Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G054600.3
Synonym Sb04g004640, HEMC
Functional annotation porphobilinogen deaminase, chloroplast precursor, putative, expressed
UniProt Q0H637 , A0A1Z5RL09
Pfam PF03900 PF01379
Panther DB PTHR11557
NCBI CDD KOG2892; Porphobilinogen deaminase
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0004418; hydroxymethylbilane synthase activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G08280 : hydroxymethylbilane synthase
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g07230.2 : porphobilinogen deaminase, chloroplast precursor, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a034803 , Zm00025a019072
Brachypodium PNT65977 , KQJ93528
Barley HORVU6Hr1G028050.1 , HORVU6Hr1G028050.3 , HORVU6Hr1G028050.2 , HORVU6Hr1G028050.4
Wheat TraesCS6D02G132500 , TraesCS6D02G132500 , TraesCS6D02G132500 , TraesCS6A02G143300 , TraesCS6A02G143300 , TraesCS6B02G171600 , TraesCS6B02G171600
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.010G249900 pentatricopeptide, putative, expressed -
2 Sobic.007G107800 expressed protein -
3 Sobic.001G095100 response regulator receiver domain containing protein, expressed -
4 Sobic.004G145550 - -
5 Sobic.001G454700 expressed protein -
6 Sobic.001G395600 proteins of unknown function domain containing protein, expressed -
7 Sobic.009G128400 peptide-N4-asparagine amidase A, putative, expressed -
8 Sobic.001G462300 cyclin, putative, expressed K06627: cyclin-A
9 Sobic.005G021400 - -
10 Sobic.010G176000 - -
11 Sobic.001G332933 - -
12 Sobic.004G334601 - -
13 Sobic.007G070100 tentative name(PubMedID : 31536532)@core histone H2A/H2B/H3/H4, putative, expressed K08066: NFYC, nuclear transcription factor Y, gamma
14 Sobic.001G520600 DNA topoisomerase 2, putative, expressed -
15 Sobic.010G196900 pleiotropic drug resistance protein, putative, expressed -
16 Sobic.001G171700 AT-rich interaction region, putative, expressed -
17 Sobic.010G053700 expressed protein -
18 Sobic.003G139600 expressed protein -
19 Sobic.001G444200 pentatricopeptide, putative, expressed -
20 Sobic.006G244200 OsFBDUF42 - F-box and DUF domain containing protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic004G054600 Sobic004G054600 Sobic010G249900 Sobic010G249900 Sobic004G054600--Sobic010G249900 Sobic007G107800 Sobic007G107800 Sobic004G054600--Sobic007G107800 Sobic001G095100 Sobic001G095100 Sobic004G054600--Sobic001G095100 Sobic004G145550 Sobic004G145550 Sobic004G054600--Sobic004G145550 Sobic001G454700 Sobic001G454700 Sobic004G054600--Sobic001G454700 Sobic001G395600 Sobic001G395600 Sobic004G054600--Sobic001G395600 Sobic009G128400 Sobic009G128400 Sobic004G054600--Sobic009G128400 Sobic001G462300 Sobic001G462300 Sobic004G054600--Sobic001G462300 Sobic005G021400 Sobic005G021400 Sobic004G054600--Sobic005G021400 Sobic010G249900--Sobic004G054600 Sobic007G016400 Sobic007G016400 Sobic010G249900--Sobic007G016400 Sobic001G332933 Sobic001G332933 Sobic010G249900--Sobic001G332933 Sobic006G102200 Sobic006G102200 Sobic010G249900--Sobic006G102200 Sobic003G398500 Sobic003G398500 Sobic010G249900--Sobic003G398500 Sobic001G520600 Sobic001G520600 Sobic010G249900--Sobic001G520600 Sobic004G208800 Sobic004G208800 Sobic010G249900--Sobic004G208800 Sobic006G143800 Sobic006G143800 Sobic010G249900--Sobic006G143800 Sobic010G249900--Sobic007G107800 Sobic004G157050 Sobic004G157050 Sobic007G107800--Sobic004G157050 Sobic004G207800 Sobic004G207800 Sobic007G107800--Sobic004G207800 Sobic009G192200 Sobic009G192200 Sobic007G107800--Sobic009G192200 Sobic007G113566 Sobic007G113566 Sobic007G107800--Sobic007G113566 Sobic003G290200 Sobic003G290200 Sobic007G107800--Sobic003G290200 Sobic010G002301 Sobic010G002301 Sobic007G107800--Sobic010G002301 Sobic007G107800--Sobic001G332933 Sobic008G171200 Sobic008G171200 Sobic007G107800--Sobic008G171200 Sobic007G085900 Sobic007G085900 Sobic007G107800--Sobic007G085900 Sobic007G070100 Sobic007G070100 Sobic001G095100--Sobic007G070100 Sobic001G095100--Sobic004G054600 Sobic004G024500 Sobic004G024500 Sobic001G095100--Sobic004G024500 Sobic001G095100--Sobic001G454700 Sobic001G095100--Sobic009G128400 Sobic001G095100--Sobic007G107800 Sobic006G244200 Sobic006G244200 Sobic001G095100--Sobic006G244200 Sobic001G095100--Sobic001G332933 Sobic003G224900 Sobic003G224900 Sobic001G095100--Sobic003G224900 Sobic004G145550--Sobic006G244200 Sobic004G145550--Sobic001G520600 Sobic010G093200 Sobic010G093200 Sobic004G145550--Sobic010G093200 Sobic003G384750 Sobic003G384750 Sobic004G145550--Sobic003G384750 Sobic002G375200 Sobic002G375200 Sobic004G145550--Sobic002G375200 Sobic008G014400 Sobic008G014400 Sobic004G145550--Sobic008G014400 Sobic001G123400 Sobic001G123400 Sobic004G145550--Sobic001G123400 Sobic009G143600 Sobic009G143600 Sobic004G145550--Sobic009G143600 Sobic004G334601 Sobic004G334601 Sobic004G145550--Sobic004G334601 Sobic009G255000 Sobic009G255000 Sobic001G454700--Sobic009G255000 Sobic006G100150 Sobic006G100150 Sobic001G454700--Sobic006G100150 Sobic004G019550 Sobic004G019550 Sobic001G454700--Sobic004G019550 Sobic004G078200 Sobic004G078200 Sobic001G454700--Sobic004G078200 Sobic001G454700--Sobic007G113566 Sobic001G454700--Sobic004G207800 Sobic001G454700--Sobic001G395600 Sobic004G077700 Sobic004G077700 Sobic001G454700--Sobic004G077700 Sobic001G476800 Sobic001G476800 Sobic001G454700--Sobic001G476800 Sobic003G139600 Sobic003G139600 Sobic001G395600--Sobic003G139600 Sobic004G282966 Sobic004G282966 Sobic001G395600--Sobic004G282966 Sobic001G465600 Sobic001G465600 Sobic001G395600--Sobic001G465600 Sobic001G395600--Sobic004G207800 Sobic001G395600--Sobic010G002301 Sobic001G331650 Sobic001G331650 Sobic001G395600--Sobic001G331650 Sobic001G395600--Sobic007G113566 Sobic001G395600--Sobic004G078200 Sobic001G395600--Sobic008G171200 Sobic004G073800 Sobic004G073800 Sobic009G128400--Sobic004G073800 Sobic009G128400--Sobic001G454700 Sobic009G218700 Sobic009G218700 Sobic009G128400--Sobic009G218700 Sobic002G337400 Sobic002G337400 Sobic009G128400--Sobic002G337400 Sobic003G351501 Sobic003G351501 Sobic009G128400--Sobic003G351501 Sobic001G524150 Sobic001G524150 Sobic009G128400--Sobic001G524150 Sobic004G129400 Sobic004G129400 Sobic009G128400--Sobic004G129400 Sobic010G196900 Sobic010G196900 Sobic009G128400--Sobic010G196900 Sobic009G058900 Sobic009G058900 Sobic009G128400--Sobic009G058900 Sobic006G183100 Sobic006G183100 Sobic001G462300--Sobic006G183100 Sobic001G462300--Sobic004G077700 Sobic002G083332 Sobic002G083332 Sobic001G462300--Sobic002G083332 Sobic005G104900 Sobic005G104900 Sobic001G462300--Sobic005G104900 Sobic001G107550 Sobic001G107550 Sobic001G462300--Sobic001G107550 Sobic002G401533 Sobic002G401533 Sobic001G462300--Sobic002G401533 Sobic003G286450 Sobic003G286450 Sobic001G462300--Sobic003G286450 Sobic005G139750 Sobic005G139750 Sobic001G462300--Sobic005G139750 Sobic001G422432 Sobic001G422432 Sobic001G462300--Sobic001G422432 Sobic010G176000 Sobic010G176000 Sobic005G021400--Sobic010G176000 Sobic009G204501 Sobic009G204501 Sobic005G021400--Sobic009G204501 Sobic007G116300 Sobic007G116300 Sobic005G021400--Sobic007G116300 Sobic005G021400--Sobic003G286450 Sobic001G093400 Sobic001G093400 Sobic005G021400--Sobic001G093400 Sobic001G255866 Sobic001G255866 Sobic005G021400--Sobic001G255866 Sobic010G053700 Sobic010G053700 Sobic005G021400--Sobic010G053700 Sobic001G535850 Sobic001G535850 Sobic005G021400--Sobic001G535850 Sobic001G420150 Sobic001G420150 Sobic005G021400--Sobic001G420150
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.