Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G178900.1
Synonym SYP71, Sb02g022760, ATSYP71
Functional annotation SNARE domain containing protein, putative, expressed
UniProt A0A1B6QC32
Pfam PF05739
Panther DB PTHR19957 PTHR19957:SF98
NCBI CDD -
KEGG Orthology K08506; syntaxin of plants SYP7
Gene Ontology GO:0005515; protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G09740 : syntaxin of plants 71
RAP-DB (Rice) LOC_Os05g48020.1 : SNARE domain containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a046628
Brachypodium -
Barley HORVU5Hr1G056780.3 , HORVU5Hr1G056780.2 , HORVU5Hr1G056780.1 , HORVU5Hr1G056780.4
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.009G170050 - -
2 Sobic.001G516400 - -
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4 Sobic.007G226900 ELF protein, expressed -
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10 Sobic.006G174050 - K12662: PRPF4, U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4
11 Sobic.002G112500 - -
12 Sobic.002G062400 - -
13 Sobic.007G183200 down-regulated TF in developmental senescence(PubMedID : 27586543)@helix-loop-helix DNA-binding domain containing protein, expressed K18486: heart-and neural crest derivatives-expressed protein 2
14 Sobic.010G098800 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6, putative, expressed K03884: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
15 Sobic.004G252300 CCT/B-box zinc finger protein, putative, expressed -
16 Sobic.007G045750 - -
17 Sobic.005G123300 rhamnogalacturonate lyase, putative, expressed K18195: RGL4, rhamnogalacturonan endolyase
18 Sobic.007G042700 "domain confirmed by Pfam database, expressed in leaf, flower, stem and root, expression induced by IAA treatment"(PubMedID : 20528920)@ABC transporter, ATP-binding protein, putative, expressed K05658: ABCB1, ATP-binding cassette, subfamily B (MDR/TAP), member 1
19 Sobic.004G206000 - -
20 Sobic.002G000350 - -


Gene co-expression network
sample Sobic002G178900 Sobic002G178900 Sobic009G170050 Sobic009G170050 Sobic002G178900--Sobic009G170050 Sobic001G516400 Sobic001G516400 Sobic002G178900--Sobic001G516400 Sobic005G168900 Sobic005G168900 Sobic002G178900--Sobic005G168900 Sobic007G226900 Sobic007G226900 Sobic002G178900--Sobic007G226900 Sobic001G471050 Sobic001G471050 Sobic002G178900--Sobic001G471050 Sobic003G129700 Sobic003G129700 Sobic002G178900--Sobic003G129700 Sobic009G158150 Sobic009G158150 Sobic002G178900--Sobic009G158150 Sobic006G097600 Sobic006G097600 Sobic002G178900--Sobic006G097600 Sobic009G145200 Sobic009G145200 Sobic002G178900--Sobic009G145200 Sobic009G170050--Sobic005G168900 Sobic006G174050 Sobic006G174050 Sobic009G170050--Sobic006G174050 Sobic009G170050--Sobic002G178900 Sobic009G170050--Sobic009G158150 Sobic009G170050--Sobic003G129700 Sobic009G170050--Sobic006G097600 Sobic009G170050--Sobic007G226900 Sobic009G170050--Sobic001G516400 Sobic002G062400 Sobic002G062400 Sobic009G170050--Sobic002G062400 Sobic001G516400--Sobic009G158150 Sobic010G166201 Sobic010G166201 Sobic001G516400--Sobic010G166201 Sobic001G516400--Sobic002G178900 Sobic001G516400--Sobic005G168900 Sobic007G045750 Sobic007G045750 Sobic001G516400--Sobic007G045750 Sobic006G053601 Sobic006G053601 Sobic001G516400--Sobic006G053601 Sobic010G098800 Sobic010G098800 Sobic001G516400--Sobic010G098800 Sobic001G516400--Sobic003G129700 Sobic001G516400--Sobic006G174050 Sobic005G168900--Sobic009G170050 Sobic005G168900--Sobic002G062400 Sobic005G168900--Sobic001G516400 Sobic005G168900--Sobic002G178900 Sobic005G168900--Sobic009G158150 Sobic005G168900--Sobic003G129700 Sobic005G168900--Sobic007G045750 Sobic005G168900--Sobic006G174050 Sobic005G168900--Sobic007G226900 Sobic007G226900--Sobic009G145200 Sobic007G098050 Sobic007G098050 Sobic007G226900--Sobic007G098050 Sobic002G112500 Sobic002G112500 Sobic007G226900--Sobic002G112500 Sobic007G226900--Sobic001G471050 Sobic004G206000 Sobic004G206000 Sobic007G226900--Sobic004G206000 Sobic004G223700 Sobic004G223700 Sobic007G226900--Sobic004G223700 SobicK032600 SobicK032600 Sobic007G226900--SobicK032600 Sobic006G264400 Sobic006G264400 Sobic007G226900--Sobic006G264400 SobicK032400 SobicK032400 Sobic007G226900--SobicK032400 Sobic001G471050--Sobic002G112500 Sobic001G471050--Sobic009G145200 Sobic002G000350 Sobic002G000350 Sobic001G471050--Sobic002G000350 Sobic001G471050--Sobic007G098050 Sobic001G471050--Sobic007G226900 Sobic001G383350 Sobic001G383350 Sobic001G471050--Sobic001G383350 Sobic001G278900 Sobic001G278900 Sobic001G471050--Sobic001G278900 Sobic007G183200 Sobic007G183200 Sobic001G471050--Sobic007G183200 Sobic004G072300 Sobic004G072300 Sobic001G471050--Sobic004G072300 Sobic003G129700--Sobic002G062400 Sobic003G129700--Sobic009G158150 Sobic001G163500 Sobic001G163500 Sobic003G129700--Sobic001G163500 Sobic003G129700--Sobic007G045750 Sobic003G282400 Sobic003G282400 Sobic003G129700--Sobic003G282400 Sobic009G035000 Sobic009G035000 Sobic003G129700--Sobic009G035000 Sobic006G009200 Sobic006G009200 Sobic003G129700--Sobic006G009200 Sobic003G129700--Sobic005G168900 Sobic008G041500 Sobic008G041500 Sobic003G129700--Sobic008G041500 Sobic009G158150--Sobic003G129700 Sobic009G158150--Sobic007G045750 Sobic009G158150--Sobic001G163500 Sobic009G158150--Sobic002G062400 Sobic009G158150--Sobic010G166201 Sobic009G158150--Sobic001G516400 Sobic004G249950 Sobic004G249950 Sobic009G158150--Sobic004G249950 Sobic009G158150--Sobic005G168900 Sobic001G050650 Sobic001G050650 Sobic009G158150--Sobic001G050650 Sobic006G097600--Sobic001G471050 Sobic007G042700 Sobic007G042700 Sobic006G097600--Sobic007G042700 Sobic006G097600--Sobic003G129700 Sobic006G097600--Sobic009G145200 Sobic005G018400 Sobic005G018400 Sobic006G097600--Sobic005G018400 Sobic006G097600--Sobic006G053601 Sobic006G097600--Sobic002G178900 Sobic006G097600--Sobic009G170050 Sobic006G097600--Sobic007G226900 Sobic009G145200--Sobic002G112500 Sobic009G145200--Sobic007G098050 Sobic009G145200--Sobic007G226900 Sobic009G145200--Sobic001G471050 Sobic009G145200--Sobic004G206000 Sobic009G145200--SobicK032600 Sobic009G145200--SobicK032400 Sobic001G081450 Sobic001G081450 Sobic009G145200--Sobic001G081450 Sobic009G145200--Sobic004G223700
Octagon: transcription factors


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