Gene annotation
Transcriptome id Sobic.005G123300.3,Sobic.005G123300.2
Synonym Sb05g018090
Functional annotation rhamnogalacturonate lyase, putative, expressed
UniProt A0A1Z5RIA9 , A0A1Z5RJ62
Pfam PF14686 PF06045 PF14683 PF14686 PF14683 PF06045
Panther DB PTHR32018 PTHR32018:SF2
NCBI CDD -
KEGG Orthology K18195; RGL4, rhamnogalacturonan endolyase
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G09910 : Rhamnogalacturonate lyase family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os12g03790.1 : rhamnogalacturonate lyase, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a033385
Brachypodium KQK01669 , KQK01670 , KQK01668
Barley -
Wheat TraesCSU02G121100 , TraesCS6A02G055300 , TraesCS6A02G055300
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
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20 Sobic.003G096750 - -


Gene co-expression network
sample Sobic005G123300 Sobic005G123300 Sobic002G312550 Sobic002G312550 Sobic005G123300--Sobic002G312550 Sobic004G252300 Sobic004G252300 Sobic005G123300--Sobic004G252300 Sobic010G214150 Sobic010G214150 Sobic005G123300--Sobic010G214150 Sobic009G158150 Sobic009G158150 Sobic005G123300--Sobic009G158150 Sobic003G013300 Sobic003G013300 Sobic005G123300--Sobic003G013300 Sobic002G178900 Sobic002G178900 Sobic005G123300--Sobic002G178900 Sobic001G163500 Sobic001G163500 Sobic005G123300--Sobic001G163500 Sobic004G249950 Sobic004G249950 Sobic005G123300--Sobic004G249950 Sobic001G516400 Sobic001G516400 Sobic005G123300--Sobic001G516400 Sobic002G312550--Sobic010G214150 Sobic002G312550--Sobic005G123300 Sobic002G312550--Sobic001G163500 Sobic003G096750 Sobic003G096750 Sobic002G312550--Sobic003G096750 Sobic002G312550--Sobic004G252300 Sobic002G312550--Sobic009G158150 Sobic009G148400 Sobic009G148400 Sobic002G312550--Sobic009G148400 Sobic002G312550--Sobic003G013300 Sobic001G314350 Sobic001G314350 Sobic002G312550--Sobic001G314350 Sobic001G497400 Sobic001G497400 Sobic004G252300--Sobic001G497400 Sobic009G077000 Sobic009G077000 Sobic004G252300--Sobic009G077000 Sobic006G053550 Sobic006G053550 Sobic004G252300--Sobic006G053550 Sobic002G214000 Sobic002G214000 Sobic004G252300--Sobic002G214000 Sobic004G310350 Sobic004G310350 Sobic004G252300--Sobic004G310350 Sobic009G215100 Sobic009G215100 Sobic004G252300--Sobic009G215100 SobicK031900 SobicK031900 Sobic004G252300--SobicK031900 Sobic007G042700 Sobic007G042700 Sobic004G252300--Sobic007G042700 Sobic010G219200 Sobic010G219200 Sobic004G252300--Sobic010G219200 Sobic008G040501 Sobic008G040501 Sobic010G214150--Sobic008G040501 Sobic010G214150--Sobic002G312550 Sobic001G300301 Sobic001G300301 Sobic010G214150--Sobic001G300301 Sobic001G502801 Sobic001G502801 Sobic010G214150--Sobic001G502801 Sobic010G214150--Sobic004G252300 Sobic005G045250 Sobic005G045250 Sobic010G214150--Sobic005G045250 Sobic010G214150--Sobic005G123300 Sobic010G214150--Sobic009G077000 Sobic010G214150--Sobic003G096750 Sobic003G129700 Sobic003G129700 Sobic009G158150--Sobic003G129700 Sobic007G045750 Sobic007G045750 Sobic009G158150--Sobic007G045750 Sobic009G158150--Sobic001G163500 Sobic002G062400 Sobic002G062400 Sobic009G158150--Sobic002G062400 Sobic010G166201 Sobic010G166201 Sobic009G158150--Sobic010G166201 Sobic009G158150--Sobic001G516400 Sobic009G158150--Sobic004G249950 Sobic005G168900 Sobic005G168900 Sobic009G158150--Sobic005G168900 Sobic001G050650 Sobic001G050650 Sobic009G158150--Sobic001G050650 Sobic005G192350 Sobic005G192350 Sobic003G013300--Sobic005G192350 Sobic003G013300--Sobic004G252300 Sobic003G013300--Sobic002G312550 Sobic009G077901 Sobic009G077901 Sobic003G013300--Sobic009G077901 Sobic003G013300--Sobic005G123300 Sobic003G116200 Sobic003G116200 Sobic003G013300--Sobic003G116200 Sobic003G013300--Sobic010G214150 Sobic002G199300 Sobic002G199300 Sobic003G013300--Sobic002G199300 Sobic010G246800 Sobic010G246800 Sobic003G013300--Sobic010G246800 Sobic009G170050 Sobic009G170050 Sobic002G178900--Sobic009G170050 Sobic002G178900--Sobic001G516400 Sobic002G178900--Sobic005G168900 Sobic007G226900 Sobic007G226900 Sobic002G178900--Sobic007G226900 Sobic001G471050 Sobic001G471050 Sobic002G178900--Sobic001G471050 Sobic002G178900--Sobic003G129700 Sobic002G178900--Sobic009G158150 Sobic006G097600 Sobic006G097600 Sobic002G178900--Sobic006G097600 Sobic009G145200 Sobic009G145200 Sobic002G178900--Sobic009G145200 Sobic001G163500--Sobic003G129700 Sobic001G163500--Sobic009G158150 Sobic001G163500--Sobic002G062400 Sobic003G282400 Sobic003G282400 Sobic001G163500--Sobic003G282400 Sobic001G163500--Sobic007G045750 Sobic007G179100 Sobic007G179100 Sobic001G163500--Sobic007G179100 Sobic008G041500 Sobic008G041500 Sobic001G163500--Sobic008G041500 Sobic001G163500--Sobic002G312550 Sobic006G193801 Sobic006G193801 Sobic001G163500--Sobic006G193801 Sobic004G249950--Sobic009G148400 Sobic010G098800 Sobic010G098800 Sobic004G249950--Sobic010G098800 Sobic001G081450 Sobic001G081450 Sobic004G249950--Sobic001G081450 Sobic004G223700 Sobic004G223700 Sobic004G249950--Sobic004G223700 Sobic004G206000 Sobic004G206000 Sobic004G249950--Sobic004G206000 Sobic004G249950--Sobic007G045750 Sobic002G073000 Sobic002G073000 Sobic004G249950--Sobic002G073000 Sobic004G249950--Sobic010G219200 Sobic004G249950--Sobic009G158150 Sobic001G516400--Sobic009G158150 Sobic001G516400--Sobic010G166201 Sobic001G516400--Sobic002G178900 Sobic001G516400--Sobic005G168900 Sobic001G516400--Sobic007G045750 Sobic006G053601 Sobic006G053601 Sobic001G516400--Sobic006G053601 Sobic001G516400--Sobic010G098800 Sobic001G516400--Sobic003G129700 Sobic006G174050 Sobic006G174050 Sobic001G516400--Sobic006G174050
Octagon: transcription factors


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