Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G384800.3
Synonym Sb03g042390
Functional annotation pectinacetylesterase domain containing protein, expressed
UniProt C5XER2
Pfam PF03283
Panther DB PTHR21562 PTHR21562:SF19
NCBI CDD KOG4287; Pectin acetylesterase and similar proteins
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0016787; hydrolase activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G09410 : Pectinacetylesterase family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g66830.1 : pectinacetylesterase domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a039463
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G406240 - -
2 Sobic.002G359200 helix-loop-helix DNA-binding domain containing protein, expressed -
3 Sobic.001G523300 "SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental, salt-induced, and dark-induced senescence."(PubMedID : 27586543)@heavy metal-associated domain containing protein, expressed -
4 Sobic.009G106300 - -
5 Sobic.004G205400 - -
6 Sobic.002G396900 csAtPR5, putative, expressed -
7 Sobic.004G011201 - K10143: RFWD2, E3 ubiquitin-protein ligase RFWD2
8 Sobic.003G149500 NAD dependent epimerase/dehydratase family domain containing protein, expressed K08678: UXS1, UDP-glucuronate decarboxylase
9 Sobic.001G128900 cytochrome P450, putative, expressed -
10 Sobic.007G165200 - -
11 Sobic.006G037000 - -
12 Sobic.006G260101 - -
13 Sobic.001G308450 - -
14 Sobic.003G295200 serine/threonine protein kinase, putative, expressed -
15 Sobic.009G031300 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@pentatricopeptide containing protein, putative, expressed -
16 Sobic.001G456650 - K13066: E2.1.1.68, caffeic acid 3-O-methyltransferase
17 Sobic.001G061000 plastocyanin-like domain containing protein, putative, expressed -
18 Sobic.001G068901 - -
19 Sobic.010G060701 - K07964: heparanase
20 Sobic.003G315900 - -


Gene co-expression network
sample Sobic003G384800 Sobic003G384800 Sobic003G406240 Sobic003G406240 Sobic003G384800--Sobic003G406240 Sobic002G359200 Sobic002G359200 Sobic003G384800--Sobic002G359200 Sobic001G523300 Sobic001G523300 Sobic003G384800--Sobic001G523300 Sobic009G106300 Sobic009G106300 Sobic003G384800--Sobic009G106300 Sobic004G205400 Sobic004G205400 Sobic003G384800--Sobic004G205400 Sobic002G396900 Sobic002G396900 Sobic003G384800--Sobic002G396900 Sobic004G011201 Sobic004G011201 Sobic003G384800--Sobic004G011201 Sobic003G149500 Sobic003G149500 Sobic003G384800--Sobic003G149500 Sobic001G128900 Sobic001G128900 Sobic003G384800--Sobic001G128900 Sobic003G406240--Sobic001G523300 Sobic003G406240--Sobic002G396900 Sobic009G031300 Sobic009G031300 Sobic003G406240--Sobic009G031300 Sobic006G037000 Sobic006G037000 Sobic003G406240--Sobic006G037000 Sobic008G096150 Sobic008G096150 Sobic003G406240--Sobic008G096150 Sobic003G406240--Sobic002G359200 Sobic009G072400 Sobic009G072400 Sobic003G406240--Sobic009G072400 Sobic010G200800 Sobic010G200800 Sobic003G406240--Sobic010G200800 Sobic003G406240--Sobic004G205400 Sobic002G359200--Sobic003G406240 Sobic002G359200--Sobic001G523300 Sobic002G359200--Sobic004G205400 Sobic002G359200--Sobic004G011201 Sobic002G359200--Sobic002G396900 Sobic005G002500 Sobic005G002500 Sobic002G359200--Sobic005G002500 Sobic001G308450 Sobic001G308450 Sobic002G359200--Sobic001G308450 Sobic001G537600 Sobic001G537600 Sobic002G359200--Sobic001G537600 Sobic002G359200--Sobic006G037000 Sobic001G523300--Sobic003G406240 Sobic001G523300--Sobic002G396900 Sobic001G523300--Sobic008G096150 Sobic001G523300--Sobic009G031300 Sobic001G523300--Sobic006G037000 Sobic001G523300--Sobic010G200800 Sobic001G523300--Sobic009G072400 Sobic002G326200 Sobic002G326200 Sobic001G523300--Sobic002G326200 Sobic007G174100 Sobic007G174100 Sobic001G523300--Sobic007G174100 Sobic004G087900 Sobic004G087900 Sobic009G106300--Sobic004G087900 Sobic003G017300 Sobic003G017300 Sobic009G106300--Sobic003G017300 Sobic006G269300 Sobic006G269300 Sobic009G106300--Sobic006G269300 Sobic009G005750 Sobic009G005750 Sobic009G106300--Sobic009G005750 Sobic006G260101 Sobic006G260101 Sobic009G106300--Sobic006G260101 Sobic003G315900 Sobic003G315900 Sobic009G106300--Sobic003G315900 Sobic009G106300--Sobic002G359200 Sobic009G054200 Sobic009G054200 Sobic009G106300--Sobic009G054200 Sobic001G061000 Sobic001G061000 Sobic009G106300--Sobic001G061000 Sobic004G205400--Sobic006G260101 Sobic005G116601 Sobic005G116601 Sobic004G205400--Sobic005G116601 Sobic001G087500 Sobic001G087500 Sobic004G205400--Sobic001G087500 Sobic004G162600 Sobic004G162600 Sobic004G205400--Sobic004G162600 Sobic010G060701 Sobic010G060701 Sobic004G205400--Sobic010G060701 Sobic004G205400--Sobic002G359200 Sobic010G278400 Sobic010G278400 Sobic004G205400--Sobic010G278400 Sobic004G205400--Sobic003G406240 Sobic004G205400--Sobic001G523300 Sobic002G396900--Sobic009G031300 Sobic002G396900--Sobic001G523300 Sobic002G396900--Sobic006G037000 Sobic002G396900--Sobic010G200800 Sobic002G396900--Sobic003G406240 Sobic002G231800 Sobic002G231800 Sobic002G396900--Sobic002G231800 Sobic002G396900--Sobic008G096150 Sobic003G149900 Sobic003G149900 Sobic002G396900--Sobic003G149900 Sobic002G396900--Sobic007G174100 Sobic004G011201--Sobic001G128900 Sobic010G158766 Sobic010G158766 Sobic004G011201--Sobic010G158766 Sobic001G220200 Sobic001G220200 Sobic004G011201--Sobic001G220200 Sobic001G410800 Sobic001G410800 Sobic004G011201--Sobic001G410800 Sobic009G238200 Sobic009G238200 Sobic004G011201--Sobic009G238200 Sobic009G174600 Sobic009G174600 Sobic004G011201--Sobic009G174600 Sobic001G009200 Sobic001G009200 Sobic004G011201--Sobic001G009200 Sobic001G535601 Sobic001G535601 Sobic004G011201--Sobic001G535601 Sobic004G344301 Sobic004G344301 Sobic004G011201--Sobic004G344301 Sobic003G065001 Sobic003G065001 Sobic003G149500--Sobic003G065001 Sobic003G367401 Sobic003G367401 Sobic003G149500--Sobic003G367401 Sobic007G093400 Sobic007G093400 Sobic003G149500--Sobic007G093400 Sobic009G198400 Sobic009G198400 Sobic003G149500--Sobic009G198400 Sobic002G320900 Sobic002G320900 Sobic003G149500--Sobic002G320900 Sobic010G201000 Sobic010G201000 Sobic003G149500--Sobic010G201000 Sobic002G210200 Sobic002G210200 Sobic003G149500--Sobic002G210200 Sobic002G284901 Sobic002G284901 Sobic003G149500--Sobic002G284901 Sobic006G069050 Sobic006G069050 Sobic003G149500--Sobic006G069050 Sobic001G261553 Sobic001G261553 Sobic001G128900--Sobic001G261553 Sobic010G096801 Sobic010G096801 Sobic001G128900--Sobic010G096801 Sobic001G128900--Sobic004G011201 Sobic004G199000 Sobic004G199000 Sobic001G128900--Sobic004G199000 Sobic001G128900--Sobic010G158766 Sobic009G004000 Sobic009G004000 Sobic001G128900--Sobic009G004000 Sobic004G357066 Sobic004G357066 Sobic001G128900--Sobic004G357066 Sobic001G128900--Sobic001G220200 Sobic001G139600 Sobic001G139600 Sobic001G128900--Sobic001G139600
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.