Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G100100.1
Synonym Sb06g018370
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence. (PubMedID : 27586543)
RING-H2 finger protein ATL3B precursor, putative, expressed
UniProt A0A1B6PL88
Pfam PF13639
Panther DB PTHR14155
NCBI CDD -
KEGG Orthology K10664; E3 ubiquitin-protein ligase ATL6/9/15/31/42/55
Gene Ontology GO:0008270; zinc ion binding GO:0005515protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G27420 : carbon/nitrogen insensitive 1
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g37730.1 : RING-H2 finger protein ATL3B precursor, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a011171
Brachypodium PNT61196
Barley HORVU6Hr1G005000.1 , HORVU1Hr1G070210.1 , HORVU1Hr1G070210.2 , HORVU3Hr1G007990.1 , HORVU1Hr1G001970.1 , HORVU7Hr1G096980.2 , HORVU7Hr1G096980.1
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.006G100100


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
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20 Sobic.008G061900 - -


Gene co-expression network
sample Sobic006G100100 Sobic006G100100 Sobic008G150400 Sobic008G150400 Sobic006G100100--Sobic008G150400 Sobic010G275150 Sobic010G275150 Sobic006G100100--Sobic010G275150 Sobic009G173300 Sobic009G173300 Sobic006G100100--Sobic009G173300 Sobic009G182000 Sobic009G182000 Sobic006G100100--Sobic009G182000 Sobic001G308900 Sobic001G308900 Sobic006G100100--Sobic001G308900 Sobic008G094650 Sobic008G094650 Sobic006G100100--Sobic008G094650 Sobic001G357650 Sobic001G357650 Sobic006G100100--Sobic001G357650 Sobic005G031100 Sobic005G031100 Sobic006G100100--Sobic005G031100 Sobic003G337900 Sobic003G337900 Sobic006G100100--Sobic003G337900 Sobic008G150400--Sobic009G173300 Sobic009G167000 Sobic009G167000 Sobic008G150400--Sobic009G167000 Sobic004G244300 Sobic004G244300 Sobic008G150400--Sobic004G244300 Sobic010G105500 Sobic010G105500 Sobic008G150400--Sobic010G105500 Sobic006G194600 Sobic006G194600 Sobic008G150400--Sobic006G194600 Sobic008G040900 Sobic008G040900 Sobic008G150400--Sobic008G040900 Sobic002G021300 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Octagon: transcription factors


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