Gene annotation
Transcriptome id Sobic.008G175600.1
Synonym
Functional annotation RING-H2 finger protein ATL5D, putative, expressed
UniProt A0A1Z5R7G6
Pfam PF13639
Panther DB PTHR14155 PTHR14155:SF130
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0008270; zinc ion binding GO:0005515protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G06490 : RING/U-box superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g06560.1 : zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a025139 , Zm00025a004733
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
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20 Sobic.002G285800 "domain confirmed by Pfam database, expression not supported"(PubMedID : 20499123)@OsSAUR52 - Auxin-responsive SAUR gene family member, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic008G175600 Sobic008G175600 Sobic009G174600 Sobic009G174600 Sobic008G175600--Sobic009G174600 Sobic008G112400 Sobic008G112400 Sobic008G175600--Sobic008G112400 Sobic008G166250 Sobic008G166250 Sobic008G175600--Sobic008G166250 Sobic002G065300 Sobic002G065300 Sobic008G175600--Sobic002G065300 Sobic004G269500 Sobic004G269500 Sobic008G175600--Sobic004G269500 Sobic002G426650 Sobic002G426650 Sobic008G175600--Sobic002G426650 Sobic003G101600 Sobic003G101600 Sobic008G175600--Sobic003G101600 Sobic002G008701 Sobic002G008701 Sobic008G175600--Sobic002G008701 Sobic002G284300 Sobic002G284300 Sobic008G175600--Sobic002G284300 Sobic004G302400 Sobic004G302400 Sobic009G174600--Sobic004G302400 Sobic009G174600--Sobic002G065300 Sobic002G116300 Sobic002G116300 Sobic009G174600--Sobic002G116300 Sobic006G222650 Sobic006G222650 Sobic009G174600--Sobic006G222650 Sobic001G543600 Sobic001G543600 Sobic009G174600--Sobic001G543600 Sobic002G285800 Sobic002G285800 Sobic009G174600--Sobic002G285800 Sobic006G103601 Sobic006G103601 Sobic009G174600--Sobic006G103601 Sobic010G035300 Sobic010G035300 Sobic009G174600--Sobic010G035300 Sobic009G238200 Sobic009G238200 Sobic009G174600--Sobic009G238200 Sobic005G001600 Sobic005G001600 Sobic008G112400--Sobic005G001600 Sobic008G112400--Sobic002G065300 Sobic008G112400--Sobic002G426650 Sobic009G082500 Sobic009G082500 Sobic008G112400--Sobic009G082500 Sobic002G346250 Sobic002G346250 Sobic008G112400--Sobic002G346250 Sobic007G119300 Sobic007G119300 Sobic008G112400--Sobic007G119300 Sobic004G302550 Sobic004G302550 Sobic008G112400--Sobic004G302550 Sobic008G112400--Sobic004G269500 Sobic008G112400--Sobic009G174600 Sobic004G184500 Sobic004G184500 Sobic008G166250--Sobic004G184500 Sobic005G094500 Sobic005G094500 Sobic008G166250--Sobic005G094500 Sobic003G155350 Sobic003G155350 Sobic008G166250--Sobic003G155350 Sobic004G314750 Sobic004G314750 Sobic008G166250--Sobic004G314750 Sobic001G204200 Sobic001G204200 Sobic008G166250--Sobic001G204200 Sobic008G054400 Sobic008G054400 Sobic008G166250--Sobic008G054400 Sobic002G114600 Sobic002G114600 Sobic008G166250--Sobic002G114600 Sobic001G212701 Sobic001G212701 Sobic008G166250--Sobic001G212701 Sobic009G094000 Sobic009G094000 Sobic008G166250--Sobic009G094000 Sobic002G065300--Sobic009G174600 Sobic002G065300--Sobic004G302400 Sobic002G065300--Sobic006G222650 Sobic002G065300--Sobic002G116300 Sobic002G065300--Sobic004G302550 Sobic002G065300--Sobic008G112400 Sobic002G065300--Sobic004G269500 Sobic004G177400 Sobic004G177400 Sobic002G065300--Sobic004G177400 Sobic002G065300--Sobic001G543600 Sobic004G269500--Sobic006G222650 Sobic004G269500--Sobic010G035300 Sobic004G269500--Sobic004G302400 Sobic004G269500--Sobic004G302550 Sobic004G269500--Sobic002G065300 Sobic004G269500--Sobic009G174600 Sobic004G269500--Sobic002G116300 Sobic004G269500--Sobic004G314750 Sobic006G146400 Sobic006G146400 Sobic004G269500--Sobic006G146400 Sobic002G426650--Sobic008G112400 Sobic002G426650--Sobic007G119300 Sobic002G426650--Sobic004G302550 Sobic002G426650--Sobic004G269500 Sobic002G426650--Sobic002G065300 Sobic002G426650--Sobic009G174600 Sobic008G064900 Sobic008G064900 Sobic002G426650--Sobic008G064900 Sobic002G426650--Sobic005G001600 Sobic002G426650--Sobic004G302400 Sobic003G101600--Sobic004G314750 Sobic008G164525 Sobic008G164525 Sobic003G101600--Sobic008G164525 Sobic006G094400 Sobic006G094400 Sobic003G101600--Sobic006G094400 Sobic001G434450 Sobic001G434450 Sobic003G101600--Sobic001G434450 Sobic003G101600--Sobic009G094000 Sobic004G001900 Sobic004G001900 Sobic003G101600--Sobic004G001900 Sobic002G133600 Sobic002G133600 Sobic003G101600--Sobic002G133600 Sobic003G101600--Sobic002G114600 Sobic002G165401 Sobic002G165401 Sobic003G101600--Sobic002G165401 Sobic004G223350 Sobic004G223350 Sobic002G008701--Sobic004G223350 Sobic007G203850 Sobic007G203850 Sobic002G008701--Sobic007G203850 Sobic007G016300 Sobic007G016300 Sobic002G008701--Sobic007G016300 Sobic003G015800 Sobic003G015800 Sobic002G008701--Sobic003G015800 Sobic002G008701--Sobic008G175600 Sobic002G008701--Sobic008G112400 Sobic005G083866 Sobic005G083866 Sobic002G008701--Sobic005G083866 Sobic002G331200 Sobic002G331200 Sobic002G008701--Sobic002G331200 Sobic001G296600 Sobic001G296600 Sobic002G008701--Sobic001G296600 Sobic002G284300--Sobic002G331200 Sobic001G214400 Sobic001G214400 Sobic002G284300--Sobic001G214400 Sobic008G173700 Sobic008G173700 Sobic002G284300--Sobic008G173700 Sobic002G284300--Sobic004G177400 Sobic002G284300--Sobic003G101600 Sobic002G284300--Sobic008G166250 Sobic002G284300--Sobic009G094000 Sobic002G284300--Sobic007G016300 Sobic002G284300--Sobic008G112400
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