Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G207700.5,Sobic.006G207700.2,Sobic.006G207700.3,Sobic.006G207700.1,Sobic.006G207700.4
Synonym Sb06g027860
Functional annotation containing DUF163, putative, expressed
UniProt A0A1Z5REZ0 , A0A1Z5REU8 , C5YFJ7
Pfam PF02590
Panther DB PTHR33603 PTHR33603:SF1
NCBI CDD -
KEGG Orthology K00783; 23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase
Gene Ontology GO:0008168; methyltransferase activity GO:0006364rRNA processing GO:0005737cytoplasm


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G10620 : methyltransferases
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g51786.1 : containing DUF163, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a009871
Brachypodium PNT61802
Barley HORVU2Hr1G100600.19 , HORVU2Hr1G100600.18 , HORVU2Hr1G100600.15 , HORVU2Hr1G100600.14 , HORVU2Hr1G100600.17 , HORVU2Hr1G100600.16 , HORVU2Hr1G100600.11 , HORVU2Hr1G100600.10 , HORVU2Hr1G100600.13 , HORVU2Hr1G100600.12 , HORVU2Hr1G100600.9 , HORVU2Hr1G100600.8 , HORVU2Hr1G100600.1 , HORVU2Hr1G100600.3 , HORVU2Hr1G100600.2 , HORVU2Hr1G100600.4 , HORVU2Hr1G100600.7 , HORVU2Hr1G100600.6 , HORVU2Hr1G100600.28 , HORVU2Hr1G100600.29 , HORVU2Hr1G100600.30 , HORVU2Hr1G100600.20 , HORVU2Hr1G100600.21 , HORVU2Hr1G100600.22 , HORVU2Hr1G100600.23 , HORVU2Hr1G100600.24 , HORVU2Hr1G100600.25 , HORVU2Hr1G100600.26 , HORVU2Hr1G100600.27
Wheat TraesCS2D02G429000 , TraesCS2B02G452500
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.006G207700


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G023600 expressed protein -
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9 Sobic.003G340200 - -
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11 Sobic.001G397550 - -
12 Sobic.004G303900 - -
13 Sobic.002G025200 - -
14 Sobic.004G061100 - -
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16 Sobic.001G175200 expressed protein -
17 Sobic.003G327950 - -
18 Sobic.003G169700 - -
19 Sobic.003G143600 pectinesterase, putative, expressed -
20 Sobic.010G091250 - -


Gene co-expression network
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Octagon: transcription factors


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