Gene annotation
Transcriptome id Sobic.008G030400.1
Synonym
Functional annotation zinc knuckle family protein, expressed
UniProt C5YRK2
Pfam -
Panther DB PTHR33075 PTHR33075:SF4
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) LOC_Os06g28300.1 : zinc knuckle family protein, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G247800 - -
2 Sobic.005G123900 ATP binding protein, putative, expressed K17592: sacsin
3 Sobic.001G182000 MBTB51 - Bric-a-Brac, Tramtrack, Broad Complex BTB domain with Meprin and TRAF Homology MATH domain, expressed -
4 Sobic.007G104300 Leucine Rich Repeat family protein, expressed -
5 Sobic.004G166301 - -
6 Sobic.005G204100 kelch repeat protein, putative, expressed -
7 Sobic.004G197100 SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during dark-induced senescence.(PubMedID : 27586543)@- -
8 Sobic.005G148400 OsFBX404 - F-box domain containing protein, expressed -
9 Sobic.010G091700 "PGL2/OsBUL1(Ortholog in rice:Heang and Sassa, 2012b(PubMedID : 31659932)@helix-loop-helix DNA-binding domain containing protein, expressed -
10 Sobic.003G156766 - -
11 Sobic.002G065600 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@terpene synthase, putative, expressed -
12 Sobic.002G065500 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@terpene synthase, putative, expressed -
13 Sobic.010G161900 peroxidase precursor, putative, expressed K00430: peroxidase
14 Sobic.009G259500 receptor protein kinase CLAVATA1 precursor, putative, expressed -
15 Sobic.001G181900 MBTB51 - Bric-a-Brac, Tramtrack, Broad Complex BTB domain with Meprin and TRAF Homology MATH domain, expressed K10523: speckle-type POZ protein
16 Sobic.002G144025 - -
17 Sobic.003G375000 RNA recognition motif containing protein, putative, expressed -
18 Sobic.001G271000 - -
19 Sobic.004G291600 - -
20 Sobic.002G216600 "DEP1(Ortholog in rice:Huang et al., 2009(PubMedID : 31659854)@keratin-associated protein 5-4, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic008G030400 Sobic008G030400 Sobic001G247800 Sobic001G247800 Sobic008G030400--Sobic001G247800 Sobic005G123900 Sobic005G123900 Sobic008G030400--Sobic005G123900 Sobic001G182000 Sobic001G182000 Sobic008G030400--Sobic001G182000 Sobic007G104300 Sobic007G104300 Sobic008G030400--Sobic007G104300 Sobic004G166301 Sobic004G166301 Sobic008G030400--Sobic004G166301 Sobic005G204100 Sobic005G204100 Sobic008G030400--Sobic005G204100 Sobic004G197100 Sobic004G197100 Sobic008G030400--Sobic004G197100 Sobic005G148400 Sobic005G148400 Sobic008G030400--Sobic005G148400 Sobic010G091700 Sobic010G091700 Sobic008G030400--Sobic010G091700 Sobic001G247800--Sobic010G091700 Sobic001G247800--Sobic008G030400 Sobic002G367300 Sobic002G367300 Sobic001G247800--Sobic002G367300 Sobic009G259500 Sobic009G259500 Sobic001G247800--Sobic009G259500 Sobic004G154600 Sobic004G154600 Sobic001G247800--Sobic004G154600 Sobic002G216600 Sobic002G216600 Sobic001G247800--Sobic002G216600 Sobic010G208500 Sobic010G208500 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