Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G080300.1
Synonym Ramosa1 Enhancer locus2, rel2, SCL18, LAS
Functional annotation - (PubMedID : 23108465)
MONOCULM 1, putative, expressed
UniProt I2AW11 , A0A194YNA5
Pfam PF03514
Panther DB PTHR31636 PTHR31636:SF49
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G55580 : GRAS family transcription factor
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g10360.1 : MONOCULM 1, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a019622 , Zm00025a051586
Brachypodium KQK17701 , KQJ93867
Barley HORVU7Hr1G091000.1 , HORVU6Hr1G033280.1
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G063700 NB-ARC domain containing protein, expressed -
2 Sobic.005G069332 - -
3 Sobic.005G069166 - -
4 Sobic.009G136800 peptide transporter PTR2, putative, expressed K14638: SLC15A3_4, solute carrier family 15 (peptide/histidine transporter), member 3/4
5 Sobic.005G226400 RGH1A, putative, expressed -
6 Sobic.006G230100 TKL_IRAK_DUF26-ld.1 - DUF26 kinases have homology to DUF26 containing loci, expressed -
7 Sobic.004G299500 - -
8 Sobic.001G415100 terpene synthase, putative, expressed -
9 Sobic.006G230200 TKL_IRAK_DUF26-ld.1 - DUF26 kinases have homology to DUF26 containing loci, expressed -
10 Sobic.002G391300 peroxidase precursor, putative, expressed K00430: peroxidase
11 Sobic.001G153100 sulfate transporter, putative, expressed K17470: sulfate transporter 1, high-affinity
12 Sobic.006G171100 expansin precursor, putative, expressed -
13 Sobic.010G128300 peroxidase precursor, putative, expressed K00430: peroxidase
14 Sobic.009G055300 "SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental, salt-induced, and dark-induced senescence."(PubMedID : 27586543)@peroxidase precursor, putative, expressed K00430: peroxidase
15 Sobic.002G392000 peroxidase precursor, putative, expressed K00430: peroxidase
16 Sobic.006G229901 - -
17 Sobic.007G202480 - -
18 Sobic.008G105800 cytochrome P450, putative, expressed -
19 Sobic.005G212800 carboxyl-terminal peptidase, putative, expressed -
20 Sobic.002G289500 carbohydrate binding protein, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic004G080300 Sobic004G080300 Sobic002G063700 Sobic002G063700 Sobic004G080300--Sobic002G063700 Sobic005G069332 Sobic005G069332 Sobic004G080300--Sobic005G069332 Sobic005G069166 Sobic005G069166 Sobic004G080300--Sobic005G069166 Sobic009G136800 Sobic009G136800 Sobic004G080300--Sobic009G136800 Sobic005G226400 Sobic005G226400 Sobic004G080300--Sobic005G226400 Sobic006G230100 Sobic006G230100 Sobic004G080300--Sobic006G230100 Sobic004G299500 Sobic004G299500 Sobic004G080300--Sobic004G299500 Sobic001G415100 Sobic001G415100 Sobic004G080300--Sobic001G415100 Sobic006G230200 Sobic006G230200 Sobic004G080300--Sobic006G230200 Sobic009G055300 Sobic009G055300 Sobic002G063700--Sobic009G055300 Sobic001G153100 Sobic001G153100 Sobic002G063700--Sobic001G153100 Sobic002G063700--Sobic001G415100 Sobic002G063700--Sobic005G069332 Sobic002G063700--Sobic009G136800 Sobic002G063700--Sobic005G069166 Sobic002G063700--Sobic006G230100 Sobic002G063700--Sobic006G230200 Sobic010G128300 Sobic010G128300 Sobic002G063700--Sobic010G128300 Sobic005G069332--Sobic005G069166 Sobic005G069332--Sobic004G299500 Sobic008G105800 Sobic008G105800 Sobic005G069332--Sobic008G105800 Sobic005G069332--Sobic006G230100 Sobic007G202480 Sobic007G202480 Sobic005G069332--Sobic007G202480 Sobic005G069332--Sobic002G063700 Sobic005G069332--Sobic009G055300 Sobic001G395900 Sobic001G395900 Sobic005G069332--Sobic001G395900 Sobic005G069332--Sobic006G230200 Sobic005G069166--Sobic004G299500 Sobic005G069166--Sobic005G069332 Sobic005G069166--Sobic006G230100 Sobic005G069166--Sobic007G202480 Sobic005G069166--Sobic001G153100 Sobic006G229901 Sobic006G229901 Sobic005G069166--Sobic006G229901 Sobic005G069166--Sobic008G105800 Sobic005G069166--Sobic001G395900 Sobic007G015000 Sobic007G015000 Sobic005G069166--Sobic007G015000 Sobic006G171100 Sobic006G171100 Sobic009G136800--Sobic006G171100 Sobic002G391300 Sobic002G391300 Sobic009G136800--Sobic002G391300 Sobic009G136800--Sobic005G226400 Sobic010G010000 Sobic010G010000 Sobic009G136800--Sobic010G010000 Sobic009G136800--Sobic002G063700 Sobic009G136800--Sobic010G128300 Sobic006G047200 Sobic006G047200 Sobic009G136800--Sobic006G047200 Sobic002G392000 Sobic002G392000 Sobic009G136800--Sobic002G392000 Sobic002G289500 Sobic002G289500 Sobic009G136800--Sobic002G289500 Sobic005G134200 Sobic005G134200 Sobic005G226400--Sobic005G134200 Sobic005G226400--Sobic009G136800 Sobic005G226400--Sobic010G128300 Sobic005G226400--Sobic002G391300 Sobic005G226400--Sobic006G171100 Sobic005G223700 Sobic005G223700 Sobic005G226400--Sobic005G223700 Sobic005G226400--Sobic006G047200 Sobic005G226350 Sobic005G226350 Sobic005G226400--Sobic005G226350 Sobic005G226400--Sobic010G010000 Sobic006G230100--Sobic004G299500 Sobic006G230100--Sobic001G395900 Sobic006G230100--Sobic007G202480 Sobic006G230100--Sobic007G015000 Sobic006G230100--Sobic005G069166 Sobic006G230100--Sobic009G055300 Sobic006G230100--Sobic006G230200 Sobic006G230100--Sobic001G153100 Sobic006G230100--Sobic006G229901 Sobic004G299500--Sobic006G230100 Sobic004G299500--Sobic001G395900 Sobic004G299500--Sobic007G202480 Sobic004G299500--Sobic005G069166 Sobic004G299500--Sobic006G229901 Sobic004G299500--Sobic007G015000 Sobic004G299500--Sobic005G069332 Sobic004G299500--Sobic001G153100 Sobic008G058600 Sobic008G058600 Sobic004G299500--Sobic008G058600 Sobic001G415100--Sobic007G015000 Sobic001G415100--Sobic002G289500 Sobic001G415100--Sobic006G230100 Sobic001G415100--Sobic009G055300 Sobic001G415100--Sobic002G063700 Sobic001G415100--Sobic004G299500 Sobic005G182900 Sobic005G182900 Sobic001G415100--Sobic005G182900 Sobic001G415100--Sobic001G153100 Sobic005G097900 Sobic005G097900 Sobic001G415100--Sobic005G097900 Sobic006G230200--Sobic009G055300 Sobic006G230200--Sobic001G395900 Sobic006G230200--Sobic006G230100 Sobic006G230200--Sobic007G202480 Sobic006G230200--Sobic004G299500 Sobic006G230200--Sobic005G069332 Sobic006G230200--Sobic008G105800 Sobic006G230200--Sobic001G153100 Sobic006G230200--Sobic005G069166
Octagon: transcription factors


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