Gene annotation
Transcriptome id Sobic.009G251700.2,Sobic.009G251700.3
Synonym Sb09g030240
Functional annotation DNA ligase, putative, expressed
UniProt A0A1Z5R3Z6 , A0A1B6PA51
Pfam PF14520
Panther DB PTHR37394 PTHR37394:SF1
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G12790 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os05g51060.1 : DNA ligase, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a036755
Brachypodium -
Barley HORVU2Hr1G097620.1 , HORVU2Hr1G013560.1 , HORVU1Hr1G026040.5 , HORVU1Hr1G026040.4 , HORVU3Hr1G067800.1 , HORVU2Hr1G013560.2 , HORVU2Hr1G097620.2 , HORVU5Hr1G112780.1 , HORVU5Hr1G069260.4 , HORVU4Hr1G051260.1 , HORVU4Hr1G051260.2
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G334100 CSLF3 - cellulose synthase-like family F@ beta1,3@1,4 glucan synthase, expressed -
2 Sobic.002G321200 vrga1, putative, expressed -
3 Sobic.008G174850 - -
4 Sobic.003G015700 endoglucanase precursor, putative, expressed -
5 Sobic.002G075400 receptor kinase, putative, expressed -
6 Sobic.004G341600 O-methyltransferase, putative, expressed -
7 Sobic.007G132300 inactive receptor kinase At2g26730 precursor, putative, expressed -
8 Sobic.005G075700 CHASE domain containing protein, expressed -
9 Sobic.004G259800 acetyltransferase, GNAT family, putative, expressed K00621: GNPNAT1, glucosamine-phosphate N-acetyltransferase
10 Sobic.002G075300 receptor kinase, putative, expressed -
11 Sobic.008G138850 - -
12 Sobic.010G174900 S-locus-like receptor protein kinase, putative, expressed -
13 Sobic.006G232100 expressed protein -
14 Sobic.006G250350 - -
15 Sobic.004G176550 - -
16 Sobic.010G061400 expressed protein -
17 Sobic.009G195100 NLI interacting factor-like phosphatase, putative, expressed K17496: mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM50
18 Sobic.006G148400 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@OsWAK51 - OsWAK receptor-like protein kinase, expressed -
19 Sobic.003G441301 - -
20 Sobic.005G119400 stripe rust resistance protein Yr10, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic009G251700 Sobic009G251700 Sobic002G334100 Sobic002G334100 Sobic009G251700--Sobic002G334100 Sobic002G321200 Sobic002G321200 Sobic009G251700--Sobic002G321200 Sobic008G174850 Sobic008G174850 Sobic009G251700--Sobic008G174850 Sobic003G015700 Sobic003G015700 Sobic009G251700--Sobic003G015700 Sobic002G075400 Sobic002G075400 Sobic009G251700--Sobic002G075400 Sobic004G341600 Sobic004G341600 Sobic009G251700--Sobic004G341600 Sobic007G132300 Sobic007G132300 Sobic009G251700--Sobic007G132300 Sobic005G075700 Sobic005G075700 Sobic009G251700--Sobic005G075700 Sobic004G259800 Sobic004G259800 Sobic009G251700--Sobic004G259800 Sobic003G315166 Sobic003G315166 Sobic002G334100--Sobic003G315166 Sobic002G334200 Sobic002G334200 Sobic002G334100--Sobic002G334200 Sobic002G334100--Sobic009G251700 Sobic010G019600 Sobic010G019600 Sobic002G334100--Sobic010G019600 Sobic007G055900 Sobic007G055900 Sobic002G334100--Sobic007G055900 Sobic006G250400 Sobic006G250400 Sobic002G334100--Sobic006G250400 Sobic004G317401 Sobic004G317401 Sobic002G334100--Sobic004G317401 Sobic010G082100 Sobic010G082100 Sobic002G334100--Sobic010G082100 Sobic004G202900 Sobic004G202900 Sobic002G334100--Sobic004G202900 Sobic008G053500 Sobic008G053500 Sobic002G321200--Sobic008G053500 Sobic002G075300 Sobic002G075300 Sobic002G321200--Sobic002G075300 Sobic006G199601 Sobic006G199601 Sobic002G321200--Sobic006G199601 Sobic001G325100 Sobic001G325100 Sobic002G321200--Sobic001G325100 Sobic002G321200--Sobic002G075400 Sobic010G055900 Sobic010G055900 Sobic002G321200--Sobic010G055900 Sobic002G365200 Sobic002G365200 Sobic002G321200--Sobic002G365200 Sobic001G449300 Sobic001G449300 Sobic002G321200--Sobic001G449300 Sobic008G138850 Sobic008G138850 Sobic002G321200--Sobic008G138850 Sobic001G376332 Sobic001G376332 Sobic008G174850--Sobic001G376332 Sobic006G113301 Sobic006G113301 Sobic008G174850--Sobic006G113301 Sobic007G182700 Sobic007G182700 Sobic008G174850--Sobic007G182700 Sobic001G235600 Sobic001G235600 Sobic008G174850--Sobic001G235600 Sobic006G250350 Sobic006G250350 Sobic008G174850--Sobic006G250350 Sobic008G081100 Sobic008G081100 Sobic008G174850--Sobic008G081100 Sobic008G174200 Sobic008G174200 Sobic008G174850--Sobic008G174200 Sobic008G174850--Sobic004G259800 Sobic009G078401 Sobic009G078401 Sobic008G174850--Sobic009G078401 Sobic005G227900 Sobic005G227900 Sobic003G015700--Sobic005G227900 Sobic004G041600 Sobic004G041600 Sobic003G015700--Sobic004G041600 Sobic003G015700--Sobic004G341600 Sobic003G015700--Sobic002G321200 Sobic009G215700 Sobic009G215700 Sobic003G015700--Sobic009G215700 Sobic003G015700--Sobic009G251700 Sobic003G015700--Sobic004G202900 SobicK044402 SobicK044402 Sobic003G015700--SobicK044402 Sobic003G363600 Sobic003G363600 Sobic003G015700--Sobic003G363600 Sobic002G075400--Sobic009G078401 Sobic002G075400--Sobic008G138850 Sobic002G075400--Sobic001G325100 Sobic009G078300 Sobic009G078300 Sobic002G075400--Sobic009G078300 Sobic002G325000 Sobic002G325000 Sobic002G075400--Sobic002G325000 Sobic010G045966 Sobic010G045966 Sobic002G075400--Sobic010G045966 Sobic009G255400 Sobic009G255400 Sobic002G075400--Sobic009G255400 Sobic003G244850 Sobic003G244850 Sobic002G075400--Sobic003G244850 Sobic004G278800 Sobic004G278800 Sobic002G075400--Sobic004G278800 Sobic004G341600--Sobic004G202900 Sobic006G232100 Sobic006G232100 Sobic004G341600--Sobic006G232100 Sobic002G153600 Sobic002G153600 Sobic004G341600--Sobic002G153600 Sobic004G341600--Sobic002G075300 Sobic004G341600--Sobic003G015700 Sobic004G341600--Sobic003G363600 Sobic004G341600--Sobic008G174850 Sobic002G075100 Sobic002G075100 Sobic004G341600--Sobic002G075100 Sobic003G373050 Sobic003G373050 Sobic004G341600--Sobic003G373050 Sobic001G334800 Sobic001G334800 Sobic007G132300--Sobic001G334800 Sobic010G003800 Sobic010G003800 Sobic007G132300--Sobic010G003800 Sobic005G165300 Sobic005G165300 Sobic007G132300--Sobic005G165300 Sobic002G018800 Sobic002G018800 Sobic007G132300--Sobic002G018800 Sobic001G112550 Sobic001G112550 Sobic007G132300--Sobic001G112550 Sobic005G216833 Sobic005G216833 Sobic007G132300--Sobic005G216833 Sobic005G161750 Sobic005G161750 Sobic007G132300--Sobic005G161750 Sobic007G050750 Sobic007G050750 Sobic007G132300--Sobic007G050750 Sobic007G132300--Sobic006G250350 SobicK032500 SobicK032500 Sobic005G075700--SobicK032500 Sobic010G166850 Sobic010G166850 Sobic005G075700--Sobic010G166850 Sobic002G022500 Sobic002G022500 Sobic005G075700--Sobic002G022500 Sobic001G527550 Sobic001G527550 Sobic005G075700--Sobic001G527550 Sobic010G156300 Sobic010G156300 Sobic005G075700--Sobic010G156300 Sobic001G050650 Sobic001G050650 Sobic005G075700--Sobic001G050650 Sobic005G116800 Sobic005G116800 Sobic005G075700--Sobic005G116800 Sobic005G119400 Sobic005G119400 Sobic005G075700--Sobic005G119400 Sobic006G083050 Sobic006G083050 Sobic005G075700--Sobic006G083050 Sobic002G145600 Sobic002G145600 Sobic004G259800--Sobic002G145600 Sobic010G132100 Sobic010G132100 Sobic004G259800--Sobic010G132100 Sobic004G259800--Sobic008G174850 Sobic004G259800--Sobic001G449300 Sobic002G248800 Sobic002G248800 Sobic004G259800--Sobic002G248800 Sobic009G134766 Sobic009G134766 Sobic004G259800--Sobic009G134766 Sobic004G259800--Sobic009G255400 Sobic004G259800--Sobic002G075300 Sobic007G177901 Sobic007G177901 Sobic004G259800--Sobic007G177901
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.