Gene annotation
Transcriptome id Sobic.008G075300.1
Synonym SMC1, Sb08g006780, ATSMC1, TTN8
Functional annotation RecF/RecN/SMC N terminal domain containing protein, expressed
UniProt C5YTP9
Pfam -
Panther DB PTHR18937 PTHR18937:SF177
NCBI CDD KOG0018; Structural maintenance of chromosome protein 1 (sister chromatid cohesion complex Cohesin, subunit SMC1)
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G54670 : Structural maintenance of chromosomes (SMC) family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os12g44390.1 : RecF/RecN/SMC N terminal domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a005485
Brachypodium KQJ94723 , KQJ94724 , PNT66474
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.006G235650 - -
2 Sobic.010G100432 - -
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4 Sobic.002G094500 cytochrome P450, putative, expressed -
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7 Sobic.004G036200 SAM dependent carboxyl methyltransferase, putative, expressed -
8 Sobic.006G033380 - -
9 Sobic.001G246300 MBTB2 - Bric-a-Brac, Tramtrack, Broad Complex BTB domain with Meprin and TRAF Homology MATH domain, expressed K10523: speckle-type POZ protein
10 Sobic.002G171700 - -
11 Sobic.002G128400 WRKY115, expressed -
12 Sobic.002G318900 expressed protein -
13 Sobic.008G049000 diacylglycerol O-acyltransferase, putative, expressed -
14 Sobic.008G167100 cycloartenol synthase, putative, expressed -
15 Sobic.005G148400 OsFBX404 - F-box domain containing protein, expressed -
16 Sobic.010G193400 GDSL-like lipase/acylhydrolase, putative, expressed -
17 Sobic.008G091900 - -
18 Sobic.006G132200 CHIT3 - Chitinase family protein precursor, expressed K01183: chitinase
19 Sobic.002G120501 - -
20 Sobic.004G266300 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@tetratricopeptide-like helical, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic008G075300 Sobic008G075300 Sobic006G235650 Sobic006G235650 Sobic008G075300--Sobic006G235650 Sobic010G100432 Sobic010G100432 Sobic008G075300--Sobic010G100432 Sobic004G291600 Sobic004G291600 Sobic008G075300--Sobic004G291600 Sobic002G094500 Sobic002G094500 Sobic008G075300--Sobic002G094500 Sobic004G166301 Sobic004G166301 Sobic008G075300--Sobic004G166301 Sobic003G090500 Sobic003G090500 Sobic008G075300--Sobic003G090500 Sobic004G036200 Sobic004G036200 Sobic008G075300--Sobic004G036200 Sobic006G033380 Sobic006G033380 Sobic008G075300--Sobic006G033380 Sobic001G246300 Sobic001G246300 Sobic008G075300--Sobic001G246300 Sobic006G235650--Sobic010G100432 Sobic006G235650--Sobic004G166301 Sobic006G235650--Sobic006G033380 Sobic002G120501 Sobic002G120501 Sobic006G235650--Sobic002G120501 Sobic002G128400 Sobic002G128400 Sobic006G235650--Sobic002G128400 Sobic007G104300 Sobic007G104300 Sobic006G235650--Sobic007G104300 Sobic003G164000 Sobic003G164000 Sobic006G235650--Sobic003G164000 Sobic008G167100 Sobic008G167100 Sobic006G235650--Sobic008G167100 Sobic006G235650--Sobic003G090500 Sobic010G100432--Sobic006G235650 Sobic010G100432--Sobic004G166301 Sobic010G100432--Sobic006G033380 Sobic010G100432--Sobic002G120501 Sobic010G100432--Sobic002G128400 Sobic010G100432--Sobic007G104300 Sobic010G100432--Sobic003G164000 Sobic010G100432--Sobic008G167100 Sobic010G100432--Sobic003G090500 Sobic004G197100 Sobic004G197100 Sobic004G291600--Sobic004G197100 Sobic004G291600--Sobic001G246300 Sobic002G065800 Sobic002G065800 Sobic004G291600--Sobic002G065800 Sobic008G182400 Sobic008G182400 Sobic004G291600--Sobic008G182400 Sobic004G291600--Sobic004G166301 Sobic004G291600--Sobic004G036200 Sobic002G065500 Sobic002G065500 Sobic004G291600--Sobic002G065500 Sobic004G291600--Sobic006G033380 Sobic010G020200 Sobic010G020200 Sobic004G291600--Sobic010G020200 Sobic001G164200 Sobic001G164200 Sobic002G094500--Sobic001G164200 Sobic001G182300 Sobic001G182300 Sobic002G094500--Sobic001G182300 Sobic008G049000 Sobic008G049000 Sobic002G094500--Sobic008G049000 Sobic008G013900 Sobic008G013900 Sobic002G094500--Sobic008G013900 Sobic003G219000 Sobic003G219000 Sobic002G094500--Sobic003G219000 Sobic005G043400 Sobic005G043400 Sobic002G094500--Sobic005G043400 Sobic007G129401 Sobic007G129401 Sobic002G094500--Sobic007G129401 Sobic009G026400 Sobic009G026400 Sobic002G094500--Sobic009G026400 Sobic007G066050 Sobic007G066050 Sobic002G094500--Sobic007G066050 Sobic004G166301--Sobic006G235650 Sobic004G166301--Sobic010G100432 Sobic004G166301--Sobic007G104300 Sobic004G166301--Sobic006G033380 Sobic004G166301--Sobic008G167100 Sobic002G023400 Sobic002G023400 Sobic004G166301--Sobic002G023400 Sobic004G166301--Sobic002G128400 Sobic005G148400 Sobic005G148400 Sobic004G166301--Sobic005G148400 Sobic002G144025 Sobic002G144025 Sobic004G166301--Sobic002G144025 Sobic002G017000 Sobic002G017000 Sobic003G090500--Sobic002G017000 Sobic002G007600 Sobic002G007600 Sobic003G090500--Sobic002G007600 Sobic003G090500--Sobic008G167100 Sobic005G162300 Sobic005G162300 Sobic003G090500--Sobic005G162300 Sobic003G090500--Sobic002G023400 Sobic003G090500--Sobic002G120501 Sobic006G085200 Sobic006G085200 Sobic003G090500--Sobic006G085200 Sobic005G054300 Sobic005G054300 Sobic004G036200--Sobic005G054300 Sobic004G196500 Sobic004G196500 Sobic004G036200--Sobic004G196500 Sobic004G036200--Sobic009G026400 Sobic009G004700 Sobic009G004700 Sobic004G036200--Sobic009G004700 Sobic003G422000 Sobic003G422000 Sobic004G036200--Sobic003G422000 Sobic010G068200 Sobic010G068200 Sobic004G036200--Sobic010G068200 Sobic005G054600 Sobic005G054600 Sobic004G036200--Sobic005G054600 Sobic005G212600 Sobic005G212600 Sobic004G036200--Sobic005G212600 Sobic005G210300 Sobic005G210300 Sobic004G036200--Sobic005G210300 Sobic006G033380--Sobic004G166301 Sobic006G033380--Sobic006G235650 Sobic006G033380--Sobic010G100432 Sobic004G346200 Sobic004G346200 Sobic006G033380--Sobic004G346200 Sobic007G087900 Sobic007G087900 Sobic006G033380--Sobic007G087900 Sobic006G033380--Sobic007G104300 Sobic006G033380--Sobic004G291600 Sobic009G116400 Sobic009G116400 Sobic006G033380--Sobic009G116400 Sobic006G033380--Sobic005G148400 Sobic002G212601 Sobic002G212601 Sobic001G246300--Sobic002G212601 Sobic005G145950 Sobic005G145950 Sobic001G246300--Sobic005G145950 Sobic009G162401 Sobic009G162401 Sobic001G246300--Sobic009G162401 Sobic001G246300--Sobic002G128400 Sobic001G246300--Sobic004G291600 Sobic006G099600 Sobic006G099600 Sobic001G246300--Sobic006G099600 Sobic001G246300--Sobic002G065800 Sobic002G212700 Sobic002G212700 Sobic001G246300--Sobic002G212700 Sobic001G246300--Sobic006G235650
Octagon: transcription factors


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