Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G080400.1
Synonym
Functional annotation expressed protein
UniProt A0A1B6Q1Z6
Pfam PF13947
Panther DB PTHR33138 PTHR33138:SF9
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g04470.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley HORVU3Hr1G006830.14
Wheat TraesCSU02G187600
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.009G009100 - -
2 Sobic.006G105400 expressed protein -
3 Sobic.003G057233 - -
4 Sobic.001G394800 tetratricopeptide repeat domain containing protein, expressed -
5 Sobic.007G112450 - -
6 Sobic.008G012100 csAtPR5, putative, expressed -
7 Sobic.002G006600 -(PubMedID : 26976818)@aminotransferase, classes I and II, domain containing protein, expressed K14272: glutamate--glyoxylate aminotransferase
8 Sobic.002G138100 ACT domain containing protein, expressed -
9 Sobic.008G012150 - -
10 Sobic.004G239700 - -
11 Sobic.010G092350 - -
12 Sobic.003G029500 zinc finger, C3HC4 type family protein, expressed -
13 Sobic.001G169900 seed maturation protein PM23, putative, expressed -
14 Sobic.010G208750 - K02887: RP-L20, MRPL20, large subunit ribosomal protein L20
15 Sobic.006G234601 - -
16 Sobic.001G054000 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed K14003: PREB, prolactin regulatory element-binding protein
17 Sobic.002G021900 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@OsWAK80 - OsWAK receptor-like protein kinase, expressed -
18 Sobic.001G114650 - -
19 Sobic.005G201000 -(PubMedID : 29751546)@transporter, monovalent cation:proton antiporter-2 family, putative, expressed -
20 Sobic.001G060100 CK1_CaseinKinase_1a.4 - CK1 includes the casein kinase 1 kinases, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic003G080400 Sobic003G080400 Sobic009G009100 Sobic009G009100 Sobic003G080400--Sobic009G009100 Sobic006G105400 Sobic006G105400 Sobic003G080400--Sobic006G105400 Sobic003G057233 Sobic003G057233 Sobic003G080400--Sobic003G057233 Sobic001G394800 Sobic001G394800 Sobic003G080400--Sobic001G394800 Sobic007G112450 Sobic007G112450 Sobic003G080400--Sobic007G112450 Sobic008G012100 Sobic008G012100 Sobic003G080400--Sobic008G012100 Sobic002G006600 Sobic002G006600 Sobic003G080400--Sobic002G006600 Sobic002G138100 Sobic002G138100 Sobic003G080400--Sobic002G138100 Sobic008G012150 Sobic008G012150 Sobic003G080400--Sobic008G012150 Sobic008G068500 Sobic008G068500 Sobic009G009100--Sobic008G068500 Sobic005G154850 Sobic005G154850 Sobic009G009100--Sobic005G154850 Sobic009G009100--Sobic006G105400 Sobic009G009100--Sobic003G080400 Sobic008G137400 Sobic008G137400 Sobic009G009100--Sobic008G137400 Sobic003G028600 Sobic003G028600 Sobic009G009100--Sobic003G028600 Sobic002G154100 Sobic002G154100 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Sobic009G180550 Sobic008G012150--Sobic009G180550 Sobic008G012150--Sobic006G020300
Octagon: transcription factors


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