Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G444200.1
Synonym Sb01g041740
Functional annotation pentatricopeptide, putative, expressed
UniProt C5WRN2
Pfam PF12854 PF13812 PF14432 PF13041 PF01535
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF97
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G37170 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os03g13230.1 : pentatricopeptide, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a052951
Brachypodium PNT77791
Barley HORVU4Hr1G064880.2
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.007G160050 - -
2 Sobic.003G384750 - -
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8 Sobic.001G395600 proteins of unknown function domain containing protein, expressed -
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15 Sobic.002G395400 - -
16 Sobic.007G107800 expressed protein -
17 Sobic.007G043750 - -
18 Sobic.006G206600 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@tyrosine phosphatase, putative, expressed -
19 Sobic.004G282966 - -
20 Sobic.010G002301 - -


Gene co-expression network
sample Sobic001G444200 Sobic001G444200 Sobic007G160050 Sobic007G160050 Sobic001G444200--Sobic007G160050 Sobic003G384750 Sobic003G384750 Sobic001G444200--Sobic003G384750 Sobic004G208800 Sobic004G208800 Sobic001G444200--Sobic004G208800 Sobic001G159500 Sobic001G159500 Sobic001G444200--Sobic001G159500 Sobic001G201933 Sobic001G201933 Sobic001G444200--Sobic001G201933 Sobic003G047400 Sobic003G047400 Sobic001G444200--Sobic003G047400 Sobic004G145550 Sobic004G145550 Sobic001G444200--Sobic004G145550 Sobic001G395600 Sobic001G395600 Sobic001G444200--Sobic001G395600 Sobic003G139600 Sobic003G139600 Sobic001G444200--Sobic003G139600 Sobic007G160050--Sobic003G384750 Sobic001G324000 Sobic001G324000 Sobic007G160050--Sobic001G324000 Sobic009G174800 Sobic009G174800 Sobic007G160050--Sobic009G174800 Sobic007G160050--Sobic001G159500 Sobic007G160050--Sobic001G444200 Sobic003G215400 Sobic003G215400 Sobic007G160050--Sobic003G215400 Sobic008G057200 Sobic008G057200 Sobic007G160050--Sobic008G057200 Sobic008G014400 Sobic008G014400 Sobic007G160050--Sobic008G014400 Sobic002G408400 Sobic002G408400 Sobic007G160050--Sobic002G408400 Sobic003G384750--Sobic009G174800 Sobic003G384750--Sobic002G408400 Sobic003G384750--Sobic004G145550 Sobic006G244200 Sobic006G244200 Sobic003G384750--Sobic006G244200 Sobic003G384750--Sobic007G160050 Sobic003G384750--Sobic008G057200 Sobic003G370800 Sobic003G370800 Sobic003G384750--Sobic003G370800 Sobic009G143600 Sobic009G143600 Sobic003G384750--Sobic009G143600 Sobic003G384750--Sobic001G159500 Sobic004G208800--Sobic001G444200 Sobic004G208800--Sobic008G014400 Sobic005G070901 Sobic005G070901 Sobic004G208800--Sobic005G070901 Sobic003G032301 Sobic003G032301 Sobic004G208800--Sobic003G032301 Sobic004G208800--Sobic001G395600 Sobic001G141200 Sobic001G141200 Sobic004G208800--Sobic001G141200 Sobic006G206600 Sobic006G206600 Sobic004G208800--Sobic006G206600 Sobic002G375200 Sobic002G375200 Sobic004G208800--Sobic002G375200 Sobic007G107800 Sobic007G107800 Sobic004G208800--Sobic007G107800 Sobic001G159500--Sobic003G384750 Sobic001G159500--Sobic007G160050 Sobic001G159500--Sobic003G047400 Sobic001G159500--Sobic001G444200 Sobic003G413550 Sobic003G413550 Sobic001G159500--Sobic003G413550 Sobic001G159500--Sobic004G145550 Sobic003G232500 Sobic003G232500 Sobic001G159500--Sobic003G232500 Sobic001G159500--Sobic008G057200 Sobic001G159500--Sobic009G174800 Sobic010G002301 Sobic010G002301 Sobic001G201933--Sobic010G002301 Sobic001G201933--Sobic003G139600 Sobic002G191900 Sobic002G191900 Sobic001G201933--Sobic002G191900 Sobic007G113566 Sobic007G113566 Sobic001G201933--Sobic007G113566 Sobic001G465600 Sobic001G465600 Sobic001G201933--Sobic001G465600 Sobic004G162100 Sobic004G162100 Sobic001G201933--Sobic004G162100 Sobic004G078200 Sobic004G078200 Sobic001G201933--Sobic004G078200 Sobic006G219400 Sobic006G219400 Sobic001G201933--Sobic006G219400 Sobic004G157050 Sobic004G157050 Sobic001G201933--Sobic004G157050 Sobic001G332933 Sobic001G332933 Sobic003G047400--Sobic001G332933 Sobic003G047400--Sobic001G159500 Sobic004G312000 Sobic004G312000 Sobic003G047400--Sobic004G312000 Sobic003G047400--Sobic001G444200 Sobic004G298250 Sobic004G298250 Sobic003G047400--Sobic004G298250 Sobic003G047400--Sobic003G384750 Sobic003G047400--Sobic004G145550 Sobic004G120400 Sobic004G120400 Sobic003G047400--Sobic004G120400 Sobic003G047400--Sobic007G107800 Sobic004G145550--Sobic006G244200 Sobic001G520600 Sobic001G520600 Sobic004G145550--Sobic001G520600 Sobic010G093200 Sobic010G093200 Sobic004G145550--Sobic010G093200 Sobic004G145550--Sobic003G384750 Sobic004G145550--Sobic002G375200 Sobic004G145550--Sobic008G014400 Sobic001G123400 Sobic001G123400 Sobic004G145550--Sobic001G123400 Sobic004G145550--Sobic009G143600 Sobic004G334601 Sobic004G334601 Sobic004G145550--Sobic004G334601 Sobic001G395600--Sobic003G139600 Sobic004G282966 Sobic004G282966 Sobic001G395600--Sobic004G282966 Sobic001G395600--Sobic001G465600 Sobic004G207800 Sobic004G207800 Sobic001G395600--Sobic004G207800 Sobic001G395600--Sobic010G002301 Sobic001G331650 Sobic001G331650 Sobic001G395600--Sobic001G331650 Sobic001G395600--Sobic007G113566 Sobic001G395600--Sobic004G078200 Sobic008G171200 Sobic008G171200 Sobic001G395600--Sobic008G171200 Sobic003G139600--Sobic010G002301 Sobic003G139600--Sobic001G465600 Sobic003G139600--Sobic004G282966 Sobic003G139600--Sobic001G201933 Sobic003G139600--Sobic007G113566 Sobic003G139600--Sobic004G207800 Sobic003G139600--Sobic001G395600 Sobic003G139600--Sobic004G157050 Sobic003G139600--Sobic001G331650
Octagon: transcription factors


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