Gene annotation
Transcriptome id Sobic.007G210000.1
Synonym Sb07g027720
Functional annotation ribosomal L18p/L5e family protein, expressed
UniProt A0A1B6PJ10
Pfam PF00861
Panther DB PTHR12899 PTHR12899:SF9
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0006412; translation GO:0005840ribosome GO:0005622intracellular GO:0003735structural constituent of ribosome


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G22450 : Ribosomal L18p/L5e family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os10g34320.1 : ribosomal L18p/L5e family protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a038842
Brachypodium PNT67576
Barley -
Wheat TraesCS1A02G160100 , TraesCS1D02G157300 , TraesCS1B02G176500
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G092532 - -
2 Sobic.002G431400 - -
3 Sobic.004G107200 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase family protein, expressed K11855: ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 36/42
4 Sobic.004G019500 pentatricopeptide, putative, expressed -
5 Sobic.008G047700 serine esterase family protein, putative, expressed -
6 Sobic.001G253200 mandelonitrile lyase, putative, expressed -
7 Sobic.007G054400 FAR1 family protein, expressed -
8 Sobic.010G140400 poor homologous synapsis 1 protein, putative, expressed -
9 Sobic.001G261900 caffeine-induced death protein 1, putative, expressed -
10 Sobic.002G425500 ATPOT1, putative, expressed -
11 Sobic.001G540800 DNA binding protein, putative, expressed -
12 Sobic.001G094600 pentatricopeptide, putative, expressed -
13 Sobic.001G155400 initiation factor 2 subunit family domain containing protein, expressed K03680: translation initiation factor eIF-2B subunit delta
14 Sobic.004G258700 PHD-finger family protein, expressed -
15 Sobic.002G048700 BT1 family protein, putative, expressed -
16 Sobic.002G309200 FAR1 family protein, expressed -
17 Sobic.003G101500 dnaJ domain containing protein, expressed -
18 Sobic.010G172000 - -
19 Sobic.010G145800 KH domain containing protein, putative, expressed K13162: poly(rC)-binding protein 2
20 Sobic.008G011100 OsNucAP2 - Putative Nucleoporin Autopeptidase homologue, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic007G210000 Sobic007G210000 Sobic008G092532 Sobic008G092532 Sobic007G210000--Sobic008G092532 Sobic002G431400 Sobic002G431400 Sobic007G210000--Sobic002G431400 Sobic004G107200 Sobic004G107200 Sobic007G210000--Sobic004G107200 Sobic004G019500 Sobic004G019500 Sobic007G210000--Sobic004G019500 Sobic008G047700 Sobic008G047700 Sobic007G210000--Sobic008G047700 Sobic001G253200 Sobic001G253200 Sobic007G210000--Sobic001G253200 Sobic007G054400 Sobic007G054400 Sobic007G210000--Sobic007G054400 Sobic010G140400 Sobic010G140400 Sobic007G210000--Sobic010G140400 Sobic001G261900 Sobic001G261900 Sobic007G210000--Sobic001G261900 Sobic001G227200 Sobic001G227200 Sobic008G092532--Sobic001G227200 Sobic004G258700 Sobic004G258700 Sobic008G092532--Sobic004G258700 Sobic008G092532--Sobic007G054400 Sobic010G277500 Sobic010G277500 Sobic008G092532--Sobic010G277500 Sobic003G101500 Sobic003G101500 Sobic008G092532--Sobic003G101500 Sobic010G172000 Sobic010G172000 Sobic008G092532--Sobic010G172000 Sobic007G225800 Sobic007G225800 Sobic008G092532--Sobic007G225800 Sobic008G092532--Sobic007G210000 Sobic008G092532--Sobic004G107200 Sobic002G431400--Sobic004G107200 Sobic002G431400--Sobic007G210000 Sobic002G431400--Sobic008G092532 Sobic002G431400--Sobic010G172000 Sobic001G540800 Sobic001G540800 Sobic002G431400--Sobic001G540800 Sobic002G309200 Sobic002G309200 Sobic002G431400--Sobic002G309200 Sobic002G425500 Sobic002G425500 Sobic002G431400--Sobic002G425500 Sobic002G197300 Sobic002G197300 Sobic002G431400--Sobic002G197300 Sobic006G269800 Sobic006G269800 Sobic002G431400--Sobic006G269800 Sobic004G107200--Sobic002G431400 Sobic004G107200--Sobic002G425500 Sobic006G119400 Sobic006G119400 Sobic004G107200--Sobic006G119400 Sobic004G107200--Sobic003G101500 Sobic002G043100 Sobic002G043100 Sobic004G107200--Sobic002G043100 Sobic001G501800 Sobic001G501800 Sobic004G107200--Sobic001G501800 Sobic001G456900 Sobic001G456900 Sobic004G107200--Sobic001G456900 Sobic004G107200--Sobic001G261900 Sobic004G107200--Sobic006G269800 Sobic004G144400 Sobic004G144400 Sobic004G019500--Sobic004G144400 Sobic004G019500--Sobic001G540800 Sobic009G214200 Sobic009G214200 Sobic004G019500--Sobic009G214200 Sobic001G326300 Sobic001G326300 Sobic004G019500--Sobic001G326300 Sobic004G019500--Sobic007G210000 Sobic001G022500 Sobic001G022500 Sobic004G019500--Sobic001G022500 Sobic004G225600 Sobic004G225600 Sobic004G019500--Sobic004G225600 Sobic003G434700 Sobic003G434700 Sobic004G019500--Sobic003G434700 Sobic004G003900 Sobic004G003900 Sobic004G019500--Sobic004G003900 Sobic008G047700--Sobic007G054400 Sobic008G047700--Sobic004G258700 Sobic008G047700--Sobic007G210000 Sobic005G191900 Sobic005G191900 Sobic008G047700--Sobic005G191900 Sobic002G233900 Sobic002G233900 Sobic008G047700--Sobic002G233900 Sobic008G047700--Sobic004G107200 Sobic009G100050 Sobic009G100050 Sobic008G047700--Sobic009G100050 Sobic006G059200 Sobic006G059200 Sobic008G047700--Sobic006G059200 Sobic008G011100 Sobic008G011100 Sobic008G047700--Sobic008G011100 Sobic001G253200--Sobic007G054400 Sobic005G079800 Sobic005G079800 Sobic001G253200--Sobic005G079800 Sobic004G039200 Sobic004G039200 Sobic001G253200--Sobic004G039200 Sobic001G433300 Sobic001G433300 Sobic001G253200--Sobic001G433300 Sobic001G253200--Sobic003G101500 Sobic002G151600 Sobic002G151600 Sobic001G253200--Sobic002G151600 Sobic002G309800 Sobic002G309800 Sobic001G253200--Sobic002G309800 Sobic003G197800 Sobic003G197800 Sobic001G253200--Sobic003G197800 Sobic008G100100 Sobic008G100100 Sobic001G253200--Sobic008G100100 Sobic007G054400--Sobic001G253200 Sobic007G054400--Sobic004G039200 Sobic007G054400--Sobic003G101500 Sobic004G145500 Sobic004G145500 Sobic007G054400--Sobic004G145500 Sobic007G054400--Sobic003G197800 Sobic007G054400--Sobic004G258700 Sobic007G054400--Sobic001G433300 Sobic009G065100 Sobic009G065100 Sobic007G054400--Sobic009G065100 Sobic006G052300 Sobic006G052300 Sobic007G054400--Sobic006G052300 Sobic010G145800 Sobic010G145800 Sobic010G140400--Sobic010G145800 Sobic001G493200 Sobic001G493200 Sobic010G140400--Sobic001G493200 Sobic001G219600 Sobic001G219600 Sobic010G140400--Sobic001G219600 Sobic006G234700 Sobic006G234700 Sobic010G140400--Sobic006G234700 Sobic007G203200 Sobic007G203200 Sobic010G140400--Sobic007G203200 Sobic003G443100 Sobic003G443100 Sobic010G140400--Sobic003G443100 Sobic008G162900 Sobic008G162900 Sobic010G140400--Sobic008G162900 Sobic010G279450 Sobic010G279450 Sobic010G140400--Sobic010G279450 Sobic010G140400--Sobic001G227200 Sobic010G100800 Sobic010G100800 Sobic001G261900--Sobic010G100800 Sobic007G212300 Sobic007G212300 Sobic001G261900--Sobic007G212300 Sobic001G261900--Sobic004G107200 Sobic004G176000 Sobic004G176000 Sobic001G261900--Sobic004G176000 Sobic001G261900--Sobic006G119400 Sobic008G132900 Sobic008G132900 Sobic001G261900--Sobic008G132900 Sobic004G351800 Sobic004G351800 Sobic001G261900--Sobic004G351800 Sobic007G000300 Sobic007G000300 Sobic001G261900--Sobic007G000300 Sobic007G065100 Sobic007G065100 Sobic001G261900--Sobic007G065100
Octagon: transcription factors


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