Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G235500.1
Synonym ATSK1, Sb06g030260, SK1
Functional annotation shikimate kinase, putative, expressed
UniProt C5Y8Y1
Pfam PF13238
Panther DB PTHR21087 PTHR21087:SF6
NCBI CDD -
KEGG Orthology K00891; aroK, shikimate kinase
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G21940 : shikimate kinase 1
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g54800.1 : shikimate kinase, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a009590
Brachypodium -
Barley HORVU2Hr1G115700.10 , HORVU2Hr1G115700.11 , HORVU2Hr1G115700.12 , HORVU2Hr1G115700.13 , HORVU2Hr1G115700.6 , HORVU2Hr1G115700.7 , HORVU2Hr1G115700.5 , HORVU2Hr1G115700.1 , HORVU2Hr1G115700.8 , HORVU2Hr1G115700.9
Wheat TraesCS2D02G525500
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.006G235500


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
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19 Sobic.003G337200 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@pentatricopeptide repeat-containing protein, putative, expressed -
20 Sobic.003G169400 DNA-directed RNA polymerase subunit beta, putative, expressed K03046: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'


Gene co-expression network
sample Sobic006G235500 Sobic006G235500 Sobic008G095150 Sobic008G095150 Sobic006G235500--Sobic008G095150 Sobic001G016300 Sobic001G016300 Sobic006G235500--Sobic001G016300 Sobic002G104600 Sobic002G104600 Sobic006G235500--Sobic002G104600 Sobic001G515400 Sobic001G515400 Sobic006G235500--Sobic001G515400 Sobic010G133225 Sobic010G133225 Sobic006G235500--Sobic010G133225 Sobic003G255850 Sobic003G255850 Sobic006G235500--Sobic003G255850 Sobic005G163932 Sobic005G163932 Sobic006G235500--Sobic005G163932 Sobic007G107800 Sobic007G107800 Sobic006G235500--Sobic007G107800 Sobic003G249500 Sobic003G249500 Sobic006G235500--Sobic003G249500 Sobic007G065000 Sobic007G065000 Sobic008G095150--Sobic007G065000 Sobic003G286450 Sobic003G286450 Sobic008G095150--Sobic003G286450 Sobic001G394532 Sobic001G394532 Sobic008G095150--Sobic001G394532 Sobic001G535850 Sobic001G535850 Sobic008G095150--Sobic001G535850 Sobic010G035600 Sobic010G035600 Sobic008G095150--Sobic010G035600 Sobic008G171200 Sobic008G171200 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Octagon: transcription factors


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