Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G127750.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A1Z5RDK0
Pfam PF13639
Panther DB PTHR14155 PTHR14155:SF120
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0008270; zinc ion binding GO:0005515protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G53190 : RING/U-box superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g41070.1 : zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a010931 , Zm00025a010934 , Zm00025a010937 , Zm00025a010928
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G511600 expressed protein -
2 Sobic.001G472301 - -
3 Sobic.003G011700 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase, putative, expressed K00606: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase
4 Sobic.001G102600 regulatory protein, putative, expressed -
5 Sobic.010G048200 expressed protein -
6 Sobic.001G472400 pumilio domain-containing protein PPD1, putative, expressed -
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8 Sobic.002G173300 BURP domain containing protein, expressed -
9 Sobic.004G349150 - -
10 Sobic.010G048000 expressed protein -
11 Sobic.001G110100 expressed protein -
12 Sobic.009G074900 expressed protein -
13 Sobic.004G202800 glycosyl hydrolase family 5 protein, putative, expressed -
14 Sobic.002G380800 - -
15 Sobic.003G016000 LTPL18 - Protease inhibitor/seed storage/LTP family protein precursor, expressed -
16 Sobic.009G075000 expressed protein -
17 Sobic.008G038900 eukaryotic aspartyl protease domain containing protein, expressed -
18 Sobic.003G004900 AMP-binding domain containing protein, expressed K01904: 4-coumarate--CoA ligase
19 Sobic.008G013500 chalcone synthase, putative, expressed -
20 Sobic.004G001700 POEI25 - Pollen Ole e I allergen and extensin family protein precursor, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic006G127750 Sobic006G127750 Sobic001G511600 Sobic001G511600 Sobic006G127750--Sobic001G511600 Sobic001G472301 Sobic001G472301 Sobic006G127750--Sobic001G472301 Sobic003G011700 Sobic003G011700 Sobic006G127750--Sobic003G011700 Sobic001G102600 Sobic001G102600 Sobic006G127750--Sobic001G102600 Sobic010G048200 Sobic010G048200 Sobic006G127750--Sobic010G048200 Sobic001G472400 Sobic001G472400 Sobic006G127750--Sobic001G472400 Sobic010G189366 Sobic010G189366 Sobic006G127750--Sobic010G189366 Sobic002G173300 Sobic002G173300 Sobic006G127750--Sobic002G173300 Sobic004G349150 Sobic004G349150 Sobic006G127750--Sobic004G349150 Sobic001G511600--Sobic001G102600 Sobic001G511600--Sobic001G472301 Sobic001G511600--Sobic003G011700 Sobic001G511600--Sobic001G472400 Sobic001G511600--Sobic010G189366 Sobic005G090000 Sobic005G090000 Sobic001G511600--Sobic005G090000 Sobic001G511600--Sobic004G349150 Sobic004G202800 Sobic004G202800 Sobic001G511600--Sobic004G202800 Sobic003G004900 Sobic003G004900 Sobic001G511600--Sobic003G004900 Sobic001G472301--Sobic001G511600 Sobic008G013500 Sobic008G013500 Sobic001G472301--Sobic008G013500 Sobic007G153100 Sobic007G153100 Sobic001G472301--Sobic007G153100 Sobic001G472301--Sobic005G090000 Sobic001G472301--Sobic001G102600 Sobic001G472301--Sobic003G011700 Sobic001G472301--Sobic001G472400 Sobic002G179200 Sobic002G179200 Sobic001G472301--Sobic002G179200 Sobic001G472301--Sobic010G189366 Sobic003G011700--Sobic001G102600 Sobic003G011700--Sobic010G189366 Sobic001G491400 Sobic001G491400 Sobic003G011700--Sobic001G491400 Sobic010G049600 Sobic010G049600 Sobic003G011700--Sobic010G049600 Sobic003G011700--Sobic004G349150 Sobic003G011700--Sobic001G472400 Sobic003G011700--Sobic003G004900 Sobic005G200700 Sobic005G200700 Sobic003G011700--Sobic005G200700 Sobic003G011700--Sobic001G511600 Sobic001G102600--Sobic010G189366 Sobic001G102600--Sobic004G349150 Sobic006G267400 Sobic006G267400 Sobic001G102600--Sobic006G267400 Sobic004G001700 Sobic004G001700 Sobic001G102600--Sobic004G001700 Sobic010G187400 Sobic010G187400 Sobic001G102600--Sobic010G187400 Sobic001G102600--Sobic003G004900 Sobic006G098300 Sobic006G098300 Sobic001G102600--Sobic006G098300 Sobic008G032400 Sobic008G032400 Sobic001G102600--Sobic008G032400 Sobic001G102600--Sobic001G472400 Sobic009G074900 Sobic009G074900 Sobic010G048200--Sobic009G074900 Sobic009G075000 Sobic009G075000 Sobic010G048200--Sobic009G075000 Sobic003G016000 Sobic003G016000 Sobic010G048200--Sobic003G016000 Sobic010G048200--Sobic010G187400 Sobic003G088200 Sobic003G088200 Sobic010G048200--Sobic003G088200 Sobic001G133200 Sobic001G133200 Sobic010G048200--Sobic001G133200 Sobic001G472400--Sobic010G189366 Sobic001G472400--Sobic001G102600 Sobic001G472400--Sobic004G349150 Sobic001G472400--Sobic004G001700 Sobic001G472400--Sobic006G267400 Sobic001G472400--Sobic010G187400 Sobic010G259400 Sobic010G259400 Sobic001G472400--Sobic010G259400 Sobic001G472400--Sobic004G202800 Sobic001G472400--Sobic008G032400 Sobic010G189366--Sobic004G349150 Sobic010G189366--Sobic001G102600 Sobic010G189366--Sobic004G001700 Sobic010G189366--Sobic010G187400 Sobic010G189366--Sobic008G032400 Sobic006G006900 Sobic006G006900 Sobic010G189366--Sobic006G006900 Sobic002G270400 Sobic002G270400 Sobic010G189366--Sobic002G270400 Sobic010G189366--Sobic001G133200 Sobic002G173300--Sobic004G001700 Sobic007G180700 Sobic007G180700 Sobic002G173300--Sobic007G180700 Sobic002G173300--Sobic006G267400 Sobic006G006800 Sobic006G006800 Sobic002G173300--Sobic006G006800 Sobic002G173300--Sobic006G098300 Sobic002G173300--Sobic002G270400 Sobic002G173300--Sobic004G349150 Sobic002G173300--Sobic009G074900 Sobic002G173300--Sobic003G088200 Sobic004G349150--Sobic010G189366 Sobic004G349150--Sobic010G187400 Sobic004G349150--Sobic004G001700 Sobic004G349150--Sobic008G032400 Sobic004G349150--Sobic006G006900 Sobic004G349150--Sobic002G270400 Sobic003G263800 Sobic003G263800 Sobic004G349150--Sobic003G263800 Sobic002G427550 Sobic002G427550 Sobic004G349150--Sobic002G427550 Sobic004G349150--Sobic001G133200
Octagon: transcription factors


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