Gene annotation
Transcriptome id Sobic.008G134700.1
Synonym Sb08g018620
Functional annotation chloroplast nucleoid DNA binding protein, putative, expressed
UniProt C5YPX8
Pfam PF00026 PF14541
Panther DB PTHR13683 PTHR13683:SF302
NCBI CDD KOG1339; Aspartyl protease
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0006508; proteolysis GO:0004190aspartic-type endopeptidase activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G03200 : Eukaryotic aspartyl protease family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os05g31170.1 : chloroplast nucleoid DNA binding protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a025428
Brachypodium -
Barley HORVU2Hr1G062350.1
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.006G077000 serine/threonine-protein kinase receptor precursor, putative, expressed -
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20 Sobic.002G334000 CSLF3 - cellulose synthase-like family F@ beta1,3@1,4 glucan synthase, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic008G134700 Sobic008G134700 Sobic006G077000 Sobic006G077000 Sobic008G134700--Sobic006G077000 Sobic004G009300 Sobic004G009300 Sobic008G134700--Sobic004G009300 Sobic002G392300 Sobic002G392300 Sobic008G134700--Sobic002G392300 Sobic009G018300 Sobic009G018300 Sobic008G134700--Sobic009G018300 Sobic007G097550 Sobic007G097550 Sobic008G134700--Sobic007G097550 Sobic006G135500 Sobic006G135500 Sobic008G134700--Sobic006G135500 Sobic004G337950 Sobic004G337950 Sobic008G134700--Sobic004G337950 Sobic001G233100 Sobic001G233100 Sobic008G134700--Sobic001G233100 Sobic001G506100 Sobic001G506100 Sobic008G134700--Sobic001G506100 Sobic006G077000--Sobic008G134700 Sobic006G077000--Sobic006G135500 Sobic009G096300 Sobic009G096300 Sobic006G077000--Sobic009G096300 Sobic010G139100 Sobic010G139100 Sobic006G077000--Sobic010G139100 Sobic010G174100 Sobic010G174100 Sobic006G077000--Sobic010G174100 Sobic006G077000--Sobic002G392300 Sobic006G171300 Sobic006G171300 Sobic006G077000--Sobic006G171300 Sobic004G323000 Sobic004G323000 Sobic006G077000--Sobic004G323000 Sobic005G161200 Sobic005G161200 Sobic006G077000--Sobic005G161200 Sobic004G009300--Sobic009G018300 Sobic004G009300--Sobic002G392300 Sobic007G094100 Sobic007G094100 Sobic004G009300--Sobic007G094100 Sobic004G009300--Sobic004G337950 Sobic004G009300--Sobic006G135500 Sobic003G046700 Sobic003G046700 Sobic004G009300--Sobic003G046700 Sobic004G119900 Sobic004G119900 Sobic004G009300--Sobic004G119900 Sobic004G009300--Sobic001G233100 Sobic001G521600 Sobic001G521600 Sobic004G009300--Sobic001G521600 Sobic002G392200 Sobic002G392200 Sobic002G392300--Sobic002G392200 Sobic002G392300--Sobic004G009300 Sobic002G392300--Sobic006G135500 Sobic003G425701 Sobic003G425701 Sobic002G392300--Sobic003G425701 Sobic002G392300--Sobic006G171300 Sobic002G392300--Sobic004G337950 Sobic002G392300--Sobic007G094100 Sobic002G392300--Sobic009G018300 Sobic006G178300 Sobic006G178300 Sobic002G392300--Sobic006G178300 Sobic009G018300--Sobic007G097550 Sobic009G018300--Sobic001G233100 Sobic009G018300--Sobic001G506100 Sobic009G004900 Sobic009G004900 Sobic009G018300--Sobic009G004900 Sobic009G018300--Sobic003G046700 Sobic009G018300--Sobic001G521600 Sobic009G018300--Sobic004G337950 Sobic009G018300--Sobic004G009300 Sobic010G269000 Sobic010G269000 Sobic009G018300--Sobic010G269000 Sobic007G097550--Sobic009G018300 Sobic007G097550--Sobic001G233100 Sobic005G212800 Sobic005G212800 Sobic007G097550--Sobic005G212800 Sobic008G084800 Sobic008G084800 Sobic007G097550--Sobic008G084800 Sobic005G205400 Sobic005G205400 Sobic007G097550--Sobic005G205400 Sobic001G234100 Sobic001G234100 Sobic007G097550--Sobic001G234100 Sobic007G097550--Sobic001G506100 Sobic007G097550--Sobic009G004900 Sobic007G097550--Sobic006G178300 Sobic001G238100 Sobic001G238100 Sobic006G135500--Sobic001G238100 Sobic007G019900 Sobic007G019900 Sobic006G135500--Sobic007G019900 Sobic006G135500--Sobic010G139100 Sobic006G135500--Sobic004G009300 Sobic006G135500--Sobic002G392300 Sobic006G135500--Sobic003G046700 Sobic002G334000 Sobic002G334000 Sobic006G135500--Sobic002G334000 Sobic009G032900 Sobic009G032900 Sobic006G135500--Sobic009G032900 Sobic005G226200 Sobic005G226200 Sobic006G135500--Sobic005G226200 Sobic004G337950--Sobic009G018300 Sobic004G337950--Sobic001G521600 Sobic004G337950--Sobic007G097550 Sobic004G337950--Sobic004G009300 Sobic004G337950--Sobic001G233100 Sobic004G337950--Sobic007G094100 Sobic004G337950--Sobic001G506100 Sobic004G337950--Sobic003G046700 Sobic004G337950--Sobic009G004900 Sobic001G233100--Sobic009G004900 Sobic001G233100--Sobic009G018300 Sobic001G233100--Sobic001G506100 Sobic001G233100--Sobic007G097550 Sobic001G233100--Sobic004G119900 Sobic010G128300 Sobic010G128300 Sobic001G233100--Sobic010G128300 Sobic001G233100--Sobic005G226200 Sobic005G226400 Sobic005G226400 Sobic001G233100--Sobic005G226400 Sobic002G392000 Sobic002G392000 Sobic001G233100--Sobic002G392000 Sobic001G506100--Sobic009G018300 Sobic001G506100--Sobic001G233100 Sobic001G506100--Sobic010G128300 Sobic001G506100--Sobic009G004900 Sobic001G506100--Sobic002G392000 Sobic001G506100--Sobic007G097550 Sobic001G506100--Sobic005G205400 Sobic001G506100--Sobic005G226200 Sobic001G506100--Sobic005G226400
Octagon: transcription factors


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