Gene annotation
Transcriptome id Sobic.008G066300.5,Sobic.008G066300.4,Sobic.008G066300.3,Sobic.008G066300.2,Sobic.008G066300.7,Sobic.008G066300.6,Sobic.008G066300.1
Synonym VIP3
Functional annotation WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed
UniProt A0A1B6PC03 , A0A1B6PBV4 , A0A1B6PBZ3
Pfam -
Panther DB -
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G29830 : Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os11g43890.1 : WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a029182
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.008G066300


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G003400 - -
2 Sobic.002G188400 - -
3 Sobic.005G127900 - -
4 Sobic.005G178300 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, putative, expressed -
5 Sobic.003G042200 uncharacterized protein At4g06744 precursor, putative, expressed -
6 Sobic.005G110547 - -
7 Sobic.005G150600 expressed protein -
8 Sobic.001G025700 protein phosphatase 2C, putative, expressed K01102: pyruvate dehydrogenase phosphatase
9 Sobic.008G023600 OsDegp14 - Putative Deg protease homologue, expressed -
10 Sobic.009G234500 similar to Cold acclimation protein COR413-TM1(PubMedID : 29862293)@"SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental, salt-induced, and dark-induced senescence./late senescence marker (common during developmental, salt-induced, and dark-induced senescence)"(PubMedID : 27586543)@cold acclimation protein WCOR413, putative, expressed -
11 Sobic.010G036901 - -
12 Sobic.010G009600 OsFBX182 - F-box domain containing protein, expressed -
13 Sobic.010G018900 pentatricopeptide repeat domain containing protein, putative, expressed -
14 Sobic.009G070250 - -
15 Sobic.002G100600 ubiquitin family protein, putative, expressed -
16 Sobic.008G174500 expressed protein -
17 Sobic.008G065932 - -
18 Sobic.008G050700 OsSigP5 - Putative Type I Signal Peptidase homologue@ employs a putative Ser/His catalytic dyad, expressed K13280: SEC11, signal peptidase I
19 Sobic.010G002800 AGAP000326-PA, putative, expressed K18163: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex assembly factor 6
20 Sobic.010G257500 expressed protein -


Gene co-expression network
sample Sobic008G066300 Sobic008G066300 Sobic005G003400 Sobic005G003400 Sobic008G066300--Sobic005G003400 Sobic002G188400 Sobic002G188400 Sobic008G066300--Sobic002G188400 Sobic005G127900 Sobic005G127900 Sobic008G066300--Sobic005G127900 Sobic005G178300 Sobic005G178300 Sobic008G066300--Sobic005G178300 Sobic003G042200 Sobic003G042200 Sobic008G066300--Sobic003G042200 Sobic005G110547 Sobic005G110547 Sobic008G066300--Sobic005G110547 Sobic005G150600 Sobic005G150600 Sobic008G066300--Sobic005G150600 Sobic001G025700 Sobic001G025700 Sobic008G066300--Sobic001G025700 Sobic008G023600 Sobic008G023600 Sobic008G066300--Sobic008G023600 Sobic005G003400--Sobic002G188400 Sobic005G003600 Sobic005G003600 Sobic005G003400--Sobic005G003600 Sobic005G003400--Sobic008G066300 Sobic004G138450 Sobic004G138450 Sobic005G003400--Sobic004G138450 Sobic002G239400 Sobic002G239400 Sobic005G003400--Sobic002G239400 Sobic001G539400 Sobic001G539400 Sobic005G003400--Sobic001G539400 Sobic004G213400 Sobic004G213400 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Octagon: transcription factors


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