Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G392800.1
Synonym RGA2, GAI, Sb03g043030
Functional annotation gibberellin response modulator protein, putative, expressed
UniProt C5XFG6
Pfam PF03514
Panther DB PTHR31636 PTHR31636:SF24
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G14920 : GRAS family transcription factor family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g67650.1 : gibberellin response modulator protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a026388
Brachypodium KQK11070
Barley HORVU3Hr1G088780.2 , HORVU3Hr1G088780.3 , HORVU3Hr1G088780.1 , HORVU3Hr1G088820.2 , HORVU3Hr1G088820.1
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G105001 - -
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7 Sobic.001G052500 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@6-phosphofructokinase, putative, expressed K00850: pfkA, 6-phosphofructokinase 1
8 Sobic.007G128900 cytokinin inducible protein, putative, expressed -
9 Sobic.010G043350 - -
10 Sobic.001G492100 lactose permease-related, putative, expressed -
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12 Sobic.007G159300 basic helix-loop-helix, putative, expressed -
13 Sobic.002G223550 - -
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15 Sobic.009G240100 receptor-like protein kinase homolog RK20-1, putative, expressed -
16 Sobic.001G197200 expressed protein -
17 Sobic.001G438900 - -
18 Sobic.007G191400 "domain confirmed by Pfam database, expression not supported"(PubMedID : 20499123)@OsSAUR7 - Auxin-responsive SAUR gene family member, expressed K14488: SAUR family protein
19 Sobic.006G130700 expressed protein K14638: SLC15A3_4, solute carrier family 15 (peptide/histidine transporter), member 3/4
20 Sobic.001G206600 vacuolar protein-sorting protein bro1, putative, expressed K12200: PDCD6IP, ALIX, programmed cell death 6-interacting protein


Gene co-expression network
sample Sobic003G392800 Sobic003G392800 Sobic004G105001 Sobic004G105001 Sobic003G392800--Sobic004G105001 Sobic008G141501 Sobic008G141501 Sobic003G392800--Sobic008G141501 Sobic001G037600 Sobic001G037600 Sobic003G392800--Sobic001G037600 Sobic004G172201 Sobic004G172201 Sobic003G392800--Sobic004G172201 Sobic001G006101 Sobic001G006101 Sobic003G392800--Sobic001G006101 Sobic001G420600 Sobic001G420600 Sobic003G392800--Sobic001G420600 Sobic001G052500 Sobic001G052500 Sobic003G392800--Sobic001G052500 Sobic007G128900 Sobic007G128900 Sobic003G392800--Sobic007G128900 Sobic010G043350 Sobic010G043350 Sobic003G392800--Sobic010G043350 Sobic004G105001--Sobic003G392800 Sobic004G105001--Sobic001G037600 Sobic002G183100 Sobic002G183100 Sobic004G105001--Sobic002G183100 Sobic004G105001--Sobic001G006101 Sobic004G105001--Sobic001G420600 Sobic001G213000 Sobic001G213000 Sobic004G105001--Sobic001G213000 Sobic001G260000 Sobic001G260000 Sobic004G105001--Sobic001G260000 Sobic004G311750 Sobic004G311750 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Sobic010G043350--Sobic010G064050 Sobic003G188700 Sobic003G188700 Sobic010G043350--Sobic003G188700
Octagon: transcription factors


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