Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G119100.1
Synonym Sb03g010050
Functional annotation tetratricopeptide-like helical, putative, expressed
UniProt C5XGF1
Pfam PF13041 PF01535
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF449
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G56310 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g15530.1 : tetratricopeptide-like helical, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a035300
Brachypodium KQJ94963 , KQK03710
Barley HORVU3Hr1G036010.1
Wheat -
Populus PNT05735


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G174800 expressed protein -
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9 Sobic.009G063450 - -
10 Sobic.001G069300 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@pentatricopeptide, putative, expressed -
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17 Sobic.007G179600 pentatricopeptide, putative, expressed -
18 Sobic.008G009000 pentatricopeptide, putative, expressed -
19 Sobic.005G208950 - -
20 Sobic.002G172500 tetratricopeptide-like helical, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic003G119100 Sobic003G119100 Sobic004G174800 Sobic004G174800 Sobic003G119100--Sobic004G174800 Sobic008G082800 Sobic008G082800 Sobic003G119100--Sobic008G082800 Sobic007G208400 Sobic007G208400 Sobic003G119100--Sobic007G208400 Sobic009G251600 Sobic009G251600 Sobic003G119100--Sobic009G251600 Sobic009G076900 Sobic009G076900 Sobic003G119100--Sobic009G076900 Sobic004G346200 Sobic004G346200 Sobic003G119100--Sobic004G346200 Sobic001G450300 Sobic001G450300 Sobic003G119100--Sobic001G450300 Sobic002G057050 Sobic002G057050 Sobic003G119100--Sobic002G057050 Sobic009G063450 Sobic009G063450 Sobic003G119100--Sobic009G063450 Sobic004G174800--Sobic003G119100 Sobic004G174800--Sobic001G450300 Sobic008G009000 Sobic008G009000 Sobic004G174800--Sobic008G009000 Sobic004G217900 Sobic004G217900 Sobic004G174800--Sobic004G217900 Sobic008G099900 Sobic008G099900 Sobic004G174800--Sobic008G099900 Sobic005G210700 Sobic005G210700 Sobic004G174800--Sobic005G210700 Sobic004G174800--Sobic004G346200 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Octagon: transcription factors


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