Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G019500.1
Synonym Sb04g001815
Functional annotation pentatricopeptide, putative, expressed
UniProt A0A194YM76
Pfam PF13812 PF01535 PF12854 PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF863
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G02060 : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g02950.1 : pentatricopeptide, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a018770 , Zm00025a018769 , Zm00025a018758 , Zm00025a018759
Brachypodium PNT65758
Barley HORVU6Hr1G012040.1
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.004G019500


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G144400 riboflavin biosynthesis protein ribD, putative, expressed K11752: diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase / 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase
2 Sobic.001G540800 DNA binding protein, putative, expressed -
3 Sobic.009G214200 phosphoribosylamine--glycine ligase, putative, expressed K01945: phosphoribosylamine---glycine ligase
4 Sobic.001G326300 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
5 Sobic.007G210000 ribosomal L18p/L5e family protein, expressed -
6 Sobic.001G022500 tRNA synthetases class II domain containing protein, expressed K04567: KARS, lysyl-tRNA synthetase, class II
7 Sobic.004G225600 - -
8 Sobic.003G434700 tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme gidA, putative, expressed K03495: gidA, mnmG, tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme
9 Sobic.004G003900 nitric oxide synthase 1, putative, expressed K13427: nitric-oxide synthase, plant
10 Sobic.008G092532 - -
11 Sobic.010G086900 OsFBX187 - F-box domain containing protein, expressed -
12 Sobic.008G067100 phosphomethylpyrimidine kinase/thiamin-phosphate pyrophosphorylase, putative, expressed K14153: hydroxymethylpyrimidine kinase / phosphomethylpyrimidine kinase / thiamine-phosphate diphosphorylase
13 Sobic.001G448600 GTP-binding protein, putative, expressed K03978: GTP-binding protein
14 Sobic.004G208600 glycine-rich protein, putative, expressed -
15 Sobic.009G129100 preprotein translocase subunit secY, putative, expressed -
16 Sobic.009G103600 MEE12, putative, expressed -
17 Sobic.002G431300 uncharacterized ACR, YagE family COG1723 containing protein, expressed -
18 Sobic.004G107200 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase family protein, expressed K11855: ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 36/42
19 Sobic.002G431400 - -
20 Sobic.002G181132 - -


Gene co-expression network
sample Sobic004G019500 Sobic004G019500 Sobic004G144400 Sobic004G144400 Sobic004G019500--Sobic004G144400 Sobic001G540800 Sobic001G540800 Sobic004G019500--Sobic001G540800 Sobic009G214200 Sobic009G214200 Sobic004G019500--Sobic009G214200 Sobic001G326300 Sobic001G326300 Sobic004G019500--Sobic001G326300 Sobic007G210000 Sobic007G210000 Sobic004G019500--Sobic007G210000 Sobic001G022500 Sobic001G022500 Sobic004G019500--Sobic001G022500 Sobic004G225600 Sobic004G225600 Sobic004G019500--Sobic004G225600 Sobic003G434700 Sobic003G434700 Sobic004G019500--Sobic003G434700 Sobic004G003900 Sobic004G003900 Sobic004G019500--Sobic004G003900 Sobic004G144400--Sobic004G019500 Sobic008G067100 Sobic008G067100 Sobic004G144400--Sobic008G067100 Sobic008G090900 Sobic008G090900 Sobic004G144400--Sobic008G090900 Sobic004G144400--Sobic004G003900 Sobic002G181132 Sobic002G181132 Sobic004G144400--Sobic002G181132 Sobic004G301200 Sobic004G301200 Sobic004G144400--Sobic004G301200 Sobic009G092900 Sobic009G092900 Sobic004G144400--Sobic009G092900 Sobic002G218500 Sobic002G218500 Sobic004G144400--Sobic002G218500 Sobic009G129100 Sobic009G129100 Sobic004G144400--Sobic009G129100 Sobic006G036100 Sobic006G036100 Sobic001G540800--Sobic006G036100 Sobic002G425500 Sobic002G425500 Sobic001G540800--Sobic002G425500 Sobic002G145800 Sobic002G145800 Sobic001G540800--Sobic002G145800 Sobic010G145800 Sobic010G145800 Sobic001G540800--Sobic010G145800 Sobic001G540800--Sobic004G019500 Sobic001G227200 Sobic001G227200 Sobic001G540800--Sobic001G227200 Sobic006G269800 Sobic006G269800 Sobic001G540800--Sobic006G269800 Sobic001G020000 Sobic001G020000 Sobic001G540800--Sobic001G020000 Sobic002G309200 Sobic002G309200 Sobic001G540800--Sobic002G309200 Sobic001G375000 Sobic001G375000 Sobic009G214200--Sobic001G375000 Sobic009G214200--Sobic004G019500 Sobic001G448600 Sobic001G448600 Sobic009G214200--Sobic001G448600 Sobic009G214200--Sobic004G003900 Sobic002G140000 Sobic002G140000 Sobic009G214200--Sobic002G140000 Sobic009G103600 Sobic009G103600 Sobic009G214200--Sobic009G103600 Sobic006G088000 Sobic006G088000 Sobic009G214200--Sobic006G088000 Sobic003G128400 Sobic003G128400 Sobic009G214200--Sobic003G128400 Sobic001G249400 Sobic001G249400 Sobic009G214200--Sobic001G249400 Sobic001G326300--Sobic004G019500 Sobic001G379200 Sobic001G379200 Sobic001G326300--Sobic001G379200 Sobic001G326300--Sobic001G022500 Sobic004G351800 Sobic004G351800 Sobic001G326300--Sobic004G351800 Sobic002G055300 Sobic002G055300 Sobic001G326300--Sobic002G055300 Sobic001G326300--Sobic004G144400 Sobic005G197300 Sobic005G197300 Sobic001G326300--Sobic005G197300 Sobic008G092532 Sobic008G092532 Sobic001G326300--Sobic008G092532 Sobic001G326300--Sobic002G181132 Sobic007G210000--Sobic008G092532 Sobic002G431400 Sobic002G431400 Sobic007G210000--Sobic002G431400 Sobic004G107200 Sobic004G107200 Sobic007G210000--Sobic004G107200 Sobic007G210000--Sobic004G019500 Sobic008G047700 Sobic008G047700 Sobic007G210000--Sobic008G047700 Sobic001G253200 Sobic001G253200 Sobic007G210000--Sobic001G253200 Sobic007G054400 Sobic007G054400 Sobic007G210000--Sobic007G054400 Sobic010G140400 Sobic010G140400 Sobic007G210000--Sobic010G140400 Sobic001G261900 Sobic001G261900 Sobic007G210000--Sobic001G261900 Sobic001G022500--Sobic003G434700 Sobic001G022500--Sobic004G225600 Sobic001G022500--Sobic004G003900 Sobic003G162800 Sobic003G162800 Sobic001G022500--Sobic003G162800 Sobic001G003900 Sobic001G003900 Sobic001G022500--Sobic001G003900 Sobic003G067100 Sobic003G067100 Sobic001G022500--Sobic003G067100 Sobic001G022500--Sobic001G375000 Sobic001G099000 Sobic001G099000 Sobic001G022500--Sobic001G099000 Sobic003G327200 Sobic003G327200 Sobic001G022500--Sobic003G327200 Sobic004G225600--Sobic001G022500 Sobic004G208600 Sobic004G208600 Sobic004G225600--Sobic004G208600 Sobic004G225600--Sobic003G162800 Sobic004G225600--Sobic001G099000 Sobic007G095500 Sobic007G095500 Sobic004G225600--Sobic007G095500 Sobic006G058100 Sobic006G058100 Sobic004G225600--Sobic006G058100 Sobic004G225600--Sobic001G375000 Sobic004G225600--Sobic003G434700 Sobic005G184300 Sobic005G184300 Sobic004G225600--Sobic005G184300 Sobic003G434700--Sobic001G022500 Sobic003G434700--Sobic003G067100 Sobic005G072100 Sobic005G072100 Sobic003G434700--Sobic005G072100 Sobic002G042500 Sobic002G042500 Sobic003G434700--Sobic002G042500 Sobic003G434700--Sobic003G162800 Sobic001G102500 Sobic001G102500 Sobic003G434700--Sobic001G102500 Sobic003G434700--Sobic004G225600 Sobic003G434700--Sobic001G375000 Sobic003G234900 Sobic003G234900 Sobic003G434700--Sobic003G234900 Sobic004G003900--Sobic001G375000 Sobic004G003900--Sobic008G090900 Sobic004G003900--Sobic003G128400 Sobic004G003900--Sobic009G092900 Sobic004G003900--Sobic002G181132 Sobic003G045300 Sobic003G045300 Sobic004G003900--Sobic003G045300 Sobic004G003900--Sobic003G162800 Sobic004G003900--Sobic006G088000 Sobic004G003900--Sobic001G003900
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.