Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G046600.1
Synonym CPH, SMT1
Functional annotation cycloartenol-C-24-methyltransferase 1, putative, expressed
UniProt C5WW51
Pfam PF08241 PF08498
Panther DB PTHR10108 PTHR10108:SF908
NCBI CDD KOG1269; SAM-dependent methyltransferases
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0008168; methyltransferase activity GO:0008152metabolic process GO:0006694steroid biosynthetic process


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G13710 : sterol methyltransferase 1
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g10600.1 : cycloartenol-C-24-methyltransferase 1, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a044588 , Zm00025a016508 , Zm00025a016507
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G016500 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
2 Sobic.004G212800 - -
3 Sobic.004G164600 - -
4 Sobic.007G073400 SHR5-receptor-like kinase, putative, expressed -
5 Sobic.003G424100 sulfotransferase domain containing protein, expressed -
6 Sobic.004G112500 - -
7 Sobic.008G167300 NBS-LRR disease resistance protein, putative, expressed -
8 Sobic.008G157950 - -
9 Sobic.008G176732 - -
10 Sobic.001G479500 dihydroflavonol-4-reductase, putative, expressed K15891: NAD+-dependent farnesol dehydrogenase
11 Sobic.003G057800 rho termination factor, N-terminal domain containing protein, expressed -
12 Sobic.010G146700 transmembrane amino acid transporter protein, putative, expressed K15015: SLC32A, solute carrier family 32 (vesicular inhibitory amino acid transporter)
13 Sobic.008G042250 - -
14 Sobic.004G240900 "domain confirmed by Pfam database, expression supported by NCBI EST database, expressed in leaf, flower and stem, expression induced by IAA and BR treatments"(PubMedID : 20528920)@auxin efflux carrier component, putative, expressed K13947: auxin efflux carrier family protein
15 Sobic.002G150766 - -
16 Sobic.008G031350 - -
17 Sobic.005G110430 - -
18 Sobic.001G024200 lipase class 3 family protein, putative, expressed -
19 Sobic.009G059600 KIP1, putative, expressed -
20 Sobic.002G007250 - -


Gene co-expression network
sample Sobic001G046600 Sobic001G046600 Sobic004G016500 Sobic004G016500 Sobic001G046600--Sobic004G016500 Sobic004G212800 Sobic004G212800 Sobic001G046600--Sobic004G212800 Sobic004G164600 Sobic004G164600 Sobic001G046600--Sobic004G164600 Sobic007G073400 Sobic007G073400 Sobic001G046600--Sobic007G073400 Sobic003G424100 Sobic003G424100 Sobic001G046600--Sobic003G424100 Sobic004G112500 Sobic004G112500 Sobic001G046600--Sobic004G112500 Sobic008G167300 Sobic008G167300 Sobic001G046600--Sobic008G167300 Sobic008G157950 Sobic008G157950 Sobic001G046600--Sobic008G157950 Sobic008G176732 Sobic008G176732 Sobic001G046600--Sobic008G176732 Sobic004G016500--Sobic001G046600 Sobic002G150766 Sobic002G150766 Sobic004G016500--Sobic002G150766 Sobic002G330400 Sobic002G330400 Sobic004G016500--Sobic002G330400 Sobic004G016500--Sobic008G167300 Sobic004G016500--Sobic004G212800 Sobic003G057800 Sobic003G057800 Sobic004G016500--Sobic003G057800 Sobic001G479500 Sobic001G479500 Sobic004G016500--Sobic001G479500 Sobic004G016500--Sobic004G164600 Sobic004G016500--Sobic003G424100 Sobic004G212800--Sobic007G073400 Sobic004G212800--Sobic004G164600 Sobic001G024200 Sobic001G024200 Sobic004G212800--Sobic001G024200 Sobic001G345333 Sobic001G345333 Sobic004G212800--Sobic001G345333 Sobic002G007250 Sobic002G007250 Sobic004G212800--Sobic002G007250 Sobic010G248200 Sobic010G248200 Sobic004G212800--Sobic010G248200 Sobic004G076732 Sobic004G076732 Sobic004G212800--Sobic004G076732 Sobic008G161401 Sobic008G161401 Sobic004G212800--Sobic008G161401 Sobic004G212800--Sobic004G112500 Sobic004G164600--Sobic004G212800 Sobic005G110430 Sobic005G110430 Sobic004G164600--Sobic005G110430 Sobic004G164600--Sobic007G073400 Sobic008G042250 Sobic008G042250 Sobic004G164600--Sobic008G042250 Sobic004G164600--Sobic008G157950 Sobic004G164600--Sobic001G345333 Sobic004G164600--Sobic002G007250 SobicK009900 SobicK009900 Sobic004G164600--SobicK009900 Sobic004G164600--Sobic004G076732 Sobic007G073400--Sobic004G212800 Sobic007G073400--Sobic004G164600 Sobic007G073400--Sobic004G076732 Sobic008G009500 Sobic008G009500 Sobic007G073400--Sobic008G009500 Sobic009G113600 Sobic009G113600 Sobic007G073400--Sobic009G113600 Sobic008G031350 Sobic008G031350 Sobic007G073400--Sobic008G031350 Sobic007G073400--Sobic008G042250 Sobic007G073400--Sobic005G110430 Sobic004G143700 Sobic004G143700 Sobic007G073400--Sobic004G143700 Sobic003G424100--Sobic004G164600 Sobic003G424100--Sobic001G046600 Sobic003G424100--Sobic004G212800 Sobic004G240900 Sobic004G240900 Sobic003G424100--Sobic004G240900 Sobic003G424100--Sobic007G073400 Sobic009G059600 Sobic009G059600 Sobic003G424100--Sobic009G059600 Sobic007G099500 Sobic007G099500 Sobic003G424100--Sobic007G099500 Sobic003G424100--Sobic004G016500 Sobic008G068800 Sobic008G068800 Sobic003G424100--Sobic008G068800 Sobic004G112500--Sobic001G024200 Sobic004G112500--Sobic004G212800 Sobic007G211000 Sobic007G211000 Sobic004G112500--Sobic007G211000 Sobic001G543900 Sobic001G543900 Sobic004G112500--Sobic001G543900 Sobic004G112500--Sobic004G164600 Sobic004G112500--Sobic010G248200 Sobic010G124001 Sobic010G124001 Sobic004G112500--Sobic010G124001 Sobic004G112500--Sobic008G157950 Sobic004G112500--Sobic008G042250 Sobic008G167300--Sobic004G212800 Sobic008G167300--Sobic004G016500 Sobic008G167300--Sobic001G046600 Sobic008G167300--Sobic001G024200 Sobic008G167300--Sobic008G161401 Sobic008G167300--Sobic004G164600 Sobic008G167300--Sobic004G112500 Sobic008G167300--Sobic002G007250 Sobic008G167300--Sobic003G424100 Sobic008G157950--Sobic008G042250 Sobic008G157950--Sobic005G110430 Sobic008G157950--Sobic004G164600 Sobic008G049701 Sobic008G049701 Sobic008G157950--Sobic008G049701 Sobic001G287301 Sobic001G287301 Sobic008G157950--Sobic001G287301 Sobic003G036950 Sobic003G036950 Sobic008G157950--Sobic003G036950 Sobic008G157950--Sobic002G007250 Sobic001G253100 Sobic001G253100 Sobic008G157950--Sobic001G253100 Sobic008G157950--Sobic004G212800 Sobic008G176666 Sobic008G176666 Sobic008G176732--Sobic008G176666 Sobic008G176732--Sobic008G157950 Sobic008G176732--Sobic001G046600 Sobic008G176732--Sobic004G016500 Sobic008G176732--Sobic004G164600 Sobic008G176732--Sobic003G036950 Sobic001G132500 Sobic001G132500 Sobic008G176732--Sobic001G132500 Sobic008G176732--Sobic008G042250 Sobic003G302701 Sobic003G302701 Sobic008G176732--Sobic003G302701
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.