Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G179500.1
Synonym Sb01g015630
Functional annotation OsFBX85 - F-box domain containing protein, expressed
UniProt C5WU66
Pfam PF12937
Panther DB PTHR32133 PTHR32133:SF126
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005515; protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) LOC_Os03g46140.1 : OsFBX101 - F-box domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G129150 - -
2 Sobic.005G049900 - -
3 Sobic.005G161400 - -
4 Sobic.006G042900 FAR1 family protein, expressed -
5 Sobic.002G298201 - K11593: ELF2C, eukaryotic translation initiation factor 2C
6 Sobic.005G147900 - -
7 Sobic.009G125100 pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16, putative, expressed K12813: pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16
8 Sobic.002G027901 - K10523: speckle-type POZ protein
9 Sobic.006G232700 BTBN12 - Bric-a-Brac, Tramtrack, Broad Complex BTB domain with non-phototropic hypocotyl 3 NPH3 and coiled-coil domains, expressed -
10 Sobic.007G019700 ATCHX, putative, expressed -
11 Sobic.001G196400 transmembrane and coiled-coil domain-containing protein 4, putative, expressed -
12 Sobic.003G394000 - -
13 Sobic.001G370200 - -
14 Sobic.002G010400 OsFBX1 - F-box domain containing protein, expressed -
15 Sobic.010G074000 expressed protein -
16 Sobic.007G112832 - -
17 Sobic.004G060400 ANTH/ENTH domain containing protein, putative, expressed -
18 Sobic.009G246600 - -
19 Sobic.002G261400 Os9bglu31 - beta-glucosidase, dhurrinase, similar to G. max hydroxyisourate hydrolase, expressed K01188: beta-glucosidase
20 Sobic.003G431800 nonsense-mediated mRNA decay protein 3, putative, expressed K07562: nonsense-mediated mRNA decay protein 3


Gene co-expression network
sample Sobic001G179500 Sobic001G179500 Sobic001G129150 Sobic001G129150 Sobic001G179500--Sobic001G129150 Sobic005G049900 Sobic005G049900 Sobic001G179500--Sobic005G049900 Sobic005G161400 Sobic005G161400 Sobic001G179500--Sobic005G161400 Sobic006G042900 Sobic006G042900 Sobic001G179500--Sobic006G042900 Sobic002G298201 Sobic002G298201 Sobic001G179500--Sobic002G298201 Sobic005G147900 Sobic005G147900 Sobic001G179500--Sobic005G147900 Sobic009G125100 Sobic009G125100 Sobic001G179500--Sobic009G125100 Sobic002G027901 Sobic002G027901 Sobic001G179500--Sobic002G027901 Sobic006G232700 Sobic006G232700 Sobic001G179500--Sobic006G232700 Sobic001G129150--Sobic005G147900 Sobic001G129150--Sobic005G161400 Sobic002G261400 Sobic002G261400 Sobic001G129150--Sobic002G261400 Sobic006G016800 Sobic006G016800 Sobic001G129150--Sobic006G016800 Sobic001G129150--Sobic005G049900 Sobic001G370200 Sobic001G370200 Sobic001G129150--Sobic001G370200 Sobic001G136150 Sobic001G136150 Sobic001G129150--Sobic001G136150 Sobic010G074000 Sobic010G074000 Sobic001G129150--Sobic010G074000 Sobic001G129150--Sobic006G042900 Sobic005G049900--Sobic002G298201 Sobic005G049900--Sobic005G147900 Sobic002G034200 Sobic002G034200 Sobic005G049900--Sobic002G034200 Sobic003G317000 Sobic003G317000 Sobic005G049900--Sobic003G317000 Sobic005G049900--Sobic001G136150 Sobic001G196400 Sobic001G196400 Sobic005G049900--Sobic001G196400 Sobic006G238500 Sobic006G238500 Sobic005G049900--Sobic006G238500 Sobic005G049900--Sobic002G261400 Sobic005G049900--Sobic006G016800 Sobic005G161400--Sobic002G261400 Sobic005G161400--Sobic005G147900 Sobic005G161400--Sobic001G129150 Sobic005G161400--Sobic006G232700 Sobic005G161400--Sobic006G016800 Sobic005G161400--Sobic001G136150 Sobic005G161400--Sobic002G034200 Sobic005G161400--Sobic010G074000 Sobic005G161400--Sobic002G298201 Sobic010G187800 Sobic010G187800 Sobic006G042900--Sobic010G187800 Sobic001G513400 Sobic001G513400 Sobic006G042900--Sobic001G513400 Sobic001G380000 Sobic001G380000 Sobic006G042900--Sobic001G380000 Sobic008G052800 Sobic008G052800 Sobic006G042900--Sobic008G052800 Sobic006G042900--Sobic005G147900 Sobic007G096900 Sobic007G096900 Sobic006G042900--Sobic007G096900 Sobic003G233800 Sobic003G233800 Sobic006G042900--Sobic003G233800 Sobic004G289900 Sobic004G289900 Sobic006G042900--Sobic004G289900 Sobic004G334900 Sobic004G334900 Sobic006G042900--Sobic004G334900 Sobic002G298201--Sobic003G317000 Sobic002G298201--Sobic005G049900 Sobic002G298201--Sobic001G196400 Sobic002G298201--Sobic006G232700 Sobic002G298201--Sobic001G136150 Sobic002G298201--Sobic002G034200 Sobic002G298201--Sobic005G147900 Sobic007G161100 Sobic007G161100 Sobic002G298201--Sobic007G161100 Sobic003G305500 Sobic003G305500 Sobic002G298201--Sobic003G305500 Sobic005G147900--Sobic002G261400 Sobic005G147900--Sobic006G016800 Sobic007G185801 Sobic007G185801 Sobic005G147900--Sobic007G185801 Sobic005G147900--Sobic002G034200 Sobic005G147900--Sobic005G049900 Sobic005G147900--Sobic001G136150 Sobic003G343000 Sobic003G343000 Sobic005G147900--Sobic003G343000 Sobic010G030500 Sobic010G030500 Sobic005G147900--Sobic010G030500 Sobic005G147900--Sobic003G317000 Sobic009G042800 Sobic009G042800 Sobic009G125100--Sobic009G042800 Sobic004G059200 Sobic004G059200 Sobic009G125100--Sobic004G059200 Sobic009G021000 Sobic009G021000 Sobic009G125100--Sobic009G021000 Sobic004G348000 Sobic004G348000 Sobic009G125100--Sobic004G348000 Sobic006G066050 Sobic006G066050 Sobic009G125100--Sobic006G066050 Sobic002G087600 Sobic002G087600 Sobic009G125100--Sobic002G087600 Sobic009G125100--Sobic007G161100 Sobic001G272100 Sobic001G272100 Sobic009G125100--Sobic001G272100 Sobic002G015200 Sobic002G015200 Sobic009G125100--Sobic002G015200 Sobic002G027901--Sobic010G074000 Sobic002G027901--Sobic005G161400 Sobic002G027901--Sobic006G232700 Sobic003G254200 Sobic003G254200 Sobic002G027901--Sobic003G254200 Sobic009G246600 Sobic009G246600 Sobic002G027901--Sobic009G246600 Sobic003G211000 Sobic003G211000 Sobic002G027901--Sobic003G211000 Sobic002G027901--Sobic010G030500 Sobic005G199800 Sobic005G199800 Sobic002G027901--Sobic005G199800 Sobic003G394000 Sobic003G394000 Sobic002G027901--Sobic003G394000 Sobic006G232700--Sobic001G196400 Sobic006G232700--Sobic003G317000 Sobic006G232700--Sobic010G030500 Sobic003G208900 Sobic003G208900 Sobic006G232700--Sobic003G208900 Sobic004G042800 Sobic004G042800 Sobic006G232700--Sobic004G042800 Sobic006G232700--Sobic003G305500 Sobic001G435300 Sobic001G435300 Sobic006G232700--Sobic001G435300 Sobic006G232700--Sobic010G074000 Sobic006G232700--Sobic002G298201
Octagon: transcription factors


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