Gene annotation
Transcriptome id Sobic.007G205300.1
Synonym Sb07g027270
Functional annotation AP2 domain containing protein, expressed
UniProt C5YIM4
Pfam PF00847
Panther DB PTHR31241 PTHR31241:SF5
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0006355; regulation of transcription, DNA-templated GO:0003700DNA-binding transcription factor activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G31060 : Integrase-type DNA-binding superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os08g41030.1 : AP2 domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a005140
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G133100 zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed -
2 Sobic.002G089600 SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during dark-induced senescence.(PubMedID : 27586543)@DEF8 - Defensin and Defensin-like DEFL family, expressed -
3 Sobic.004G198550 - -
4 Sobic.007G040600 - -
5 Sobic.005G082400 LTPL33 - Protease inhibitor/seed storage/LTP family protein precursor, expressed -
6 Sobic.005G221300 - -
7 Sobic.009G039000 myb-like DNA-binding domain, SHAQKYF class family protein, expressed -
8 Sobic.005G147700 - -
9 Sobic.004G048400 - -
10 Sobic.007G047000 hypothetical protein -
11 Sobic.006G276401 - -
12 Sobic.007G040500 - -
13 Sobic.002G250800 response regulator receiver domain containing protein, expressed K14492: two-component response regulator ARR-A family
14 Sobic.008G050300 expressed protein -
15 Sobic.005G212000 LTPL33 - Protease inhibitor/seed storage/LTP family protein precursor, expressed -
16 Sobic.004G017700 trehalose-6-phosphate synthase, putative, expressed K16055: trehalose 6-phosphate synthase/phosphatase
17 Sobic.005G146200 - -
18 Sobic.001G438300 aspartic proteinase, putative, expressed -
19 Sobic.008G126300 - -
20 Sobic.008G135800 GDSL-like lipase/acylhydrolase, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic007G205300 Sobic007G205300 Sobic005G133100 Sobic005G133100 Sobic007G205300--Sobic005G133100 Sobic002G089600 Sobic002G089600 Sobic007G205300--Sobic002G089600 Sobic004G198550 Sobic004G198550 Sobic007G205300--Sobic004G198550 Sobic007G040600 Sobic007G040600 Sobic007G205300--Sobic007G040600 Sobic005G082400 Sobic005G082400 Sobic007G205300--Sobic005G082400 Sobic005G221300 Sobic005G221300 Sobic007G205300--Sobic005G221300 Sobic009G039000 Sobic009G039000 Sobic007G205300--Sobic009G039000 Sobic005G147700 Sobic005G147700 Sobic007G205300--Sobic005G147700 Sobic004G048400 Sobic004G048400 Sobic007G205300--Sobic004G048400 Sobic005G133100--Sobic004G048400 Sobic005G133100--Sobic007G040600 Sobic007G040500 Sobic007G040500 Sobic005G133100--Sobic007G040500 Sobic005G133100--Sobic005G082400 Sobic005G212000 Sobic005G212000 Sobic005G133100--Sobic005G212000 Sobic008G050300 Sobic008G050300 Sobic005G133100--Sobic008G050300 Sobic007G047000 Sobic007G047000 Sobic005G133100--Sobic007G047000 Sobic008G135800 Sobic008G135800 Sobic005G133100--Sobic008G135800 Sobic005G133100--Sobic009G039000 Sobic002G089600--Sobic004G198550 Sobic002G089600--Sobic005G147700 Sobic002G089600--Sobic005G221300 Sobic002G089600--Sobic007G205300 Sobic005G146200 Sobic005G146200 Sobic002G089600--Sobic005G146200 Sobic002G089600--Sobic009G039000 Sobic006G276401 Sobic006G276401 Sobic002G089600--Sobic006G276401 Sobic004G017700 Sobic004G017700 Sobic002G089600--Sobic004G017700 Sobic002G089600--Sobic005G133100 Sobic004G198550--Sobic005G146200 Sobic004G198550--Sobic005G221300 Sobic004G198550--Sobic005G147700 Sobic004G198550--Sobic002G089600 Sobic004G198550--Sobic007G205300 Sobic005G174700 Sobic005G174700 Sobic004G198550--Sobic005G174700 Sobic004G198550--Sobic009G039000 Sobic004G198550--Sobic006G276401 Sobic004G198550--Sobic004G017700 Sobic007G040600--Sobic008G050300 Sobic002G250800 Sobic002G250800 Sobic007G040600--Sobic002G250800 Sobic007G040600--Sobic005G212000 Sobic007G040600--Sobic005G133100 Sobic008G126300 Sobic008G126300 Sobic007G040600--Sobic008G126300 Sobic005G150100 Sobic005G150100 Sobic007G040600--Sobic005G150100 Sobic005G147032 Sobic005G147032 Sobic007G040600--Sobic005G147032 Sobic005G227800 Sobic005G227800 Sobic007G040600--Sobic005G227800 Sobic007G040600--Sobic005G221300 Sobic005G082400--Sobic007G040500 Sobic005G082400--Sobic004G048400 Sobic005G082400--Sobic005G133100 Sobic001G438300 Sobic001G438300 Sobic005G082400--Sobic001G438300 Sobic005G082400--Sobic006G276401 Sobic001G183300 Sobic001G183300 Sobic005G082400--Sobic001G183300 Sobic001G323500 Sobic001G323500 Sobic005G082400--Sobic001G323500 Sobic005G082400--Sobic009G039000 Sobic008G045700 Sobic008G045700 Sobic005G082400--Sobic008G045700 Sobic005G221300--Sobic004G198550 Sobic005G221300--Sobic007G040600 Sobic005G221300--Sobic002G250800 Sobic005G221300--Sobic002G089600 Sobic005G221300--Sobic008G126300 Sobic005G221300--Sobic007G205300 Sobic005G221300--Sobic005G146200 Sobic005G221300--Sobic005G133100 Sobic004G076600 Sobic004G076600 Sobic005G221300--Sobic004G076600 Sobic009G039000--Sobic007G047000 Sobic009G039000--Sobic004G017700 Sobic007G109000 Sobic007G109000 Sobic009G039000--Sobic007G109000 Sobic009G039000--Sobic005G082400 Sobic009G039000--Sobic005G133100 Sobic005G074700 Sobic005G074700 Sobic009G039000--Sobic005G074700 Sobic009G039000--Sobic005G147700 Sobic009G039000--Sobic007G040500 Sobic009G039000--Sobic006G276401 Sobic005G147700--Sobic006G276401 Sobic005G147700--Sobic005G174700 Sobic005G147700--Sobic004G198550 Sobic005G148700 Sobic005G148700 Sobic005G147700--Sobic005G148700 Sobic005G147700--Sobic002G089600 Sobic009G039700 Sobic009G039700 Sobic005G147700--Sobic009G039700 Sobic005G147700--Sobic005G082400 Sobic005G147700--Sobic005G146200 Sobic005G221200 Sobic005G221200 Sobic005G147700--Sobic005G221200 Sobic004G048400--Sobic007G040500 Sobic004G048400--Sobic001G438300 Sobic004G048400--Sobic008G135800 Sobic004G048400--Sobic005G133100 Sobic004G048400--Sobic005G082400 Sobic004G048400--Sobic001G183300 Sobic004G048400--Sobic005G212000 Sobic004G048400--Sobic007G047000 Sobic004G048400--Sobic008G045700
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.