Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G160400.2
Synonym Sb04g021250
Functional annotation pentatricopeptide, putative, expressed
UniProt A0A1Z5RNI1
Pfam PF13365
Panther DB PTHR18868 PTHR18868:SF15
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) LOC_Os03g62910.2 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium KQK04034 , KQK04035
Barley -
Wheat TraesCS1D02G383200 , TraesCS6B02G240200
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G178901 - -
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15 Sobic.007G100100 - -
16 Sobic.001G018100 "qTGW3/GL3.3/TGW3(Ortholog in rice:Hu et al., 2018/Xia et al., 2018/Ying et al., 2018 )"(PubMedID : 31659830)@CGMC_GSK.5 - CGMC includes CDA, MAPK, GSK3, and CLKC kinases, expressed K03083: glycogen synthase kinase 3 beta
17 Sobic.001G090300 tRNA-splicing endonuclease positive effector-related, putative, expressed K10706: SETX, senataxin
18 Sobic.006G169500 L-asparaginase precursor protein, putative, expressed K01444: AGA, N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase
19 Sobic.005G022300 - -
20 Sobic.002G137601 - -


Gene co-expression network
sample Sobic004G160400 Sobic004G160400 Sobic004G178901 Sobic004G178901 Sobic004G160400--Sobic004G178901 Sobic008G125100 Sobic008G125100 Sobic004G160400--Sobic008G125100 Sobic002G182150 Sobic002G182150 Sobic004G160400--Sobic002G182150 Sobic004G148750 Sobic004G148750 Sobic004G160400--Sobic004G148750 Sobic005G099200 Sobic005G099200 Sobic004G160400--Sobic005G099200 Sobic009G018450 Sobic009G018450 Sobic004G160400--Sobic009G018450 Sobic010G235800 Sobic010G235800 Sobic004G160400--Sobic010G235800 Sobic005G191700 Sobic005G191700 Sobic004G160400--Sobic005G191700 Sobic001G455433 Sobic001G455433 Sobic004G160400--Sobic001G455433 Sobic004G178901--Sobic004G160400 Sobic004G178901--Sobic002G182150 Sobic002G181450 Sobic002G181450 Sobic004G178901--Sobic002G181450 Sobic010G153466 Sobic010G153466 Sobic004G178901--Sobic010G153466 Sobic004G178901--Sobic004G148750 Sobic004G089450 Sobic004G089450 Sobic004G178901--Sobic004G089450 Sobic002G107532 Sobic002G107532 Sobic004G178901--Sobic002G107532 Sobic006G072900 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Octagon: transcription factors


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