Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G049200.1
Synonym AVDE1, Sb06g012950, NPQ1
Functional annotation violaxanthin de-epoxidase, putative, expressed
UniProt C5YEE1
Pfam PF07137
Panther DB PTHR33970 PTHR33970:SF1
NCBI CDD -
KEGG Orthology K09839; VDE, violaxanthin de-epoxidase
Gene Ontology GO:0009507; chloroplast


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G08550 : non-photochemical quenching 1
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g31040.1 : violaxanthin de-epoxidase, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a011823
Brachypodium KQJ82215
Barley HORVU2Hr1G068610.5 , HORVU2Hr1G068610.4 , HORVU2Hr1G068610.3 , HORVU2Hr1G068610.2 , HORVU2Hr1G068610.1
Wheat TraesCS2D02G279300 , TraesCS2D02G279300 , TraesCS2B02G297800 , TraesCS2A02G280500
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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.006G122500 methyltransferase domain containing protein, expressed -
2 Sobic.010G019200 - -
3 Sobic.004G235100 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
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6 Sobic.004G342500 uncharacterized protein yqjG, putative, expressed K07393: ECM4, glutathionyl-hydroquinone reductase
7 Sobic.008G094150 - -
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11 Sobic.001G087800 expressed protein -
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14 Sobic.006G205000 aldose 1-epimerase, putative, expressed K01792: glucose-6-phosphate 1-epimerase
15 Sobic.008G005900 nodulin, putative, expressed -
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17 Sobic.001G536901 - -
18 Sobic.002G224800 gibberellin receptor GID1L2, putative, expressed -
19 Sobic.001G193800 - -
20 Sobic.005G173100 - -


Gene co-expression network
sample Sobic006G049200 Sobic006G049200 Sobic006G122500 Sobic006G122500 Sobic006G049200--Sobic006G122500 Sobic010G019200 Sobic010G019200 Sobic006G049200--Sobic010G019200 Sobic004G235100 Sobic004G235100 Sobic006G049200--Sobic004G235100 Sobic007G018900 Sobic007G018900 Sobic006G049200--Sobic007G018900 Sobic006G207700 Sobic006G207700 Sobic006G049200--Sobic006G207700 Sobic004G342500 Sobic004G342500 Sobic006G049200--Sobic004G342500 Sobic008G094150 Sobic008G094150 Sobic006G049200--Sobic008G094150 Sobic009G191900 Sobic009G191900 Sobic006G049200--Sobic009G191900 Sobic003G080000 Sobic003G080000 Sobic006G049200--Sobic003G080000 Sobic006G122500--Sobic006G049200 Sobic001G252401 Sobic001G252401 Sobic006G122500--Sobic001G252401 Sobic010G006300 Sobic010G006300 Sobic006G122500--Sobic010G006300 Sobic010G162500 Sobic010G162500 Sobic006G122500--Sobic010G162500 Sobic004G289300 Sobic004G289300 Sobic006G122500--Sobic004G289300 Sobic006G122500--Sobic004G342500 Sobic003G285600 Sobic003G285600 Sobic006G122500--Sobic003G285600 Sobic003G403800 Sobic003G403800 Sobic006G122500--Sobic003G403800 Sobic001G193800 Sobic001G193800 Sobic006G122500--Sobic001G193800 Sobic010G019200--Sobic008G094150 Sobic004G100000 Sobic004G100000 Sobic010G019200--Sobic004G100000 Sobic008G005900 Sobic008G005900 Sobic010G019200--Sobic008G005900 Sobic010G019200--Sobic006G049200 Sobic010G019200--Sobic003G080000 Sobic001G087800 Sobic001G087800 Sobic010G019200--Sobic001G087800 Sobic006G128500 Sobic006G128500 Sobic010G019200--Sobic006G128500 Sobic001G470700 Sobic001G470700 Sobic010G019200--Sobic001G470700 Sobic005G173100 Sobic005G173100 Sobic010G019200--Sobic005G173100 Sobic004G235100--Sobic007G018900 Sobic004G235100--Sobic009G191900 Sobic004G235100--Sobic006G049200 Sobic008G142400 Sobic008G142400 Sobic004G235100--Sobic008G142400 Sobic001G531800 Sobic001G531800 Sobic004G235100--Sobic001G531800 Sobic004G235100--Sobic004G342500 Sobic005G110433 Sobic005G110433 Sobic004G235100--Sobic005G110433 Sobic007G122400 Sobic007G122400 Sobic004G235100--Sobic007G122400 Sobic009G210800 Sobic009G210800 Sobic004G235100--Sobic009G210800 Sobic007G018900--Sobic009G191900 Sobic007G018900--Sobic004G235100 Sobic004G250000 Sobic004G250000 Sobic007G018900--Sobic004G250000 Sobic004G206000 Sobic004G206000 Sobic007G018900--Sobic004G206000 Sobic006G053601 Sobic006G053601 Sobic007G018900--Sobic006G053601 Sobic009G148400 Sobic009G148400 Sobic007G018900--Sobic009G148400 Sobic006G097600 Sobic006G097600 Sobic007G018900--Sobic006G097600 Sobic010G098800 Sobic010G098800 Sobic007G018900--Sobic010G098800 SobicK032600 SobicK032600 Sobic007G018900--SobicK032600 Sobic004G023600 Sobic004G023600 Sobic006G207700--Sobic004G023600 Sobic002G176300 Sobic002G176300 Sobic006G207700--Sobic002G176300 Sobic004G330800 Sobic004G330800 Sobic006G207700--Sobic004G330800 Sobic006G280400 Sobic006G280400 Sobic006G207700--Sobic006G280400 Sobic001G021601 Sobic001G021601 Sobic006G207700--Sobic001G021601 Sobic006G207700--Sobic006G049200 Sobic001G353100 Sobic001G353100 Sobic006G207700--Sobic001G353100 Sobic007G028300 Sobic007G028300 Sobic006G207700--Sobic007G028300 Sobic003G340200 Sobic003G340200 Sobic006G207700--Sobic003G340200 Sobic006G204600 Sobic006G204600 Sobic004G342500--Sobic006G204600 Sobic010G279100 Sobic010G279100 Sobic004G342500--Sobic010G279100 Sobic002G199000 Sobic002G199000 Sobic004G342500--Sobic002G199000 Sobic001G410700 Sobic001G410700 Sobic004G342500--Sobic001G410700 Sobic004G342500--Sobic004G235100 Sobic003G214800 Sobic003G214800 Sobic004G342500--Sobic003G214800 Sobic001G455500 Sobic001G455500 Sobic004G342500--Sobic001G455500 Sobic004G342500--Sobic006G049200 Sobic004G342500--Sobic006G122500 Sobic008G094150--Sobic010G019200 Sobic008G094150--Sobic004G100000 Sobic008G094150--Sobic008G005900 Sobic008G094150--Sobic001G087800 Sobic008G094150--Sobic004G023600 Sobic001G300301 Sobic001G300301 Sobic008G094150--Sobic001G300301 Sobic001G126500 Sobic001G126500 Sobic008G094150--Sobic001G126500 Sobic008G094150--Sobic004G250000 Sobic008G094150--Sobic006G049200 Sobic009G191900--Sobic007G018900 Sobic009G191900--Sobic004G235100 Sobic009G191900--Sobic007G122400 Sobic009G191900--Sobic005G110433 Sobic009G191900--Sobic009G148400 Sobic003G341900 Sobic003G341900 Sobic009G191900--Sobic003G341900 Sobic001G527550 Sobic001G527550 Sobic009G191900--Sobic001G527550 Sobic004G334501 Sobic004G334501 Sobic009G191900--Sobic004G334501 SobicK031300 SobicK031300 Sobic009G191900--SobicK031300 Sobic005G057700 Sobic005G057700 Sobic003G080000--Sobic005G057700 Sobic003G080000--Sobic010G019200 Sobic005G095680 Sobic005G095680 Sobic003G080000--Sobic005G095680 Sobic003G080000--Sobic006G049200 Sobic003G080000--Sobic008G094150 Sobic003G080000--Sobic001G087800 Sobic008G115700 Sobic008G115700 Sobic003G080000--Sobic008G115700 Sobic003G386500 Sobic003G386500 Sobic003G080000--Sobic003G386500 Sobic010G138800 Sobic010G138800 Sobic003G080000--Sobic010G138800
Octagon: transcription factors


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