Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G386500.1
Synonym RUXF
Functional annotation LSM domain containing protein, expressed
UniProt A0A1B6Q7J5
Pfam -
Panther DB PTHR11021 PTHR11021:SF3
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G30220 : small nuclear ribonucleoprotein F
RAP-DB (Rice) LOC_Os11g43620.1 : LSM domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a034754
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G057700 expressed protein -
2 Sobic.003G208100 Mo25, putative, expressed -
3 Sobic.003G080000 Ser/Thr protein kinase, putative, expressed -
4 Sobic.009G018600 TKL_IRAK_CrRLK1L-1.3 - The CrRLK1L-1 subfamily has homology to the CrRLK1L homolog, expressed -
5 Sobic.008G115700 MLA12, putative, expressed -
6 Sobic.010G138800 phosphate transporter 1, putative, expressed -
7 Sobic.007G117900 - -
8 Sobic.005G025001 - -
9 Sobic.010G244200 AGC_AGC_other_GWLd.1 - ACG kinases include homologs to PKA, PKG and PKC, expressed -
10 Sobic.006G128500 osFTL6 FT-Like6 homologous to Flowering Locus T gene@ contains Pfam profile PF01161: Phosphatidylethanolamine-binding protein, expressed K16223: protein FLOWERING LOCUS T
11 Sobic.010G173500 - -
12 Sobic.002G331100 peptide chain release factor protein, putative, expressed K02836: peptide chain release factor 2
13 Sobic.001G380300 - -
14 Sobic.006G049200 violaxanthin de-epoxidase, putative, expressed K09839: VDE, violaxanthin de-epoxidase
15 Sobic.004G030200 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@expressed protein -
16 Sobic.002G137850 - -
17 Sobic.002G287400 NIN, putative, expressed -
18 Sobic.004G154466 - -
19 Sobic.003G434800 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
20 Sobic.002G109200 - -


Gene co-expression network
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Octagon: transcription factors


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