Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G091000.1
Synonym Sb04g007450, AT59
Functional annotation pectate lyase precursor, putative, expressed
UniProt C5XY12
Pfam PF04431 PF00544
Panther DB PTHR31683 PTHR31683:SF32
NCBI CDD -
KEGG Orthology K01728; pectate lyase
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G14420 : Pectate lyase family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g12300.1 : pectate lyase precursor, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a041505 , Zm00025a042286 , Zm00025a034576 , Zm00025a051171
Brachypodium KQK17868
Barley HORVU6Hr1G038630.1 , HORVU7Hr1G085860.1 , HORVU7Hr1G085860.2 , HORVU7Hr1G085860.3
Wheat TraesCS6A02G184500 , TraesCS6A02G184500 , TraesCS7D02G356700 , TraesCS7B02G261700 , TraesCS6B02G211900 , TraesCS6D02G170500 , TraesCS7A02G365700
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.004G091000


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G114800 invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein, putative, expressed -
2 Sobic.007G134260 - -
3 Sobic.007G103000 FGGY family of carbohydrate kinases, putative, expressed K00864: glpK, glycerol kinase
4 Sobic.003G232100 - -
5 Sobic.003G147700 invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein, putative, expressed -
6 Sobic.005G000200 lipase, putative, expressed -
7 Sobic.006G270800 EF hand family protein, putative, expressed -
8 Sobic.005G122100 expressed protein -
9 Sobic.005G009700 expressed protein -
10 Sobic.005G065300 methyltransferase, putative, expressed -
11 Sobic.008G079200 OsCML28 - Calmodulin-related calcium sensor protein, expressed K13448: calcium-binding protein CML
12 Sobic.009G089200 NAD dependent epimerase/dehydratase family domain containing protein, expressed K12450: UDP-glucose 4,6-dehydratase
13 Sobic.008G102850 - -
14 Sobic.006G173400 actin-depolymerizing factor, putative, expressed K05765: cofilin
15 Sobic.006G127800 armadillo/beta-catenin repeat family protein, putative, expressed -
16 Sobic.001G539820 - -
17 Sobic.002G427500 pectinesterase, putative, expressed K01051: pectinesterase
18 Sobic.009G090400 - -
19 Sobic.001G139400 - -
20 Sobic.007G222200 - -


Gene co-expression network
sample Sobic004G091000 Sobic004G091000 Sobic003G114800 Sobic003G114800 Sobic004G091000--Sobic003G114800 Sobic007G134260 Sobic007G134260 Sobic004G091000--Sobic007G134260 Sobic007G103000 Sobic007G103000 Sobic004G091000--Sobic007G103000 Sobic003G232100 Sobic003G232100 Sobic004G091000--Sobic003G232100 Sobic003G147700 Sobic003G147700 Sobic004G091000--Sobic003G147700 Sobic005G000200 Sobic005G000200 Sobic004G091000--Sobic005G000200 Sobic006G270800 Sobic006G270800 Sobic004G091000--Sobic006G270800 Sobic005G122100 Sobic005G122100 Sobic004G091000--Sobic005G122100 Sobic005G009700 Sobic005G009700 Sobic004G091000--Sobic005G009700 Sobic003G114800--Sobic004G091000 Sobic003G114800--Sobic003G147700 Sobic003G114800--Sobic007G134260 Sobic003G114800--Sobic005G000200 Sobic003G114800--Sobic007G103000 Sobic003G114800--Sobic003G232100 Sobic003G114800--Sobic006G270800 Sobic008G079200 Sobic008G079200 Sobic003G114800--Sobic008G079200 Sobic003G114800--Sobic005G122100 Sobic007G134260--Sobic007G103000 Sobic007G134260--Sobic005G122100 Sobic007G134260--Sobic004G091000 Sobic007G134260--Sobic003G232100 Sobic007G134260--Sobic003G114800 Sobic007G134260--Sobic003G147700 Sobic007G134260--Sobic006G270800 Sobic008G102850 Sobic008G102850 Sobic007G134260--Sobic008G102850 Sobic009G090400 Sobic009G090400 Sobic007G134260--Sobic009G090400 Sobic007G103000--Sobic007G134260 Sobic007G103000--Sobic005G122100 Sobic007G103000--Sobic004G091000 Sobic007G103000--Sobic003G232100 Sobic007G103000--Sobic003G147700 Sobic007G103000--Sobic003G114800 Sobic007G103000--Sobic008G102850 Sobic007G103000--Sobic006G270800 Sobic007G103000--Sobic009G090400 Sobic003G232100--Sobic007G134260 Sobic003G232100--Sobic006G270800 Sobic003G232100--Sobic007G103000 Sobic003G232100--Sobic005G122100 Sobic003G232100--Sobic004G091000 Sobic003G232100--Sobic003G114800 Sobic003G232100--Sobic003G147700 Sobic002G427500 Sobic002G427500 Sobic003G232100--Sobic002G427500 Sobic006G127800 Sobic006G127800 Sobic003G232100--Sobic006G127800 Sobic003G147700--Sobic003G114800 Sobic003G147700--Sobic006G270800 Sobic003G147700--Sobic007G103000 Sobic003G147700--Sobic007G134260 Sobic003G147700--Sobic002G427500 Sobic003G147700--Sobic004G091000 Sobic003G147700--Sobic006G127800 Sobic003G147700--Sobic005G122100 Sobic003G147700--Sobic003G232100 Sobic005G000200--Sobic005G009700 Sobic005G000200--Sobic003G114800 Sobic005G000200--Sobic004G091000 Sobic001G539820 Sobic001G539820 Sobic005G000200--Sobic001G539820 Sobic001G364700 Sobic001G364700 Sobic005G000200--Sobic001G364700 Sobic005G000200--Sobic003G147700 Sobic001G139400 Sobic001G139400 Sobic005G000200--Sobic001G139400 Sobic005G000200--Sobic007G134260 Sobic010G118800 Sobic010G118800 Sobic005G000200--Sobic010G118800 Sobic006G270800--Sobic002G427500 Sobic006G270800--Sobic006G127800 Sobic006G270800--Sobic003G147700 Sobic006G270800--Sobic003G232100 Sobic003G009600 Sobic003G009600 Sobic006G270800--Sobic003G009600 Sobic006G270800--Sobic005G122100 Sobic009G089000 Sobic009G089000 Sobic006G270800--Sobic009G089000 Sobic006G270800--Sobic003G114800 Sobic006G270800--Sobic009G090400 Sobic005G122100--Sobic009G090400 Sobic005G122100--Sobic007G103000 Sobic005G122100--Sobic007G134260 Sobic007G222200 Sobic007G222200 Sobic005G122100--Sobic007G222200 Sobic005G122100--Sobic006G270800 Sobic005G122100--Sobic003G232100 Sobic002G157900 Sobic002G157900 Sobic005G122100--Sobic002G157900 Sobic005G122100--Sobic003G147700 Sobic005G122100--Sobic002G427500 Sobic005G009700--Sobic001G539820 Sobic005G009700--Sobic005G000200 Sobic002G128700 Sobic002G128700 Sobic005G009700--Sobic002G128700 Sobic002G225800 Sobic002G225800 Sobic005G009700--Sobic002G225800 Sobic005G009700--Sobic001G139400 Sobic005G009700--Sobic004G091000 Sobic005G009700--Sobic003G114800 Sobic005G009700--Sobic001G364700 Sobic004G158100 Sobic004G158100 Sobic005G009700--Sobic004G158100
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.