 Sobic008G012000 Sobic004G126900--Sobic008G012000 Sobic004G126900--Sobic002G116700
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.