Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G322800.1
Synonym Sb03g036930
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during dark-induced senescence. (PubMedID : 27586543)
pectate lyase family protein, expressed
UniProt C5XMD5
Pfam PF00544
Panther DB PTHR31683 PTHR31683:SF8
NCBI CDD -
KEGG Orthology K01728; pectate lyase
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G09280 : Pectin lyase-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os08g18970.1 : pectate lyase family protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a039863 , Zm00025a027230
Brachypodium -
Barley HORVU3Hr1G075970.2
Wheat TraesCS3D02G310400 , TraesCS3B02G344900 , TraesCS5D02G532000 , TraesCS3A02G320900
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
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19 Sobic.003G169000 - K02718: photosystem II PsbT protein
20 Sobic.009G016666 - -


Gene co-expression network
sample Sobic003G322800 Sobic003G322800 Sobic007G010100 Sobic007G010100 Sobic003G322800--Sobic007G010100 Sobic005G028500 Sobic005G028500 Sobic003G322800--Sobic005G028500 Sobic006G094800 Sobic006G094800 Sobic003G322800--Sobic006G094800 Sobic003G401300 Sobic003G401300 Sobic003G322800--Sobic003G401300 Sobic001G454700 Sobic001G454700 Sobic003G322800--Sobic001G454700 Sobic004G078200 Sobic004G078200 Sobic003G322800--Sobic004G078200 Sobic004G337850 Sobic004G337850 Sobic003G322800--Sobic004G337850 Sobic009G255000 Sobic009G255000 Sobic003G322800--Sobic009G255000 Sobic003G233266 Sobic003G233266 Sobic003G322800--Sobic003G233266 Sobic009G192200 Sobic009G192200 Sobic007G010100--Sobic009G192200 Sobic001G175400 Sobic001G175400 Sobic007G010100--Sobic001G175400 Sobic007G010100--Sobic003G401300 Sobic007G010100--Sobic005G028500 Sobic007G085900 Sobic007G085900 Sobic007G010100--Sobic007G085900 Sobic003G379450 Sobic003G379450 Sobic007G010100--Sobic003G379450 Sobic004G282933 Sobic004G282933 Sobic007G010100--Sobic004G282933 Sobic004G104200 Sobic004G104200 Sobic007G010100--Sobic004G104200 Sobic001G128000 Sobic001G128000 Sobic007G010100--Sobic001G128000 Sobic005G028500--Sobic004G078200 Sobic006G219400 Sobic006G219400 Sobic005G028500--Sobic006G219400 Sobic003G271100 Sobic003G271100 Sobic005G028500--Sobic003G271100 Sobic005G028500--Sobic009G192200 Sobic005G028500--Sobic009G255000 Sobic007G113566 Sobic007G113566 Sobic005G028500--Sobic007G113566 Sobic002G191900 Sobic002G191900 Sobic005G028500--Sobic002G191900 Sobic001G465600 Sobic001G465600 Sobic005G028500--Sobic001G465600 Sobic010G002301 Sobic010G002301 Sobic005G028500--Sobic010G002301 Sobic006G206600 Sobic006G206600 Sobic006G094800--Sobic006G206600 Sobic001G207301 Sobic001G207301 Sobic006G094800--Sobic001G207301 Sobic009G218700 Sobic009G218700 Sobic006G094800--Sobic009G218700 Sobic003G314200 Sobic003G314200 Sobic006G094800--Sobic003G314200 Sobic003G226600 Sobic003G226600 Sobic006G094800--Sobic003G226600 Sobic001G450900 Sobic001G450900 Sobic006G094800--Sobic001G450900 Sobic006G100150 Sobic006G100150 Sobic006G094800--Sobic006G100150 Sobic010G186900 Sobic010G186900 Sobic006G094800--Sobic010G186900 Sobic001G148000 Sobic001G148000 Sobic006G094800--Sobic001G148000 Sobic003G401300--Sobic009G192200 Sobic003G401300--Sobic003G233266 Sobic003G169000 Sobic003G169000 Sobic003G401300--Sobic003G169000 Sobic001G331650 Sobic001G331650 Sobic003G401300--Sobic001G331650 Sobic003G401300--Sobic005G028500 Sobic001G048500 Sobic001G048500 Sobic003G401300--Sobic001G048500 Sobic003G401300--Sobic004G337850 Sobic006G057100 Sobic006G057100 Sobic003G401300--Sobic006G057100 Sobic003G352000 Sobic003G352000 Sobic003G401300--Sobic003G352000 Sobic001G454700--Sobic009G255000 Sobic001G454700--Sobic006G100150 Sobic004G019550 Sobic004G019550 Sobic001G454700--Sobic004G019550 Sobic001G454700--Sobic004G078200 Sobic001G454700--Sobic007G113566 Sobic004G207800 Sobic004G207800 Sobic001G454700--Sobic004G207800 Sobic001G395600 Sobic001G395600 Sobic001G454700--Sobic001G395600 Sobic004G077700 Sobic004G077700 Sobic001G454700--Sobic004G077700 Sobic001G476800 Sobic001G476800 Sobic001G454700--Sobic001G476800 Sobic007G028300 Sobic007G028300 Sobic004G078200--Sobic007G028300 Sobic004G078200--Sobic006G100150 Sobic004G303900 Sobic004G303900 Sobic004G078200--Sobic004G303900 Sobic004G078200--Sobic004G207800 Sobic004G078200--Sobic006G219400 Sobic004G078200--Sobic005G028500 Sobic004G078200--Sobic007G113566 Sobic003G139600 Sobic003G139600 Sobic004G078200--Sobic003G139600 Sobic004G078200--Sobic001G331650 Sobic006G057050 Sobic006G057050 Sobic004G337850--Sobic006G057050 Sobic009G123100 Sobic009G123100 Sobic004G337850--Sobic009G123100 Sobic004G337850--Sobic003G352000 Sobic010G035600 Sobic010G035600 Sobic004G337850--Sobic010G035600 Sobic007G145801 Sobic007G145801 Sobic004G337850--Sobic007G145801 Sobic003G172500 Sobic003G172500 Sobic004G337850--Sobic003G172500 SobicK029400 SobicK029400 Sobic004G337850--SobicK029400 Sobic003G168200 Sobic003G168200 Sobic004G337850--Sobic003G168200 Sobic009G148950 Sobic009G148950 Sobic004G337850--Sobic009G148950 Sobic009G255000--Sobic005G028500 Sobic009G255000--Sobic004G078200 Sobic009G255000--Sobic009G192200 Sobic009G255000--Sobic007G113566 Sobic009G255000--Sobic006G100150 Sobic009G255000--Sobic004G207800 Sobic009G255000--Sobic006G219400 Sobic009G255000--Sobic004G104200 Sobic009G255000--Sobic004G303900 Sobic003G233266--Sobic001G331650 Sobic008G040501 Sobic008G040501 Sobic003G233266--Sobic008G040501 Sobic003G233266--Sobic004G207800 Sobic003G233266--Sobic003G169000 Sobic009G101500 Sobic009G101500 Sobic003G233266--Sobic009G101500 Sobic001G300301 Sobic001G300301 Sobic003G233266--Sobic001G300301 Sobic003G233266--Sobic001G048500 Sobic001G502801 Sobic001G502801 Sobic003G233266--Sobic001G502801 Sobic003G233266--Sobic004G077700
Octagon: transcription factors


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