Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G054901.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A1W0W2D8
Pfam -
Panther DB PTHR35700
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G14615 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g08410.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G281750 - -
2 Sobic.008G153900 helix-loop-helix DNA-binding domain containing protein, expressed -
3 Sobic.003G188900 expressed protein -
4 Sobic.002G284600 "domain confirmed by Pfam database, expression not supported"(PubMedID : 20499123)@SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@OsSAUR39 - Auxin-responsive SAUR gene family member, expressed -
5 Sobic.009G237350 - -
6 Sobic.008G100950 - -
7 Sobic.007G141001 - -
8 Sobic.010G103000 expressed protein -
9 Sobic.004G131350 - -
10 Sobic.004G338400 "TH1(Ortholog in rice:Li et al., 2012)"(PubMedID : 31659894)@DUF640 domain containing protein, putative, expressed -
11 Sobic.006G053500 expressed protein K10990: RMI1, RecQ-mediated genome instability protein 1
12 Sobic.010G091366 - -
13 Sobic.002G213050 - -
14 Sobic.007G075200 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@bifunctional purine biosynthesis protein purH, putative, expressed K00602: phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase / IMP cyclohydrolase
15 Sobic.006G234000 expressed protein -
16 Sobic.007G069750 - -
17 Sobic.001G112300 OsCam3 - Calmodulin, expressed K02183: calmodulin
18 Sobic.004G078400 leucine-rich repeat receptor protein kinase EXS precursor, putative, expressed -
19 Sobic.005G199500 OsFBL58 - F-box domain and LRR containing protein, expressed -
20 Sobic.003G399900 pentatricopeptide repeat protein PPR1106-17, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic002G054901 Sobic002G054901 Sobic004G281750 Sobic004G281750 Sobic002G054901--Sobic004G281750 Sobic008G153900 Sobic008G153900 Sobic002G054901--Sobic008G153900 Sobic003G188900 Sobic003G188900 Sobic002G054901--Sobic003G188900 Sobic002G284600 Sobic002G284600 Sobic002G054901--Sobic002G284600 Sobic009G237350 Sobic009G237350 Sobic002G054901--Sobic009G237350 Sobic008G100950 Sobic008G100950 Sobic002G054901--Sobic008G100950 Sobic007G141001 Sobic007G141001 Sobic002G054901--Sobic007G141001 Sobic010G103000 Sobic010G103000 Sobic002G054901--Sobic010G103000 Sobic004G131350 Sobic004G131350 Sobic002G054901--Sobic004G131350 Sobic001G472900 Sobic001G472900 Sobic004G281750--Sobic001G472900 Sobic001G418300 Sobic001G418300 Sobic004G281750--Sobic001G418300 Sobic006G018500 Sobic006G018500 Sobic004G281750--Sobic006G018500 Sobic005G199500 Sobic005G199500 Sobic004G281750--Sobic005G199500 Sobic002G213050 Sobic002G213050 Sobic004G281750--Sobic002G213050 Sobic003G076300 Sobic003G076300 Sobic004G281750--Sobic003G076300 Sobic007G075200 Sobic007G075200 Sobic004G281750--Sobic007G075200 Sobic007G069750 Sobic007G069750 Sobic004G281750--Sobic007G069750 Sobic010G129900 Sobic010G129900 Sobic004G281750--Sobic010G129900 Sobic008G153900--Sobic007G141001 Sobic004G082200 Sobic004G082200 Sobic008G153900--Sobic004G082200 Sobic006G053500 Sobic006G053500 Sobic008G153900--Sobic006G053500 Sobic004G019900 Sobic004G019900 Sobic008G153900--Sobic004G019900 Sobic003G091100 Sobic003G091100 Sobic008G153900--Sobic003G091100 Sobic008G153900--Sobic004G131350 Sobic010G091366 Sobic010G091366 Sobic008G153900--Sobic010G091366 Sobic001G218701 Sobic001G218701 Sobic008G153900--Sobic001G218701 Sobic001G272300 Sobic001G272300 Sobic008G153900--Sobic001G272300 Sobic003G188900--Sobic010G103000 Sobic004G078400 Sobic004G078400 Sobic003G188900--Sobic004G078400 Sobic001G112300 Sobic001G112300 Sobic003G188900--Sobic001G112300 Sobic003G188900--Sobic002G213050 Sobic004G089600 Sobic004G089600 Sobic003G188900--Sobic004G089600 Sobic003G188900--Sobic007G069750 Sobic006G155400 Sobic006G155400 Sobic003G188900--Sobic006G155400 Sobic007G202000 Sobic007G202000 Sobic003G188900--Sobic007G202000 Sobic006G123600 Sobic006G123600 Sobic003G188900--Sobic006G123600 Sobic002G284600--Sobic009G237350 Sobic008G178300 Sobic008G178300 Sobic002G284600--Sobic008G178300 Sobic008G178200 Sobic008G178200 Sobic002G284600--Sobic008G178200 Sobic003G395600 Sobic003G395600 Sobic002G284600--Sobic003G395600 Sobic002G284600--Sobic002G054901 Sobic003G009501 Sobic003G009501 Sobic002G284600--Sobic003G009501 Sobic004G087200 Sobic004G087200 Sobic002G284600--Sobic004G087200 Sobic003G311250 Sobic003G311250 Sobic002G284600--Sobic003G311250 Sobic010G222600 Sobic010G222600 Sobic002G284600--Sobic010G222600 Sobic009G237350--Sobic008G178200 Sobic009G237350--Sobic008G178300 Sobic009G237350--Sobic002G284600 Sobic009G237350--Sobic008G100950 Sobic009G237350--Sobic010G091366 Sobic009G237350--Sobic008G153900 Sobic004G338400 Sobic004G338400 Sobic009G237350--Sobic004G338400 Sobic009G237350--Sobic002G054901 Sobic003G316400 Sobic003G316400 Sobic009G237350--Sobic003G316400 Sobic008G100950--Sobic009G237350 Sobic008G100950--Sobic004G338400 Sobic006G197500 Sobic006G197500 Sobic008G100950--Sobic006G197500 Sobic008G100950--Sobic002G054901 Sobic008G100950--Sobic010G091366 Sobic008G100950--Sobic006G053500 Sobic003G399900 Sobic003G399900 Sobic008G100950--Sobic003G399900 Sobic008G100950--Sobic008G153900 Sobic008G100950--Sobic004G131350 Sobic007G141001--Sobic001G218701 Sobic008G154000 Sobic008G154000 Sobic007G141001--Sobic008G154000 Sobic007G141001--Sobic003G091100 Sobic007G141001--Sobic001G272300 Sobic010G103000--Sobic007G075200 Sobic006G261000 Sobic006G261000 Sobic010G103000--Sobic006G261000 Sobic010G103000--Sobic002G213050 Sobic001G528000 Sobic001G528000 Sobic010G103000--Sobic001G528000 Sobic010G103000--Sobic004G078400 Sobic003G049100 Sobic003G049100 Sobic010G103000--Sobic003G049100 Sobic010G103000--Sobic003G188900 Sobic010G103000--Sobic006G053500 Sobic010G103000--Sobic005G199500 Sobic004G131350--Sobic008G153900 Sobic004G131350--Sobic006G053500 Sobic004G131350--Sobic010G091366 Sobic001G318366 Sobic001G318366 Sobic004G131350--Sobic001G318366 Sobic004G131350--Sobic004G082200 Sobic004G131350--Sobic007G141001 Sobic004G131350--Sobic004G338400 Sobic001G041450 Sobic001G041450 Sobic004G131350--Sobic001G041450 Sobic005G156800 Sobic005G156800 Sobic004G131350--Sobic005G156800
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.