Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G138400.1
Synonym Sb02g012560
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence. (PubMedID : 27586543)
pectinesterase, putative, expressed
UniProt A0A1B6QB47
Pfam PF01095
Panther DB PTHR31321 PTHR31321:SF24
NCBI CDD -
KEGG Orthology K01051; pectinesterase
Gene Ontology GO:0005618; cell wall


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G36710 : Pectin lyase-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os09g39760.1 : pectinesterase, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a046050
Brachypodium KQJ83962 , KQJ91587
Barley HORVU2Hr1G097380.3 , HORVU2Hr1G097380.2 , HORVU2Hr1G097380.1 , HORVU2Hr1G097380.5 , HORVU2Hr1G097380.4 , HORVU7Hr1G076580.1
Wheat TraesCS2B02G431700 , TraesCS2D02G099900 , TraesCS2A02G100400 , TraesCS2D02G409900 , TraesCS2B02G117500 , TraesCS2A02G412600
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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G064901 - -
2 Sobic.009G102250 - -
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9 Sobic.003G169100 photosystem II P680 chlorophyll A apoprotein, putative, expressed K02704: photosystem II CP47 chlorophyll apoprotein
10 Sobic.006G124800 - -
11 Sobic.001G530201 - -
12 Sobic.004G032200 cytidylyltransferase domain containing protein, expressed K02201: pantetheine-phosphate adenylyltransferase
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16 Sobic.002G083332 - -
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18 Sobic.001G502801 - -
19 Sobic.001G270800 ras-related protein, putative, expressed K07933: Rab-like protein 3
20 Sobic.004G107550 - -


Gene co-expression network
sample Sobic002G138400 Sobic002G138400 Sobic003G064901 Sobic003G064901 Sobic002G138400--Sobic003G064901 Sobic009G102250 Sobic009G102250 Sobic002G138400--Sobic009G102250 Sobic001G487900 Sobic001G487900 Sobic002G138400--Sobic001G487900 Sobic001G182700 Sobic001G182700 Sobic002G138400--Sobic001G182700 Sobic001G075500 Sobic001G075500 Sobic002G138400--Sobic001G075500 Sobic006G016950 Sobic006G016950 Sobic002G138400--Sobic006G016950 Sobic009G143750 Sobic009G143750 Sobic002G138400--Sobic009G143750 Sobic004G111200 Sobic004G111200 Sobic002G138400--Sobic004G111200 Sobic003G169100 Sobic003G169100 Sobic002G138400--Sobic003G169100 Sobic003G064901--Sobic009G102250 Sobic003G064901--Sobic002G138400 Sobic004G091900 Sobic004G091900 Sobic003G064901--Sobic004G091900 Sobic001G270800 Sobic001G270800 Sobic003G064901--Sobic001G270800 Sobic001G167000 Sobic001G167000 Sobic003G064901--Sobic001G167000 Sobic003G064901--Sobic001G182700 Sobic004G032200 Sobic004G032200 Sobic003G064901--Sobic004G032200 Sobic007G137501 Sobic007G137501 Sobic003G064901--Sobic007G137501 Sobic001G182800 Sobic001G182800 Sobic003G064901--Sobic001G182800 Sobic009G102250--Sobic003G064901 Sobic009G102250--Sobic002G138400 Sobic009G102250--Sobic004G032200 Sobic009G102250--Sobic001G167000 Sobic009G102250--Sobic004G111200 Sobic009G102250--Sobic001G182700 Sobic010G196466 Sobic010G196466 Sobic009G102250--Sobic010G196466 Sobic009G102250--Sobic001G270800 Sobic009G102250--Sobic001G182800 Sobic001G487900--Sobic009G143750 Sobic001G487900--Sobic001G075500 Sobic006G124800 Sobic006G124800 Sobic001G487900--Sobic006G124800 Sobic004G210400 Sobic004G210400 Sobic001G487900--Sobic004G210400 Sobic003G172600 Sobic003G172600 Sobic001G487900--Sobic003G172600 Sobic001G487900--Sobic003G169100 SobicK032300 SobicK032300 Sobic001G487900--SobicK032300 Sobic007G207100 Sobic007G207100 Sobic001G487900--Sobic007G207100 Sobic010G139200 Sobic010G139200 Sobic001G487900--Sobic010G139200 Sobic001G182700--Sobic001G182800 Sobic001G530201 Sobic001G530201 Sobic001G182700--Sobic001G530201 Sobic001G182700--Sobic006G124800 Sobic005G139750 Sobic005G139750 Sobic001G182700--Sobic005G139750 Sobic010G206600 Sobic010G206600 Sobic001G182700--Sobic010G206600 Sobic001G182700--SobicK032300 Sobic007G145801 Sobic007G145801 Sobic001G182700--Sobic007G145801 Sobic004G077700 Sobic004G077700 Sobic001G182700--Sobic004G077700 Sobic001G182700--Sobic003G169100 Sobic001G075500--Sobic006G124800 Sobic001G075500--Sobic001G487900 Sobic001G075500--SobicK032300 Sobic001G075500--Sobic004G210400 Sobic001G075500--Sobic010G139200 Sobic001G075500--Sobic001G182700 Sobic002G150200 Sobic002G150200 Sobic001G075500--Sobic002G150200 Sobic003G130200 Sobic003G130200 Sobic001G075500--Sobic003G130200 Sobic004G087050 Sobic004G087050 Sobic001G075500--Sobic004G087050 Sobic002G358450 Sobic002G358450 Sobic006G016950--Sobic002G358450 Sobic001G502801 Sobic001G502801 Sobic006G016950--Sobic001G502801 Sobic007G108600 Sobic007G108600 Sobic006G016950--Sobic007G108600 Sobic007G183200 Sobic007G183200 Sobic006G016950--Sobic007G183200 Sobic001G352633 Sobic001G352633 Sobic006G016950--Sobic001G352633 Sobic006G205300 Sobic006G205300 Sobic006G016950--Sobic006G205300 Sobic006G016950--Sobic001G182700 Sobic006G016950--Sobic009G143750 Sobic002G401533 Sobic002G401533 Sobic006G016950--Sobic002G401533 Sobic009G143750--Sobic001G487900 Sobic009G143750--Sobic001G502801 Sobic009G143750--Sobic007G183200 Sobic009G143750--Sobic003G172600 Sobic009G143750--Sobic002G358450 Sobic009G143750--Sobic006G124800 Sobic009G143750--Sobic007G207100 Sobic009G143750--Sobic006G016950 Sobic007G126150 Sobic007G126150 Sobic009G143750--Sobic007G126150 Sobic004G111200--Sobic009G102250 Sobic004G111200--Sobic002G138400 Sobic010G054700 Sobic010G054700 Sobic004G111200--Sobic010G054700 Sobic004G347000 Sobic004G347000 Sobic004G111200--Sobic004G347000 Sobic004G111200--Sobic003G064901 Sobic003G018150 Sobic003G018150 Sobic004G111200--Sobic003G018150 Sobic004G111200--Sobic004G032200 Sobic004G111200--Sobic006G016950 Sobic004G111200--Sobic009G143750 Sobic003G169000 Sobic003G169000 Sobic003G169100--Sobic003G169000 Sobic007G065000 Sobic007G065000 Sobic003G169100--Sobic007G065000 Sobic003G169100--Sobic007G145801 Sobic009G123100 Sobic009G123100 Sobic003G169100--Sobic009G123100 Sobic003G168200 Sobic003G168200 Sobic003G169100--Sobic003G168200 Sobic003G169100--SobicK032300 Sobic007G149200 Sobic007G149200 Sobic003G169100--Sobic007G149200 Sobic003G172500 Sobic003G172500 Sobic003G169100--Sobic003G172500 Sobic003G169100--Sobic010G139200
Octagon: transcription factors


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