Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G359200.1
Synonym Sb02g037990
Functional annotation helix-loop-helix DNA-binding domain containing protein, expressed
UniProt C5XD43
Pfam PF00010
Panther DB PTHR16223 PTHR16223:SF9
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G14760 : basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g39940.1 : helix-loop-helix DNA-binding domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a048586 , Zm00025a015063
Brachypodium KQK15461
Barley -
Wheat TraesCS2D02G193700 , TraesCS2A02G194200 , TraesCS2B02G212700
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G406240 - -
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3 Sobic.004G205400 - -
4 Sobic.004G011201 - K10143: RFWD2, E3 ubiquitin-protein ligase RFWD2
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6 Sobic.005G002500 beta,beta-carotene 9,10-dioxygenase, putative, expressed K17913: carlactone synthase / all-trans-10'-apo-beta-carotenal 13,14-cleaving dioxygenase
7 Sobic.001G308450 - -
8 Sobic.001G537600 expressed protein -
9 Sobic.006G037000 - -
10 Sobic.001G068901 - -
11 Sobic.007G165200 - -
12 Sobic.009G106300 - -
13 Sobic.009G031300 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@pentatricopeptide containing protein, putative, expressed -
14 Sobic.006G260101 - -
15 Sobic.006G065200 SAM domain family protein, expressed -
16 Sobic.009G238200 transcription factor(PubMedID : 30367619)@WRKY19, expressed -
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18 Sobic.009G072400 ABC transporter, ATP-binding protein, putative, expressed -
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20 Sobic.002G252700 vignain precursor, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic002G359200 Sobic002G359200 Sobic003G406240 Sobic003G406240 Sobic002G359200--Sobic003G406240 Sobic001G523300 Sobic001G523300 Sobic002G359200--Sobic001G523300 Sobic004G205400 Sobic004G205400 Sobic002G359200--Sobic004G205400 Sobic004G011201 Sobic004G011201 Sobic002G359200--Sobic004G011201 Sobic002G396900 Sobic002G396900 Sobic002G359200--Sobic002G396900 Sobic005G002500 Sobic005G002500 Sobic002G359200--Sobic005G002500 Sobic001G308450 Sobic001G308450 Sobic002G359200--Sobic001G308450 Sobic001G537600 Sobic001G537600 Sobic002G359200--Sobic001G537600 Sobic006G037000 Sobic006G037000 Sobic002G359200--Sobic006G037000 Sobic003G406240--Sobic001G523300 Sobic003G406240--Sobic002G396900 Sobic009G031300 Sobic009G031300 Sobic003G406240--Sobic009G031300 Sobic003G406240--Sobic006G037000 Sobic008G096150 Sobic008G096150 Sobic003G406240--Sobic008G096150 Sobic003G406240--Sobic002G359200 Sobic009G072400 Sobic009G072400 Sobic003G406240--Sobic009G072400 Sobic010G200800 Sobic010G200800 Sobic003G406240--Sobic010G200800 Sobic003G406240--Sobic004G205400 Sobic001G523300--Sobic003G406240 Sobic001G523300--Sobic002G396900 Sobic001G523300--Sobic008G096150 Sobic001G523300--Sobic009G031300 Sobic001G523300--Sobic006G037000 Sobic001G523300--Sobic010G200800 Sobic001G523300--Sobic009G072400 Sobic002G326200 Sobic002G326200 Sobic001G523300--Sobic002G326200 Sobic007G174100 Sobic007G174100 Sobic001G523300--Sobic007G174100 Sobic006G260101 Sobic006G260101 Sobic004G205400--Sobic006G260101 Sobic005G116601 Sobic005G116601 Sobic004G205400--Sobic005G116601 Sobic001G087500 Sobic001G087500 Sobic004G205400--Sobic001G087500 Sobic004G162600 Sobic004G162600 Sobic004G205400--Sobic004G162600 Sobic010G060701 Sobic010G060701 Sobic004G205400--Sobic010G060701 Sobic004G205400--Sobic002G359200 Sobic010G278400 Sobic010G278400 Sobic004G205400--Sobic010G278400 Sobic004G205400--Sobic003G406240 Sobic004G205400--Sobic001G523300 Sobic001G128900 Sobic001G128900 Sobic004G011201--Sobic001G128900 Sobic010G158766 Sobic010G158766 Sobic004G011201--Sobic010G158766 Sobic001G220200 Sobic001G220200 Sobic004G011201--Sobic001G220200 Sobic001G410800 Sobic001G410800 Sobic004G011201--Sobic001G410800 Sobic009G238200 Sobic009G238200 Sobic004G011201--Sobic009G238200 Sobic009G174600 Sobic009G174600 Sobic004G011201--Sobic009G174600 Sobic001G009200 Sobic001G009200 Sobic004G011201--Sobic001G009200 Sobic001G535601 Sobic001G535601 Sobic004G011201--Sobic001G535601 Sobic004G344301 Sobic004G344301 Sobic004G011201--Sobic004G344301 Sobic002G396900--Sobic009G031300 Sobic002G396900--Sobic001G523300 Sobic002G396900--Sobic006G037000 Sobic002G396900--Sobic010G200800 Sobic002G396900--Sobic003G406240 Sobic002G231800 Sobic002G231800 Sobic002G396900--Sobic002G231800 Sobic002G396900--Sobic008G096150 Sobic003G149900 Sobic003G149900 Sobic002G396900--Sobic003G149900 Sobic002G396900--Sobic007G174100 Sobic009G039300 Sobic009G039300 Sobic005G002500--Sobic009G039300 Sobic005G002500--Sobic001G537600 Sobic006G280900 Sobic006G280900 Sobic005G002500--Sobic006G280900 Sobic006G146400 Sobic006G146400 Sobic005G002500--Sobic006G146400 Sobic005G002500--Sobic009G238200 Sobic006G065200 Sobic006G065200 Sobic005G002500--Sobic006G065200 Sobic010G106400 Sobic010G106400 Sobic005G002500--Sobic010G106400 Sobic001G344450 Sobic001G344450 Sobic005G002500--Sobic001G344450 Sobic004G302400 Sobic004G302400 Sobic005G002500--Sobic004G302400 Sobic002G003900 Sobic002G003900 Sobic001G308450--Sobic002G003900 Sobic001G068901 Sobic001G068901 Sobic001G308450--Sobic001G068901 Sobic009G225300 Sobic009G225300 Sobic001G308450--Sobic009G225300 Sobic001G308450--Sobic001G537600 Sobic010G242100 Sobic010G242100 Sobic001G308450--Sobic010G242100 Sobic001G308450--Sobic006G065200 Sobic010G197400 Sobic010G197400 Sobic001G308450--Sobic010G197400 Sobic002G068500 Sobic002G068500 Sobic001G308450--Sobic002G068500 Sobic010G096801 Sobic010G096801 Sobic001G308450--Sobic010G096801 Sobic001G537600--Sobic010G106400 Sobic001G537600--Sobic001G068901 Sobic001G537600--Sobic006G146400 Sobic001G537600--Sobic009G238200 Sobic001G537600--Sobic006G280900 Sobic001G537600--Sobic006G065200 Sobic010G257300 Sobic010G257300 Sobic001G537600--Sobic010G257300 Sobic004G012100 Sobic004G012100 Sobic001G537600--Sobic004G012100 Sobic006G103601 Sobic006G103601 Sobic001G537600--Sobic006G103601 Sobic006G037000--Sobic009G031300 Sobic006G037000--Sobic003G149900 Sobic001G115900 Sobic001G115900 Sobic006G037000--Sobic001G115900 Sobic008G096900 Sobic008G096900 Sobic006G037000--Sobic008G096900 Sobic006G037000--Sobic009G238200 Sobic006G037000--Sobic007G174100 Sobic009G258150 Sobic009G258150 Sobic006G037000--Sobic009G258150 Sobic006G037000--Sobic010G200800 Sobic006G069050 Sobic006G069050 Sobic006G037000--Sobic006G069050
Octagon: transcription factors


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