Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G108500.1
Synonym Sb06g019105
Functional annotation dynein light chain type 1 domain containing protein, expressed
UniProt C5Y9W3
Pfam PF01221
Panther DB PTHR11886 PTHR11886:SF2
NCBI CDD KOG3430; Dynein light chain type 1
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0007017; microtubule-based process GO:0005875microtubule associated complex


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G23220 : Dynein light chain type 1 family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g38880.1 : dynein light chain type 1 domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a031754 , Zm00025a021937 , Zm00025a011105
Brachypodium KQK01587 , KQJ82999
Barley -
Wheat TraesCS2A02G337200 , TraesCS2B02G344700 , TraesCS2D02G325700
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G021400 - -
2 Sobic.010G267300 thaumatin, putative, expressed -
3 Sobic.005G100500 RNA polymerase subunit, putative, expressed K03020: RPC19, DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
4 Sobic.001G395600 proteins of unknown function domain containing protein, expressed -
5 Sobic.001G450900 UNE2, putative, expressed -
6 Sobic.001G454700 expressed protein -
7 Sobic.001G462300 cyclin, putative, expressed K06627: cyclin-A
8 Sobic.004G157050 - -
9 Sobic.003G055400 expressed protein -
10 Sobic.003G409500 - -
11 Sobic.008G171200 OsWAK129b - OsWAK receptor-like protein kinase, expressed -
12 Sobic.006G183100 RFC2 - Putative clamp loader of PCNA, replication factor C subunit 2, expressed K10755: replication factor C subunit 2/4
13 Sobic.004G015600 - -
14 Sobic.004G191901 - K09264: MADS-box transcription factor, plant
15 Sobic.004G207800 GDSL-like lipase/acylhydrolase, putative, expressed -
16 Sobic.007G065000 proton-dependent oligopeptide transport, putative, expressed -
17 Sobic.007G113566 - -
18 Sobic.010G035600 - -
19 Sobic.004G019550 - -
20 Sobic.001G128000 expressed protein -


Gene co-expression network
sample Sobic006G108500 Sobic006G108500 Sobic005G021400 Sobic005G021400 Sobic006G108500--Sobic005G021400 Sobic010G267300 Sobic010G267300 Sobic006G108500--Sobic010G267300 Sobic005G100500 Sobic005G100500 Sobic006G108500--Sobic005G100500 Sobic001G395600 Sobic001G395600 Sobic006G108500--Sobic001G395600 Sobic001G450900 Sobic001G450900 Sobic006G108500--Sobic001G450900 Sobic001G454700 Sobic001G454700 Sobic006G108500--Sobic001G454700 Sobic001G462300 Sobic001G462300 Sobic006G108500--Sobic001G462300 Sobic004G157050 Sobic004G157050 Sobic006G108500--Sobic004G157050 Sobic003G055400 Sobic003G055400 Sobic006G108500--Sobic003G055400 Sobic010G176000 Sobic010G176000 Sobic005G021400--Sobic010G176000 Sobic009G204501 Sobic009G204501 Sobic005G021400--Sobic009G204501 Sobic007G116300 Sobic007G116300 Sobic005G021400--Sobic007G116300 Sobic003G286450 Sobic003G286450 Sobic005G021400--Sobic003G286450 Sobic001G093400 Sobic001G093400 Sobic005G021400--Sobic001G093400 Sobic001G255866 Sobic001G255866 Sobic005G021400--Sobic001G255866 Sobic010G053700 Sobic010G053700 Sobic005G021400--Sobic010G053700 Sobic001G535850 Sobic001G535850 Sobic005G021400--Sobic001G535850 Sobic001G420150 Sobic001G420150 Sobic005G021400--Sobic001G420150 Sobic003G160433 Sobic003G160433 Sobic010G267300--Sobic003G160433 Sobic001G128000 Sobic001G128000 Sobic010G267300--Sobic001G128000 Sobic008G171200 Sobic008G171200 Sobic010G267300--Sobic008G171200 Sobic005G216900 Sobic005G216900 Sobic010G267300--Sobic005G216900 Sobic007G065000 Sobic007G065000 Sobic010G267300--Sobic007G065000 Sobic010G267300--Sobic004G157050 Sobic003G160300 Sobic003G160300 Sobic010G267300--Sobic003G160300 Sobic007G085900 Sobic007G085900 Sobic010G267300--Sobic007G085900 Sobic001G182900 Sobic001G182900 Sobic010G267300--Sobic001G182900 Sobic005G100500--Sobic006G108500 Sobic003G409500 Sobic003G409500 Sobic005G100500--Sobic003G409500 Sobic007G107800 Sobic007G107800 Sobic005G100500--Sobic007G107800 Sobic005G100500--Sobic010G267300 Sobic005G100500--Sobic001G395600 Sobic009G218700 Sobic009G218700 Sobic005G100500--Sobic009G218700 Sobic004G015600 Sobic004G015600 Sobic005G100500--Sobic004G015600 Sobic007G113566 Sobic007G113566 Sobic005G100500--Sobic007G113566 Sobic005G100500--Sobic004G157050 Sobic003G139600 Sobic003G139600 Sobic001G395600--Sobic003G139600 Sobic004G282966 Sobic004G282966 Sobic001G395600--Sobic004G282966 Sobic001G465600 Sobic001G465600 Sobic001G395600--Sobic001G465600 Sobic004G207800 Sobic004G207800 Sobic001G395600--Sobic004G207800 Sobic010G002301 Sobic010G002301 Sobic001G395600--Sobic010G002301 Sobic001G331650 Sobic001G331650 Sobic001G395600--Sobic001G331650 Sobic001G395600--Sobic007G113566 Sobic004G078200 Sobic004G078200 Sobic001G395600--Sobic004G078200 Sobic001G395600--Sobic008G171200 Sobic004G019550 Sobic004G019550 Sobic001G450900--Sobic004G019550 Sobic001G154000 Sobic001G154000 Sobic001G450900--Sobic001G154000 Sobic010G035600 Sobic010G035600 Sobic001G450900--Sobic010G035600 Sobic001G450900--Sobic003G286450 Sobic001G476800 Sobic001G476800 Sobic001G450900--Sobic001G476800 Sobic001G450900--Sobic001G535850 Sobic001G450900--Sobic007G065000 Sobic005G139750 Sobic005G139750 Sobic001G450900--Sobic005G139750 Sobic001G450900--Sobic008G171200 Sobic009G255000 Sobic009G255000 Sobic001G454700--Sobic009G255000 Sobic006G100150 Sobic006G100150 Sobic001G454700--Sobic006G100150 Sobic001G454700--Sobic004G019550 Sobic001G454700--Sobic004G078200 Sobic001G454700--Sobic007G113566 Sobic001G454700--Sobic004G207800 Sobic001G454700--Sobic001G395600 Sobic004G077700 Sobic004G077700 Sobic001G454700--Sobic004G077700 Sobic001G454700--Sobic001G476800 Sobic006G183100 Sobic006G183100 Sobic001G462300--Sobic006G183100 Sobic001G462300--Sobic004G077700 Sobic002G083332 Sobic002G083332 Sobic001G462300--Sobic002G083332 Sobic005G104900 Sobic005G104900 Sobic001G462300--Sobic005G104900 Sobic001G107550 Sobic001G107550 Sobic001G462300--Sobic001G107550 Sobic002G401533 Sobic002G401533 Sobic001G462300--Sobic002G401533 Sobic001G462300--Sobic003G286450 Sobic001G462300--Sobic005G139750 Sobic001G422432 Sobic001G422432 Sobic001G462300--Sobic001G422432 Sobic004G157050--Sobic008G171200 Sobic004G157050--Sobic007G113566 Sobic004G157050--Sobic010G002301 Sobic004G157050--Sobic001G465600 Sobic004G157050--Sobic003G160433 Sobic004G157050--Sobic001G476800 Sobic004G157050--Sobic001G128000 Sobic004G157050--Sobic001G331650 Sobic004G157050--Sobic010G267300 Sobic003G055400--Sobic006G108500 Sobic003G249500 Sobic003G249500 Sobic003G055400--Sobic003G249500 Sobic002G104600 Sobic002G104600 Sobic003G055400--Sobic002G104600 Sobic002G403700 Sobic002G403700 Sobic003G055400--Sobic002G403700 Sobic008G033800 Sobic008G033800 Sobic003G055400--Sobic008G033800 Sobic001G293900 Sobic001G293900 Sobic003G055400--Sobic001G293900 Sobic003G119750 Sobic003G119750 Sobic003G055400--Sobic003G119750 Sobic003G055400--Sobic001G454700 Sobic004G104200 Sobic004G104200 Sobic003G055400--Sobic004G104200
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.