Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G057800.2
Synonym
Functional annotation rho termination factor, N-terminal domain containing protein, expressed
UniProt A0A1W0VVU1
Pfam PF07498
Panther DB PTHR34449
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0006353; DNA-templated transcription, termination


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g10810.1 : rho termination factor, N-terminal domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a022997
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G479500 dihydroflavonol-4-reductase, putative, expressed K15891: NAD+-dependent farnesol dehydrogenase
2 Sobic.003G357500 SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during dark-induced senescence.(PubMedID : 27586543)@laccase precursor protein, putative, expressed K05909: laccase
3 Sobic.010G248200 KID-containing protein, putative, expressed -
4 Sobic.008G161401 - -
5 Sobic.004G212800 - -
6 Sobic.005G130200 - -
7 Sobic.007G073400 SHR5-receptor-like kinase, putative, expressed -
8 Sobic.004G016500 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
9 Sobic.001G046600 cycloartenol-C-24-methyltransferase 1, putative, expressed -
10 Sobic.002G376800 EF hand family protein, putative -
11 Sobic.004G020401 - -
12 Sobic.003G357600 laccase precursor protein, putative, expressed K05909: laccase
13 Sobic.001G024200 lipase class 3 family protein, putative, expressed -
14 Sobic.002G007250 - -
15 Sobic.001G272000 - -
16 Sobic.001G345333 - -
17 Sobic.006G204200 putrescine-binding periplasmic protein-related, putative, expressed -
18 Sobic.001G543900 H(+)-ATPase 7(PubMedID : 26320239)@E1-E2 ATPase domain containing protein, expressed K01535: PMA1, H+-transporting ATPase
19 Sobic.006G180432 - -
20 Sobic.004G164600 - -


Gene co-expression network
sample Sobic003G057800 Sobic003G057800 Sobic001G479500 Sobic001G479500 Sobic003G057800--Sobic001G479500 Sobic003G357500 Sobic003G357500 Sobic003G057800--Sobic003G357500 Sobic010G248200 Sobic010G248200 Sobic003G057800--Sobic010G248200 Sobic008G161401 Sobic008G161401 Sobic003G057800--Sobic008G161401 Sobic004G212800 Sobic004G212800 Sobic003G057800--Sobic004G212800 Sobic005G130200 Sobic005G130200 Sobic003G057800--Sobic005G130200 Sobic007G073400 Sobic007G073400 Sobic003G057800--Sobic007G073400 Sobic004G016500 Sobic004G016500 Sobic003G057800--Sobic004G016500 Sobic001G046600 Sobic001G046600 Sobic003G057800--Sobic001G046600 Sobic001G479500--Sobic003G057800 Sobic001G479500--Sobic005G130200 Sobic001G479500--Sobic010G248200 Sobic001G479500--Sobic008G161401 Sobic009G156000 Sobic009G156000 Sobic001G479500--Sobic009G156000 Sobic001G543900 Sobic001G543900 Sobic001G479500--Sobic001G543900 Sobic005G187200 Sobic005G187200 Sobic001G479500--Sobic005G187200 Sobic002G283300 Sobic002G283300 Sobic001G479500--Sobic002G283300 Sobic001G479500--Sobic004G212800 Sobic003G357600 Sobic003G357600 Sobic003G357500--Sobic003G357600 Sobic003G357500--Sobic003G057800 Sobic003G357500--Sobic008G161401 Sobic003G357500--Sobic007G073400 Sobic003G357500--Sobic010G248200 Sobic003G357500--Sobic004G212800 Sobic003G357500--Sobic005G130200 Sobic006G196000 Sobic006G196000 Sobic003G357500--Sobic006G196000 Sobic003G357500--Sobic001G479500 Sobic002G007250 Sobic002G007250 Sobic010G248200--Sobic002G007250 Sobic001G345333 Sobic001G345333 Sobic010G248200--Sobic001G345333 Sobic010G248200--Sobic004G212800 Sobic010G248200--Sobic005G130200 Sobic002G253500 Sobic002G253500 Sobic010G248200--Sobic002G253500 Sobic010G248200--Sobic008G161401 Sobic002G108800 Sobic002G108800 Sobic010G248200--Sobic002G108800 Sobic001G243901 Sobic001G243901 Sobic010G248200--Sobic001G243901 Sobic010G218500 Sobic010G218500 Sobic010G248200--Sobic010G218500 Sobic008G161401--Sobic010G248200 Sobic008G161401--Sobic004G212800 Sobic008G161401--Sobic007G073400 Sobic008G161401--Sobic005G130200 Sobic008G161401--Sobic003G057800 Sobic008G161401--Sobic003G357500 Sobic008G161401--Sobic009G156000 Sobic008G161401--Sobic002G108800 Sobic008G161401--Sobic001G479500 Sobic004G212800--Sobic007G073400 Sobic004G164600 Sobic004G164600 Sobic004G212800--Sobic004G164600 Sobic001G024200 Sobic001G024200 Sobic004G212800--Sobic001G024200 Sobic004G212800--Sobic001G345333 Sobic004G212800--Sobic002G007250 Sobic004G212800--Sobic010G248200 Sobic004G076732 Sobic004G076732 Sobic004G212800--Sobic004G076732 Sobic004G212800--Sobic008G161401 Sobic004G112500 Sobic004G112500 Sobic004G212800--Sobic004G112500 Sobic005G130200--Sobic010G248200 Sobic005G130200--Sobic001G479500 Sobic005G130200--Sobic001G543900 Sobic005G130200--Sobic008G161401 Sobic005G130200--Sobic009G156000 Sobic005G130200--Sobic002G283300 Sobic005G130200--Sobic004G212800 Sobic005G130200--Sobic003G057800 Sobic001G477800 Sobic001G477800 Sobic005G130200--Sobic001G477800 Sobic007G073400--Sobic004G212800 Sobic007G073400--Sobic004G164600 Sobic007G073400--Sobic004G076732 Sobic008G009500 Sobic008G009500 Sobic007G073400--Sobic008G009500 Sobic009G113600 Sobic009G113600 Sobic007G073400--Sobic009G113600 Sobic008G031350 Sobic008G031350 Sobic007G073400--Sobic008G031350 Sobic008G042250 Sobic008G042250 Sobic007G073400--Sobic008G042250 Sobic005G110430 Sobic005G110430 Sobic007G073400--Sobic005G110430 Sobic004G143700 Sobic004G143700 Sobic007G073400--Sobic004G143700 Sobic004G016500--Sobic001G046600 Sobic002G150766 Sobic002G150766 Sobic004G016500--Sobic002G150766 Sobic002G330400 Sobic002G330400 Sobic004G016500--Sobic002G330400 Sobic008G167300 Sobic008G167300 Sobic004G016500--Sobic008G167300 Sobic004G016500--Sobic004G212800 Sobic004G016500--Sobic003G057800 Sobic004G016500--Sobic001G479500 Sobic004G016500--Sobic004G164600 Sobic003G424100 Sobic003G424100 Sobic004G016500--Sobic003G424100 Sobic001G046600--Sobic004G016500 Sobic001G046600--Sobic004G212800 Sobic001G046600--Sobic004G164600 Sobic001G046600--Sobic007G073400 Sobic001G046600--Sobic003G424100 Sobic001G046600--Sobic004G112500 Sobic001G046600--Sobic008G167300 Sobic008G157950 Sobic008G157950 Sobic001G046600--Sobic008G157950 Sobic008G176732 Sobic008G176732 Sobic001G046600--Sobic008G176732
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.