Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G290600.2
Synonym
Functional annotation beige/BEACH domain containing protein, expressed
UniProt C6JSK4 , A0A1Z5RPQ0
Pfam PF00400 PF14844 PF15787 PF02138
Panther DB PTHR13743 PTHR13743:SF16
NCBI CDD KOG1787; Kinase A-anchor protein Neurobeachin and related BEACH and WD40 repeat proteins
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005515; protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G45540 : WD-40 repeat family protein / beige-related
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g46894.1 : beige/BEACH domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a010274 , Zm00025a021420
Brachypodium KQK06069 , KQK11210 , KQK00661 , KQK00660 , PNT61625 , PNT61624 , PNT61623 , PNT61626
Barley HORVU6Hr1G063700.8 , HORVU6Hr1G063700.9 , HORVU6Hr1G063700.1 , HORVU6Hr1G063700.2 , HORVU6Hr1G063700.3 , HORVU6Hr1G063700.4 , HORVU6Hr1G063700.5 , HORVU6Hr1G063700.6 , HORVU6Hr1G063700.7 , HORVU2Hr1G097080.4 , HORVU2Hr1G097080.5 , HORVU2Hr1G097080.6 , HORVU2Hr1G097080.7 , HORVU2Hr1G097080.1 , HORVU2Hr1G097080.2 , HORVU2Hr1G097080.3 , HORVU2Hr1G097080.8 , HORVU2Hr1G097080.9 , HORVU2Hr1G097080.16 , HORVU2Hr1G097080.17 , HORVU2Hr1G097080.14 , HORVU2Hr1G097080.15 , HORVU2Hr1G097080.12 , HORVU2Hr1G097080.13 , HORVU2Hr1G097080.10 , HORVU2Hr1G097080.11 , HORVU2Hr1G097080.18 , HORVU2Hr1G097080.19 , HORVU2Hr1G097080.27 , HORVU2Hr1G097080.26 , HORVU2Hr1G097080.25 , HORVU2Hr1G097080.24 , HORVU2Hr1G097080.23 , HORVU2Hr1G097080.22 , HORVU2Hr1G097080.21 , HORVU2Hr1G097080.20 , HORVU6Hr1G063700.23 , HORVU6Hr1G063700.22 , HORVU6Hr1G063700.21 , HORVU6Hr1G063700.12 , HORVU6Hr1G063700.13 , HORVU6Hr1G063700.10 , HORVU6Hr1G063700.16 , HORVU6Hr1G063700.17 , HORVU6Hr1G063700.14 , HORVU6Hr1G063700.15 , HORVU6Hr1G063700.19 , HORVU6Hr1G063700.20 , HORVU6Hr1G063700.24
Wheat TraesCS2B02G429600 , TraesCS2B02G429600 , TraesCS6D02G229300 , TraesCS6D02G229300 , TraesCS6B02G277500 , TraesCS6B02G277500 , TraesCS2D02G408200 , TraesCS2D02G408200 , TraesCS2D02G408200 , TraesCS2A02G410800 , TraesCS2A02G410800 , TraesCS6A02G247100 , TraesCS6A02G247100
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G294500 phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, chloroplast precursor, putative, expressed K01626: E2.5.1.54, aroF, aroG, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase
2 Sobic.009G061601 - -
3 Sobic.006G205400 villin protein, putative, expressed -
4 Sobic.002G106600 OsFBLD5 - F-box, LRR and FBD domain containing protein, expressed -
5 Sobic.003G093100 cyclin-related protein, putative, expressed -
6 Sobic.007G131000 dynamin-2B, putative, expressed K01528: dynamin 1/3
7 Sobic.005G114201 - -
8 Sobic.001G337100 mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim17, putative, expressed K17795: mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17
9 Sobic.010G188500 OsSub50 - Putative Subtilisin homologue, expressed -
10 Sobic.007G133800 - -
11 Sobic.004G177900 - -
12 Sobic.001G370400 aberrant pollen transmission 1, putative, expressed -
13 Sobic.003G297100 expressed protein -
14 Sobic.007G095333 - -
15 Sobic.003G151400 protein kinase, putative, expressed K13436: pto-interacting protein 1
16 Sobic.007G215200 "Ca ATPase, IIB type"(PubMedID : 22196357)@calcium-transporting ATPase, plasma membrane-type, putative, expressed K01537: P-type Ca2+ transporter type 2C
17 Sobic.006G042600 - -
18 Sobic.001G261416 - K01858: INO1, myo-inositol-1-phosphate synthase
19 Sobic.010G215000 fasciclin-like arabinogalactan precursor protein, putative, expressed -
20 Sobic.001G171300 UDP-glucose 6-dehydrogenase, putative, expressed K00012: UGDH, UDPglucose 6-dehydrogenase


Gene co-expression network
sample Sobic004G290600 Sobic004G290600 Sobic001G294500 Sobic001G294500 Sobic004G290600--Sobic001G294500 Sobic009G061601 Sobic009G061601 Sobic004G290600--Sobic009G061601 Sobic006G205400 Sobic006G205400 Sobic004G290600--Sobic006G205400 Sobic002G106600 Sobic002G106600 Sobic004G290600--Sobic002G106600 Sobic003G093100 Sobic003G093100 Sobic004G290600--Sobic003G093100 Sobic007G131000 Sobic007G131000 Sobic004G290600--Sobic007G131000 Sobic005G114201 Sobic005G114201 Sobic004G290600--Sobic005G114201 Sobic001G337100 Sobic001G337100 Sobic004G290600--Sobic001G337100 Sobic010G188500 Sobic010G188500 Sobic004G290600--Sobic010G188500 Sobic001G294500--Sobic007G131000 Sobic004G177900 Sobic004G177900 Sobic001G294500--Sobic004G177900 Sobic003G151400 Sobic003G151400 Sobic001G294500--Sobic003G151400 Sobic005G043300 Sobic005G043300 Sobic001G294500--Sobic005G043300 Sobic003G246500 Sobic003G246500 Sobic001G294500--Sobic003G246500 Sobic008G025400 Sobic008G025400 Sobic001G294500--Sobic008G025400 Sobic001G294500--Sobic003G093100 Sobic005G204600 Sobic005G204600 Sobic001G294500--Sobic005G204600 Sobic001G294500--Sobic009G061601 Sobic009G061601--Sobic007G131000 Sobic007G215200 Sobic007G215200 Sobic009G061601--Sobic007G215200 Sobic009G061601--Sobic001G294500 Sobic009G061601--Sobic003G151400 Sobic009G061601--Sobic006G205400 Sobic009G061601--Sobic005G204600 Sobic001G063300 Sobic001G063300 Sobic009G061601--Sobic001G063300 Sobic010G207800 Sobic010G207800 Sobic009G061601--Sobic010G207800 Sobic001G261416 Sobic001G261416 Sobic009G061601--Sobic001G261416 Sobic001G212500 Sobic001G212500 Sobic006G205400--Sobic001G212500 Sobic008G043200 Sobic008G043200 Sobic006G205400--Sobic008G043200 Sobic002G254700 Sobic002G254700 Sobic006G205400--Sobic002G254700 Sobic009G175400 Sobic009G175400 Sobic006G205400--Sobic009G175400 Sobic006G205400--Sobic001G063300 Sobic001G332000 Sobic001G332000 Sobic006G205400--Sobic001G332000 Sobic010G276100 Sobic010G276100 Sobic006G205400--Sobic010G276100 Sobic006G205400--Sobic007G215200 Sobic010G040400 Sobic010G040400 Sobic006G205400--Sobic010G040400 Sobic002G106600--Sobic001G337100 Sobic008G086500 Sobic008G086500 Sobic002G106600--Sobic008G086500 Sobic007G070900 Sobic007G070900 Sobic002G106600--Sobic007G070900 Sobic002G194201 Sobic002G194201 Sobic002G106600--Sobic002G194201 Sobic006G042600 Sobic006G042600 Sobic002G106600--Sobic006G042600 Sobic010G216100 Sobic010G216100 Sobic002G106600--Sobic010G216100 Sobic005G006400 Sobic005G006400 Sobic002G106600--Sobic005G006400 Sobic010G240300 Sobic010G240300 Sobic002G106600--Sobic010G240300 Sobic004G308800 Sobic004G308800 Sobic002G106600--Sobic004G308800 Sobic003G093100--Sobic008G025400 Sobic003G093100--Sobic001G294500 Sobic003G093100--Sobic003G151400 Sobic002G088600 Sobic002G088600 Sobic003G093100--Sobic002G088600 Sobic003G093100--Sobic004G177900 Sobic003G093100--Sobic007G131000 Sobic003G093100--Sobic003G246500 Sobic003G164400 Sobic003G164400 Sobic003G093100--Sobic003G164400 Sobic003G093100--Sobic009G061601 Sobic007G131000--Sobic003G246500 Sobic005G040700 Sobic005G040700 Sobic007G131000--Sobic005G040700 Sobic004G100900 Sobic004G100900 Sobic007G131000--Sobic004G100900 Sobic003G175950 Sobic003G175950 Sobic007G131000--Sobic003G175950 Sobic010G051000 Sobic010G051000 Sobic007G131000--Sobic010G051000 Sobic007G131000--Sobic001G332000 Sobic001G329200 Sobic001G329200 Sobic007G131000--Sobic001G329200 Sobic001G269100 Sobic001G269100 Sobic007G131000--Sobic001G269100 Sobic001G171300 Sobic001G171300 Sobic007G131000--Sobic001G171300 Sobic007G095333 Sobic007G095333 Sobic005G114201--Sobic007G095333 Sobic005G220400 Sobic005G220400 Sobic005G114201--Sobic005G220400 Sobic010G215000 Sobic010G215000 Sobic005G114201--Sobic010G215000 Sobic007G129800 Sobic007G129800 Sobic005G114201--Sobic007G129800 Sobic002G414000 Sobic002G414000 Sobic005G114201--Sobic002G414000 Sobic002G194300 Sobic002G194300 Sobic005G114201--Sobic002G194300 Sobic003G445300 Sobic003G445300 Sobic005G114201--Sobic003G445300 Sobic002G082400 Sobic002G082400 Sobic005G114201--Sobic002G082400 Sobic006G043101 Sobic006G043101 Sobic005G114201--Sobic006G043101 Sobic002G015900 Sobic002G015900 Sobic001G337100--Sobic002G015900 Sobic001G337100--Sobic008G086500 Sobic009G250300 Sobic009G250300 Sobic001G337100--Sobic009G250300 Sobic001G337100--Sobic002G194201 Sobic001G337100--Sobic005G006400 Sobic003G007650 Sobic003G007650 Sobic001G337100--Sobic003G007650 Sobic007G035200 Sobic007G035200 Sobic001G337100--Sobic007G035200 Sobic007G134501 Sobic007G134501 Sobic001G337100--Sobic007G134501 Sobic001G337100--Sobic010G216100 Sobic010G188500--Sobic006G042600 Sobic007G122600 Sobic007G122600 Sobic010G188500--Sobic007G122600 Sobic010G188500--Sobic008G086500 Sobic010G188500--Sobic002G194201 Sobic005G006100 Sobic005G006100 Sobic010G188500--Sobic005G006100 Sobic010G188500--Sobic010G240300 Sobic010G188500--Sobic010G207800 Sobic010G188500--Sobic010G216100 Sobic007G014000 Sobic007G014000 Sobic010G188500--Sobic007G014000
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.