Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G070600.1
Synonym SVL5
Functional annotation glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein, putative, expressed
UniProt A0A194YN67
Pfam PF03009
Panther DB PTHR23344 PTHR23344:SF5
NCBI CDD KOG2258; Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0008081; phosphoric diester hydrolase activity GO:0006629lipid metabolic process GO:0008889glycerophosphodiester phosphodiesterase activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G58170 : SHV3-like 5
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g09450.1 : glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a034710 , Zm00025a019349
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.004G070600


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G002200 myosin, putative, expressed K10357: myosin V
2 Sobic.009G096700 Interacting factor of CBLs(PubMedID : 19860013)@CAMK_KIN1/SNF1/Nim1_like.20 - CAMK includes calcium/calmodulin depedent protein kinases, expressed -
3 Sobic.010G093600 myosin, putative, expressed K10357: myosin V
4 Sobic.008G027800 pollen allergen, putative, expressed -
5 Sobic.002G002600 la domain containing protein, expressed -
6 Sobic.004G166100 pollen allergen Cyn d 23, putative, expressed -
7 Sobic.008G028300 pollen allergen, putative, expressed -
8 Sobic.001G228000 universal stress protein domain containing protein, putative, expressed -
9 Sobic.001G539700 expansin precursor, putative, expressed -
10 Sobic.004G024000 OsCML11 - Calmodulin-related calcium sensor protein, expressed K13448: calcium-binding protein CML
11 Sobic.008G028100 pollen allergen, putative, expressed -
12 Sobic.003G127200 phosphatidylinositol kinase, putative, expressed -
13 Sobic.009G016700 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, putative, expressed K00134: GAPDH, glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
14 Sobic.009G089532 - -
15 Sobic.008G028200 pollen allergen, putative, expressed -
16 Sobic.001G528700 - -
17 Sobic.002G140500 POEI23 - Pollen Ole e I allergen and extensin family protein precursor, expressed -
18 Sobic.007G100800 CSLD3 - cellulose synthase-like family D, expressed -
19 Sobic.007G222400 - -
20 Sobic.008G186900 SCP-like extracellular protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic004G070600 Sobic004G070600 Sobic001G002200 Sobic001G002200 Sobic004G070600--Sobic001G002200 Sobic009G096700 Sobic009G096700 Sobic004G070600--Sobic009G096700 Sobic010G093600 Sobic010G093600 Sobic004G070600--Sobic010G093600 Sobic008G027800 Sobic008G027800 Sobic004G070600--Sobic008G027800 Sobic002G002600 Sobic002G002600 Sobic004G070600--Sobic002G002600 Sobic004G166100 Sobic004G166100 Sobic004G070600--Sobic004G166100 Sobic008G028300 Sobic008G028300 Sobic004G070600--Sobic008G028300 Sobic001G228000 Sobic001G228000 Sobic004G070600--Sobic001G228000 Sobic001G539700 Sobic001G539700 Sobic004G070600--Sobic001G539700 Sobic001G002200--Sobic008G027800 Sobic001G002200--Sobic010G093600 Sobic001G002200--Sobic008G028300 Sobic002G140500 Sobic002G140500 Sobic001G002200--Sobic002G140500 Sobic001G002200--Sobic001G228000 Sobic001G002200--Sobic002G002600 Sobic001G002200--Sobic009G096700 Sobic009G016700 Sobic009G016700 Sobic001G002200--Sobic009G016700 Sobic008G028200 Sobic008G028200 Sobic001G002200--Sobic008G028200 Sobic009G096700--Sobic010G093600 Sobic008G028100 Sobic008G028100 Sobic009G096700--Sobic008G028100 Sobic009G089532 Sobic009G089532 Sobic009G096700--Sobic009G089532 Sobic009G096700--Sobic001G539700 Sobic009G096700--Sobic008G027800 Sobic009G096700--Sobic009G016700 Sobic009G096700--Sobic002G002600 Sobic009G096700--Sobic001G002200 Sobic009G096700--Sobic008G028300 Sobic010G093600--Sobic009G096700 Sobic010G093600--Sobic009G016700 Sobic010G093600--Sobic008G028100 Sobic010G093600--Sobic008G027800 Sobic010G093600--Sobic001G539700 Sobic010G093600--Sobic001G002200 Sobic010G093600--Sobic002G002600 Sobic010G093600--Sobic008G028200 Sobic010G093600--Sobic008G028300 Sobic008G027800--Sobic010G093600 Sobic008G027800--Sobic001G002200 Sobic008G027800--Sobic009G096700 Sobic008G027800--Sobic008G028200 Sobic008G027800--Sobic009G016700 Sobic008G027800--Sobic008G028100 Sobic008G027800--Sobic008G028300 Sobic008G027800--Sobic002G140500 Sobic008G027800--Sobic002G002600 Sobic002G002600--Sobic008G028300 Sobic002G002600--Sobic001G539700 Sobic002G002600--Sobic008G028100 Sobic002G002600--Sobic009G089532 Sobic010G161400 Sobic010G161400 Sobic002G002600--Sobic010G161400 Sobic002G002600--Sobic009G016700 Sobic002G002600--Sobic010G093600 Sobic002G002600--Sobic009G096700 Sobic003G127200 Sobic003G127200 Sobic002G002600--Sobic003G127200 Sobic004G024000 Sobic004G024000 Sobic004G166100--Sobic004G024000 Sobic004G166100--Sobic008G028300 Sobic004G166100--Sobic001G539700 Sobic004G166100--Sobic001G002200 Sobic001G528700 Sobic001G528700 Sobic004G166100--Sobic001G528700 Sobic004G166100--Sobic008G028100 Sobic004G166100--Sobic002G002600 Sobic004G166100--Sobic010G093600 Sobic007G222400 Sobic007G222400 Sobic004G166100--Sobic007G222400 Sobic008G028300--Sobic002G002600 Sobic008G028300--Sobic008G028100 Sobic008G028300--Sobic001G539700 Sobic008G028300--Sobic001G002200 Sobic008G028300--Sobic010G161400 Sobic008G028300--Sobic009G016700 Sobic008G028300--Sobic010G093600 Sobic008G028300--Sobic003G127200 Sobic008G028300--Sobic004G166100 Sobic001G228000--Sobic001G002200 Sobic001G348600 Sobic001G348600 Sobic001G228000--Sobic001G348600 Sobic003G164700 Sobic003G164700 Sobic001G228000--Sobic003G164700 Sobic002G197900 Sobic002G197900 Sobic001G228000--Sobic002G197900 Sobic001G228000--Sobic002G140500 Sobic001G228000--Sobic008G027800 Sobic007G057600 Sobic007G057600 Sobic001G228000--Sobic007G057600 Sobic001G228000--Sobic008G028300 Sobic001G228000--Sobic004G024000 Sobic001G539700--Sobic008G028100 Sobic001G539700--Sobic009G089532 Sobic001G539700--Sobic002G002600 Sobic001G539700--Sobic009G016700 Sobic001G539700--Sobic010G093600 Sobic001G539700--Sobic009G096700 Sobic001G539700--Sobic008G028300 Sobic009G098900 Sobic009G098900 Sobic001G539700--Sobic009G098900 Sobic001G539700--Sobic007G222400
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.