Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G252300.1
Synonym Sb06g031710
Functional annotation BSD domain-containing protein, putative, expressed
UniProt C5Y9M8
Pfam PF03909
Panther DB PTHR31923 PTHR31923:SF3
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G24820 : BSD domain-containing protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g56654.1 : BSD domain-containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a057278
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.006G252300


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G281600 cyclin-dependent kinase E-1, putative, expressed K02208: cyclin-dependent kinase 8/11
2 Sobic.002G309800 casein kinase II subunit beta-4, putative, expressed K03115: casein kinase II subunit beta
3 Sobic.007G078500 serine/threonine-protein kinase HT1, putative, expressed -
4 Sobic.004G121100 expressed protein -
5 Sobic.004G205600 bromodomain domain containing protein, expressed -
6 Sobic.008G128600 miro, putative, expressed K07953: GTP-binding protein SAR1
7 Sobic.006G200600 expressed protein -
8 Sobic.008G062000 expressed protein K11878: PSMG4, proteasome assembly chaperone 4
9 Sobic.003G084700 - -
10 Sobic.003G250500 splicing factor U2AF, putative, expressed K12836: splicing factor U2AF 35 kDa subunit
11 Sobic.004G186000 salt tolerant protein, putative, expressed -
12 Sobic.003G401100 WW domain containing protein, expressed K12865: PQBP1, polyglutamine-binding protein 1
13 Sobic.004G348100 DNL zinc finger domain containing protein, putative, expressed K17808: ZIM17, DNLZ, mitochondrial protein import protein ZIM17
14 Sobic.010G056200 WD-40 repeat family protein, putative, expressed -
15 Sobic.002G110700 uncharacterized ACR, YggU family COG1872 containing protein, expressed K09131: uncharacterized protein
16 Sobic.010G279700 signal peptide peptidase-like 2B, putative, expressed -
17 Sobic.001G131800 expressed protein K15186: ELL-associated factor
18 Sobic.007G078600 YT521-B, putative, expressed -
19 Sobic.001G107500 cyclin-dependent kinase, putative, expressed K08819: cyclin-dependent kinase 12/13
20 Sobic.002G350300 gamma response I protein, putative, expressed K13096: splicing factor 4


Gene co-expression network
sample Sobic006G252300 Sobic006G252300 Sobic001G281600 Sobic001G281600 Sobic006G252300--Sobic001G281600 Sobic002G309800 Sobic002G309800 Sobic006G252300--Sobic002G309800 Sobic007G078500 Sobic007G078500 Sobic006G252300--Sobic007G078500 Sobic004G121100 Sobic004G121100 Sobic006G252300--Sobic004G121100 Sobic004G205600 Sobic004G205600 Sobic006G252300--Sobic004G205600 Sobic008G128600 Sobic008G128600 Sobic006G252300--Sobic008G128600 Sobic006G200600 Sobic006G200600 Sobic006G252300--Sobic006G200600 Sobic008G062000 Sobic008G062000 Sobic006G252300--Sobic008G062000 Sobic003G084700 Sobic003G084700 Sobic006G252300--Sobic003G084700 Sobic010G279700 Sobic010G279700 Sobic001G281600--Sobic010G279700 Sobic001G281600--Sobic007G078500 Sobic001G281600--Sobic006G200600 Sobic003G401100 Sobic003G401100 Sobic001G281600--Sobic003G401100 Sobic001G281600--Sobic004G121100 Sobic009G215800 Sobic009G215800 Sobic001G281600--Sobic009G215800 Sobic004G084300 Sobic004G084300 Sobic001G281600--Sobic004G084300 Sobic009G050900 Sobic009G050900 Sobic001G281600--Sobic009G050900 Sobic008G179700 Sobic008G179700 Sobic001G281600--Sobic008G179700 Sobic009G065100 Sobic009G065100 Sobic002G309800--Sobic009G065100 Sobic001G253200 Sobic001G253200 Sobic002G309800--Sobic001G253200 Sobic010G056200 Sobic010G056200 Sobic002G309800--Sobic010G056200 Sobic007G054400 Sobic007G054400 Sobic002G309800--Sobic007G054400 Sobic002G309800--Sobic009G215800 Sobic005G079800 Sobic005G079800 Sobic002G309800--Sobic005G079800 Sobic009G070100 Sobic009G070100 Sobic002G309800--Sobic009G070100 Sobic007G078600 Sobic007G078600 Sobic002G309800--Sobic007G078600 Sobic004G087600 Sobic004G087600 Sobic002G309800--Sobic004G087600 Sobic007G078500--Sobic001G281600 Sobic007G078500--Sobic007G078600 Sobic007G078500--Sobic004G121100 Sobic009G179700 Sobic009G179700 Sobic007G078500--Sobic009G179700 Sobic007G078500--Sobic008G179700 Sobic008G076800 Sobic008G076800 Sobic007G078500--Sobic008G076800 Sobic001G080700 Sobic001G080700 Sobic007G078500--Sobic001G080700 Sobic007G078500--Sobic010G279700 Sobic001G375700 Sobic001G375700 Sobic007G078500--Sobic001G375700 Sobic009G205200 Sobic009G205200 Sobic004G121100--Sobic009G205200 Sobic004G121100--Sobic006G200600 Sobic006G228500 Sobic006G228500 Sobic004G121100--Sobic006G228500 Sobic004G121100--Sobic001G281600 Sobic009G259400 Sobic009G259400 Sobic004G121100--Sobic009G259400 Sobic004G121100--Sobic007G078500 Sobic004G121100--Sobic001G080700 Sobic002G350300 Sobic002G350300 Sobic004G121100--Sobic002G350300 Sobic010G251000 Sobic010G251000 Sobic004G121100--Sobic010G251000 Sobic004G057400 Sobic004G057400 Sobic004G205600--Sobic004G057400 Sobic001G497300 Sobic001G497300 Sobic004G205600--Sobic001G497300 Sobic001G090400 Sobic001G090400 Sobic004G205600--Sobic001G090400 Sobic003G081000 Sobic003G081000 Sobic004G205600--Sobic003G081000 Sobic007G026300 Sobic007G026300 Sobic004G205600--Sobic007G026300 Sobic009G000500 Sobic009G000500 Sobic004G205600--Sobic009G000500 Sobic002G157300 Sobic002G157300 Sobic004G205600--Sobic002G157300 Sobic004G205600--Sobic009G065100 Sobic002G157000 Sobic002G157000 Sobic004G205600--Sobic002G157000 Sobic010G067700 Sobic010G067700 Sobic008G128600--Sobic010G067700 Sobic009G054700 Sobic009G054700 Sobic008G128600--Sobic009G054700 Sobic001G512900 Sobic001G512900 Sobic008G128600--Sobic001G512900 Sobic003G250500 Sobic003G250500 Sobic008G128600--Sobic003G250500 Sobic001G131800 Sobic001G131800 Sobic008G128600--Sobic001G131800 Sobic009G178600 Sobic009G178600 Sobic008G128600--Sobic009G178600 Sobic001G083600 Sobic001G083600 Sobic008G128600--Sobic001G083600 Sobic009G198100 Sobic009G198100 Sobic008G128600--Sobic009G198100 Sobic008G128600--Sobic006G252300 Sobic004G353200 Sobic004G353200 Sobic006G200600--Sobic004G353200 Sobic006G200600--Sobic001G281600 Sobic006G200600--Sobic004G121100 Sobic001G392300 Sobic001G392300 Sobic006G200600--Sobic001G392300 Sobic006G200600--Sobic010G251000 Sobic008G047800 Sobic008G047800 Sobic006G200600--Sobic008G047800 Sobic006G200600--Sobic009G205200 Sobic006G200600--Sobic007G078600 Sobic003G248200 Sobic003G248200 Sobic006G200600--Sobic003G248200 Sobic006G273200 Sobic006G273200 Sobic008G062000--Sobic006G273200 Sobic008G062000--Sobic004G205600 Sobic008G062000--Sobic001G131800 Sobic008G062000--Sobic003G250500 Sobic010G033400 Sobic010G033400 Sobic008G062000--Sobic010G033400 Sobic008G067600 Sobic008G067600 Sobic008G062000--Sobic008G067600 Sobic008G174300 Sobic008G174300 Sobic008G062000--Sobic008G174300 Sobic007G205800 Sobic007G205800 Sobic008G062000--Sobic007G205800 Sobic007G132400 Sobic007G132400 Sobic008G062000--Sobic007G132400 Sobic001G107500 Sobic001G107500 Sobic003G084700--Sobic001G107500 Sobic003G084700--Sobic007G078600 Sobic003G084700--Sobic009G065100 Sobic003G084700--Sobic004G057400 Sobic003G084700--Sobic008G067600 Sobic001G315100 Sobic001G315100 Sobic003G084700--Sobic001G315100 Sobic003G084700--Sobic001G090400 Sobic004G271900 Sobic004G271900 Sobic003G084700--Sobic004G271900 Sobic003G084700--Sobic009G215800
Octagon: transcription factors


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