Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G187400.1
Synonym ASK4, Sb04g023580, SK4
Functional annotation SKP1-like protein 1B, putative, expressed
UniProt C5XVL7
Pfam PF03931 PF01466
Panther DB PTHR11165 PTHR11165:SF59
NCBI CDD KOG1724; SCF ubiquitin ligase, Skp1 component
KEGG Orthology K03094; SKP1, S-phase kinase-associated protein 1
Gene Ontology GO:0006511; ubiquitin-dependent protein catabolic process


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G25700 : SKP1-like 3
RAP-DB (Rice) LOC_Os08g28820.1 : Skp1 family, dimerisation domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.009G098400 rho GDP-dissociation inhibitor 1, putative, expressed K12462: ARHGDI, Rho GDP-dissociation inhibitor
2 Sobic.010G271600 exo70 exocyst complex subunit family protein, putative, expressed -
3 Sobic.005G214700 - -
4 Sobic.006G022700 OsFBD9 - F-box and FBD domain containing protein, expressed -
5 Sobic.010G190500 - -
6 Sobic.008G102850 - -
7 Sobic.002G304300 integral membrane protein DUF6 domain containing protein, expressed -
8 Sobic.003G405800 CBS domain containing membrane protein, putative, expressed -
9 Sobic.006G173400 actin-depolymerizing factor, putative, expressed K05765: cofilin
10 Sobic.003G009600 POEI21 - Pollen Ole e I allergen and extensin family protein precursor, expressed -
11 Sobic.006G215500 OsFBX114 - F-box domain containing protein, expressed -
12 Sobic.009G090400 - -
13 Sobic.002G157900 - -
14 Sobic.001G024300 invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein, putative, expressed -
15 Sobic.007G222200 - -
16 Sobic.005G065300 methyltransferase, putative, expressed -
17 Sobic.006G032000 - -
18 Sobic.002G279900 beta-galactosidase precursor, putative, expressed -
19 Sobic.005G122100 expressed protein -
20 Sobic.006G270800 EF hand family protein, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic004G187400 Sobic004G187400 Sobic009G098400 Sobic009G098400 Sobic004G187400--Sobic009G098400 Sobic010G271600 Sobic010G271600 Sobic004G187400--Sobic010G271600 Sobic005G214700 Sobic005G214700 Sobic004G187400--Sobic005G214700 Sobic006G022700 Sobic006G022700 Sobic004G187400--Sobic006G022700 Sobic010G190500 Sobic010G190500 Sobic004G187400--Sobic010G190500 Sobic008G102850 Sobic008G102850 Sobic004G187400--Sobic008G102850 Sobic002G304300 Sobic002G304300 Sobic004G187400--Sobic002G304300 Sobic003G405800 Sobic003G405800 Sobic004G187400--Sobic003G405800 Sobic006G173400 Sobic006G173400 Sobic004G187400--Sobic006G173400 Sobic009G098400--Sobic004G187400 Sobic009G098400--Sobic010G271600 Sobic009G098400--Sobic005G214700 Sobic009G098400--Sobic010G190500 Sobic009G098400--Sobic006G022700 Sobic009G098400--Sobic008G102850 Sobic009G098400--Sobic002G304300 Sobic003G009600 Sobic003G009600 Sobic009G098400--Sobic003G009600 Sobic006G215500 Sobic006G215500 Sobic009G098400--Sobic006G215500 Sobic010G271600--Sobic009G098400 Sobic010G271600--Sobic004G187400 Sobic010G271600--Sobic005G214700 Sobic010G271600--Sobic010G190500 Sobic010G271600--Sobic008G102850 Sobic010G271600--Sobic006G173400 Sobic005G065300 Sobic005G065300 Sobic010G271600--Sobic005G065300 Sobic007G103000 Sobic007G103000 Sobic010G271600--Sobic007G103000 Sobic010G271600--Sobic002G304300 Sobic009G090400 Sobic009G090400 Sobic005G214700--Sobic009G090400 Sobic002G157900 Sobic002G157900 Sobic005G214700--Sobic002G157900 Sobic005G214700--Sobic008G102850 Sobic005G214700--Sobic010G190500 Sobic005G122100 Sobic005G122100 Sobic005G214700--Sobic005G122100 Sobic007G222200 Sobic007G222200 Sobic005G214700--Sobic007G222200 Sobic005G214700--Sobic009G098400 Sobic005G214700--Sobic003G009600 Sobic001G024300 Sobic001G024300 Sobic005G214700--Sobic001G024300 Sobic006G022700--Sobic006G215500 Sobic001G220800 Sobic001G220800 Sobic006G022700--Sobic001G220800 Sobic004G071900 Sobic004G071900 Sobic006G022700--Sobic004G071900 Sobic006G022700--Sobic009G098400 Sobic003G313200 Sobic003G313200 Sobic006G022700--Sobic003G313200 Sobic004G350400 Sobic004G350400 Sobic006G022700--Sobic004G350400 Sobic002G279900 Sobic002G279900 Sobic006G022700--Sobic002G279900 Sobic006G022700--Sobic004G187400 Sobic001G135950 Sobic001G135950 Sobic006G022700--Sobic001G135950 Sobic010G190500--Sobic005G214700 Sobic010G190500--Sobic007G222200 Sobic010G190500--Sobic005G122100 Sobic010G190500--Sobic009G090400 Sobic010G190500--Sobic003G009600 Sobic010G190500--Sobic007G103000 Sobic010G190500--Sobic010G271600 Sobic002G417401 Sobic002G417401 Sobic010G190500--Sobic002G417401 Sobic010G190500--Sobic008G102850 Sobic008G102850--Sobic007G103000 Sobic007G134260 Sobic007G134260 Sobic008G102850--Sobic007G134260 Sobic008G102850--Sobic005G214700 Sobic008G102850--Sobic005G122100 Sobic008G102850--Sobic005G065300 Sobic003G147700 Sobic003G147700 Sobic008G102850--Sobic003G147700 Sobic004G091000 Sobic004G091000 Sobic008G102850--Sobic004G091000 Sobic003G114800 Sobic003G114800 Sobic008G102850--Sobic003G114800 Sobic003G232100 Sobic003G232100 Sobic008G102850--Sobic003G232100 Sobic006G270800 Sobic006G270800 Sobic002G304300--Sobic006G270800 Sobic002G304300--Sobic003G009600 Sobic002G427500 Sobic002G427500 Sobic002G304300--Sobic002G427500 Sobic001G511100 Sobic001G511100 Sobic002G304300--Sobic001G511100 Sobic006G127800 Sobic006G127800 Sobic002G304300--Sobic006G127800 Sobic002G304300--Sobic005G214700 Sobic009G089000 Sobic009G089000 Sobic002G304300--Sobic009G089000 Sobic003G114900 Sobic003G114900 Sobic002G304300--Sobic003G114900 Sobic002G304300--Sobic001G024300 Sobic010G230200 Sobic010G230200 Sobic003G405800--Sobic010G230200 Sobic003G405800--Sobic001G511100 Sobic005G031700 Sobic005G031700 Sobic003G405800--Sobic005G031700 Sobic003G405800--Sobic006G022700 Sobic003G027300 Sobic003G027300 Sobic003G405800--Sobic003G027300 Sobic008G043400 Sobic008G043400 Sobic003G405800--Sobic008G043400 Sobic001G479700 Sobic001G479700 Sobic003G405800--Sobic001G479700 Sobic006G176200 Sobic006G176200 Sobic003G405800--Sobic006G176200 Sobic004G318300 Sobic004G318300 Sobic003G405800--Sobic004G318300 Sobic006G173400--Sobic003G114800 Sobic006G173400--Sobic004G091000 Sobic005G000200 Sobic005G000200 Sobic006G173400--Sobic005G000200 Sobic002G128700 Sobic002G128700 Sobic006G173400--Sobic002G128700 Sobic006G173400--Sobic008G102850 Sobic008G079200 Sobic008G079200 Sobic006G173400--Sobic008G079200 Sobic006G173400--Sobic003G147700 Sobic006G173400--Sobic007G103000 Sobic006G173400--Sobic005G065300
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.