Gene annotation
Transcriptome id Sobic.009G076900.1
Synonym Sb09g006440
Functional annotation PPR repeat containing protein, expressed
UniProt C5YUN1
Pfam PF01535 PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF538
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G53330 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os05g11700.1 : PPR repeat containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a047574
Brachypodium -
Barley HORVU6Hr1G009530.3 , HORVU6Hr1G009530.2 , HORVU6Hr1G009530.1
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G119100 tetratricopeptide-like helical, putative, expressed -
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7 Sobic.001G139200 - -
8 Sobic.009G213900 exostosin, putative, expressed -
9 Sobic.005G129100 O-methyltransferase, putative, expressed -
10 Sobic.007G170200 - -
11 Sobic.003G102300 helix-loop-helix DNA-binding domain containing protein, expressed -
12 Sobic.004G194700 expressed protein -
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14 Sobic.007G107900 expressed protein -
15 Sobic.001G405400 chloroplast unusual positioning protein, putative, expressed -
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18 Sobic.001G071300 expressed protein -
19 Sobic.010G051600 - -
20 Sobic.007G044900 Up-reguralion under drought(PubMedID : 24916767)@cytochrome P450, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic009G076900 Sobic009G076900 Sobic003G119100 Sobic003G119100 Sobic009G076900--Sobic003G119100 Sobic007G202700 Sobic007G202700 Sobic009G076900--Sobic007G202700 Sobic003G274600 Sobic003G274600 Sobic009G076900--Sobic003G274600 Sobic001G044800 Sobic001G044800 Sobic009G076900--Sobic001G044800 Sobic003G298500 Sobic003G298500 Sobic009G076900--Sobic003G298500 Sobic001G030600 Sobic001G030600 Sobic009G076900--Sobic001G030600 Sobic001G139200 Sobic001G139200 Sobic009G076900--Sobic001G139200 Sobic009G213900 Sobic009G213900 Sobic009G076900--Sobic009G213900 Sobic005G129100 Sobic005G129100 Sobic009G076900--Sobic005G129100 Sobic004G174800 Sobic004G174800 Sobic003G119100--Sobic004G174800 Sobic008G082800 Sobic008G082800 Sobic003G119100--Sobic008G082800 Sobic007G208400 Sobic007G208400 Sobic003G119100--Sobic007G208400 Sobic009G251600 Sobic009G251600 Sobic003G119100--Sobic009G251600 Sobic003G119100--Sobic009G076900 Sobic004G346200 Sobic004G346200 Sobic003G119100--Sobic004G346200 Sobic001G450300 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Octagon: transcription factors


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