Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G062300.2,Sobic.006G062300.1,Sobic.006G062300.5,Sobic.006G062300.4,Sobic.006G062300.6,Sobic.006G062300.3
Synonym Sb06g014990
Functional annotation Leucine Rich Repeat family protein, expressed
UniProt A0A1B6PKJ0 , A0A1Z5RCJ7
Pfam PF13855
Panther DB PTHR23155 PTHR23155:SF530 PTHR23155:SF530 PTHR23155
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005515; protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G69550 : disease resistance protein (TIR-NBS-LRR class)
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g32940.1 : Leucine Rich Repeat family protein, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat TraesCS1B02G029600
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G130700 expressed protein -
2 Sobic.005G110600 glycosyl hydrolase, putative, expressed K01183: chitinase
3 Sobic.010G116100 expressed protein -
4 Sobic.003G419600 disease resistance protein RGA2, putative, expressed -
5 Sobic.010G007000 Leucine Rich Repeat family protein, expressed -
6 Sobic.001G140800 helix-loop-helix DNA-binding protein, putative, expressed -
7 Sobic.008G170400 expressed protein -
8 Sobic.004G297950 - -
9 Sobic.007G202100 expressed protein -
10 Sobic.002G064600 expressed protein -
11 Sobic.005G130550 - -
12 Sobic.005G130600 expressed protein -
13 Sobic.003G277200 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@IQ calmodulin-binding motif family protein, putative, expressed -
14 Sobic.007G111700 glutathione S-transferase, C-terminal domain containing protein, expressed -
15 Sobic.005G112000 P21-Rho-binding domain containing protein, putative, expressed -
16 Sobic.001G037400 expressed protein -
17 Sobic.002G034301 - -
18 Sobic.003G006100 Leucine Rich Repeat family protein, expressed -
19 Sobic.003G270400 zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed -
20 Sobic.005G057000 Leucine Rich Repeat family protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic006G062300 Sobic006G062300 Sobic005G130700 Sobic005G130700 Sobic006G062300--Sobic005G130700 Sobic005G110600 Sobic005G110600 Sobic006G062300--Sobic005G110600 Sobic010G116100 Sobic010G116100 Sobic006G062300--Sobic010G116100 Sobic003G419600 Sobic003G419600 Sobic006G062300--Sobic003G419600 Sobic010G007000 Sobic010G007000 Sobic006G062300--Sobic010G007000 Sobic001G140800 Sobic001G140800 Sobic006G062300--Sobic001G140800 Sobic008G170400 Sobic008G170400 Sobic006G062300--Sobic008G170400 Sobic004G297950 Sobic004G297950 Sobic006G062300--Sobic004G297950 Sobic007G202100 Sobic007G202100 Sobic006G062300--Sobic007G202100 Sobic005G130700--Sobic005G110600 Sobic005G130700--Sobic006G062300 Sobic005G130700--Sobic010G116100 Sobic005G130700--Sobic003G419600 Sobic005G130700--Sobic001G140800 Sobic003G277200 Sobic003G277200 Sobic005G130700--Sobic003G277200 Sobic009G134000 Sobic009G134000 Sobic005G130700--Sobic009G134000 Sobic006G245600 Sobic006G245600 Sobic005G130700--Sobic006G245600 Sobic003G272900 Sobic003G272900 Sobic005G130700--Sobic003G272900 Sobic005G110600--Sobic005G130700 Sobic005G110600--Sobic006G062300 Sobic005G110600--Sobic004G297950 Sobic005G110600--Sobic001G140800 Sobic005G110600--Sobic003G419600 Sobic010G133932 Sobic010G133932 Sobic005G110600--Sobic010G133932 Sobic005G110600--Sobic010G007000 Sobic003G269100 Sobic003G269100 Sobic005G110600--Sobic003G269100 Sobic001G484000 Sobic001G484000 Sobic005G110600--Sobic001G484000 Sobic010G116100--Sobic005G130700 Sobic010G116100--Sobic006G062300 Sobic005G130550 Sobic005G130550 Sobic010G116100--Sobic005G130550 Sobic007G012800 Sobic007G012800 Sobic010G116100--Sobic007G012800 Sobic010G116100--Sobic005G110600 Sobic010G116100--Sobic003G419600 Sobic010G116100--Sobic004G297950 Sobic010G116100--Sobic003G277200 Sobic010G116100--Sobic009G134000 Sobic003G419600--Sobic005G130700 Sobic003G419600--Sobic010G007000 Sobic003G419600--Sobic005G110600 Sobic003G419600--Sobic006G062300 Sobic001G037400 Sobic001G037400 Sobic003G419600--Sobic001G037400 Sobic003G419600--Sobic003G277200 Sobic007G111700 Sobic007G111700 Sobic003G419600--Sobic007G111700 Sobic003G006100 Sobic003G006100 Sobic003G419600--Sobic003G006100 Sobic003G419600--Sobic010G116100 Sobic002G064600 Sobic002G064600 Sobic010G007000--Sobic002G064600 Sobic010G007000--Sobic003G419600 Sobic010G007000--Sobic005G110600 Sobic010G007000--Sobic008G170400 Sobic010G007000--Sobic006G062300 Sobic003G296500 Sobic003G296500 Sobic010G007000--Sobic003G296500 Sobic005G112000 Sobic005G112000 Sobic010G007000--Sobic005G112000 Sobic001G402400 Sobic001G402400 Sobic010G007000--Sobic001G402400 Sobic002G062600 Sobic002G062600 Sobic010G007000--Sobic002G062600 Sobic001G140800--Sobic005G110600 Sobic001G388000 Sobic001G388000 Sobic001G140800--Sobic001G388000 Sobic005G145100 Sobic005G145100 Sobic001G140800--Sobic005G145100 Sobic001G140800--Sobic010G133932 Sobic005G087400 Sobic005G087400 Sobic001G140800--Sobic005G087400 Sobic001G129600 Sobic001G129600 Sobic001G140800--Sobic001G129600 Sobic001G140800--Sobic005G130700 Sobic001G140800--Sobic001G484000 Sobic001G140800--Sobic006G062300 Sobic008G170400--Sobic007G111700 Sobic002G016400 Sobic002G016400 Sobic008G170400--Sobic002G016400 Sobic005G098400 Sobic005G098400 Sobic008G170400--Sobic005G098400 Sobic005G231400 Sobic005G231400 Sobic008G170400--Sobic005G231400 Sobic003G418300 Sobic003G418300 Sobic008G170400--Sobic003G418300 Sobic008G170400--Sobic010G007000 Sobic008G170400--Sobic005G110600 Sobic008G170400--Sobic002G064600 Sobic008G170400--Sobic006G062300 Sobic004G297950--Sobic003G269100 Sobic005G130600 Sobic005G130600 Sobic004G297950--Sobic005G130600 Sobic003G321400 Sobic003G321400 Sobic004G297950--Sobic003G321400 Sobic004G297950--Sobic005G110600 Sobic005G047100 Sobic005G047100 Sobic004G297950--Sobic005G047100 Sobic001G099600 Sobic001G099600 Sobic004G297950--Sobic001G099600 Sobic001G264400 Sobic001G264400 Sobic004G297950--Sobic001G264400 Sobic005G052500 Sobic005G052500 Sobic004G297950--Sobic005G052500 Sobic004G297950--Sobic001G484000 Sobic007G202100--Sobic007G111700 Sobic007G202100--Sobic003G419600 Sobic007G202100--Sobic008G170400 Sobic007G202100--Sobic005G110600 Sobic007G202100--Sobic010G007000 Sobic007G202100--Sobic005G130700 Sobic007G202100--Sobic006G062300 Sobic007G202100--Sobic005G130600 Sobic002G034301 Sobic002G034301 Sobic007G202100--Sobic002G034301
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.