Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G141450.1
Synonym SbTCP4;SbTCP4
Functional annotation "TCP is actually a family of transcription factors named after: teosinte branched 1 (tb1, Zea mays (Maize)), cycloidea (cyc) (Antirrhinum majus) (Garden snapdragon) and PCF in rice (Oryza sativa)." (PubMedID : 27917941)
"plant-specific TCP family of transcription factors, in particular, have been shown to play key roles in evolution of plant form and structure (putative)" (PubMedID : 28383054)
UniProt A0A1W0W3T1
Pfam PF03634
Panther DB PTHR31072 PTHR31072:SF2
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G30210 : TEOSINTE BRANCHED 1, cycloidea, and PCF family 24
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g05720.1 : TCP family transcription factor, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a045028 , Zm00025a016162
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
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9 Sobic.005G051700 - -
10 Sobic.005G153600 DEF1 - Defensin and Defensin-like DEFL family, expressed -
11 Sobic.005G225000 - -
12 Sobic.010G153800 - -
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14 Sobic.005G153400 - -
15 Sobic.005G187100 - -
16 Sobic.005G176500 DEFL14 - Defensin and Defensin-like DEFL family, expressed -
17 Sobic.007G062700 zinc finger family protein, putative, expressed -
18 Sobic.007G075301 - -
19 Sobic.007G205200 Not investigated(PubMedID : 23766026)@AP2 domain containing protein, expressed -
20 Sobic.010G219300 DEFL27 - Defensin and Defensin-like DEFL family -


Gene co-expression network
sample Sobic002G141450 Sobic002G141450 Sobic010G274200 Sobic010G274200 Sobic002G141450--Sobic010G274200 Sobic004G294500 Sobic004G294500 Sobic002G141450--Sobic004G294500 Sobic009G040100 Sobic009G040100 Sobic002G141450--Sobic009G040100 Sobic009G007500 Sobic009G007500 Sobic002G141450--Sobic009G007500 Sobic009G253800 Sobic009G253800 Sobic002G141450--Sobic009G253800 Sobic004G190200 Sobic004G190200 Sobic002G141450--Sobic004G190200 Sobic005G116000 Sobic005G116000 Sobic002G141450--Sobic005G116000 Sobic010G164100 Sobic010G164100 Sobic002G141450--Sobic010G164100 Sobic005G051700 Sobic005G051700 Sobic002G141450--Sobic005G051700 Sobic010G274200--Sobic002G141450 Sobic005G042300 Sobic005G042300 Sobic010G274200--Sobic005G042300 Sobic005G125800 Sobic005G125800 Sobic010G274200--Sobic005G125800 Sobic002G277432 Sobic002G277432 Sobic010G274200--Sobic002G277432 Sobic005G176500 Sobic005G176500 Sobic010G274200--Sobic005G176500 Sobic010G274200--Sobic009G040100 Sobic008G120450 Sobic008G120450 Sobic010G274200--Sobic008G120450 Sobic010G274200--Sobic010G164100 Sobic007G075301 Sobic007G075301 Sobic010G274200--Sobic007G075301 Sobic004G294500--Sobic009G007500 Sobic001G518700 Sobic001G518700 Sobic004G294500--Sobic001G518700 Sobic008G088450 Sobic008G088450 Sobic004G294500--Sobic008G088450 Sobic008G088881 Sobic008G088881 Sobic004G294500--Sobic008G088881 Sobic004G294500--Sobic009G253800 Sobic006G062700 Sobic006G062700 Sobic004G294500--Sobic006G062700 Sobic001G112250 Sobic001G112250 Sobic004G294500--Sobic001G112250 Sobic003G024700 Sobic003G024700 Sobic004G294500--Sobic003G024700 Sobic008G103066 Sobic008G103066 Sobic004G294500--Sobic008G103066 Sobic009G040100--Sobic005G116000 Sobic009G040100--Sobic005G051700 Sobic005G153400 Sobic005G153400 Sobic009G040100--Sobic005G153400 Sobic010G195600 Sobic010G195600 Sobic009G040100--Sobic010G195600 Sobic005G153600 Sobic005G153600 Sobic009G040100--Sobic005G153600 Sobic001G328900 Sobic001G328900 Sobic009G040100--Sobic001G328900 Sobic007G205200 Sobic007G205200 Sobic009G040100--Sobic007G205200 Sobic003G438300 Sobic003G438300 Sobic009G040100--Sobic003G438300 Sobic005G199101 Sobic005G199101 Sobic009G040100--Sobic005G199101 Sobic009G007500--Sobic008G088450 Sobic009G007500--Sobic004G294500 Sobic009G007500--Sobic001G518700 Sobic009G007500--Sobic006G062700 Sobic009G007500--Sobic008G103066 Sobic009G007500--Sobic001G112250 Sobic001G249233 Sobic001G249233 Sobic009G007500--Sobic001G249233 Sobic005G174900 Sobic005G174900 Sobic009G007500--Sobic005G174900 Sobic009G007500--Sobic003G024700 Sobic009G253800--Sobic004G294500 Sobic009G253800--Sobic004G190200 Sobic009G253800--Sobic009G007500 Sobic007G091200 Sobic007G091200 Sobic009G253800--Sobic007G091200 Sobic009G253800--Sobic001G518700 Sobic009G253800--Sobic002G141450 Sobic001G170500 Sobic001G170500 Sobic009G253800--Sobic001G170500 Sobic009G253800--Sobic008G088450 Sobic007G023600 Sobic007G023600 Sobic009G253800--Sobic007G023600 Sobic006G121700 Sobic006G121700 Sobic004G190200--Sobic006G121700 Sobic001G243666 Sobic001G243666 Sobic004G190200--Sobic001G243666 Sobic004G190200--Sobic009G253800 Sobic004G190200--Sobic004G294500 Sobic004G190200--Sobic010G164100 Sobic009G191801 Sobic009G191801 Sobic004G190200--Sobic009G191801 Sobic004G190200--Sobic002G141450 Sobic004G190200--Sobic007G075301 Sobic004G190200--Sobic001G518700 Sobic005G116000--Sobic005G051700 Sobic005G116000--Sobic005G153400 Sobic005G116000--Sobic007G205200 Sobic005G116000--Sobic009G040100 Sobic005G116000--Sobic001G328900 Sobic005G116000--Sobic005G153600 Sobic005G116000--Sobic010G195600 Sobic001G096500 Sobic001G096500 Sobic005G116000--Sobic001G096500 Sobic002G345400 Sobic002G345400 Sobic005G116000--Sobic002G345400 Sobic010G164100--Sobic007G075301 Sobic005G193260 Sobic005G193260 Sobic010G164100--Sobic005G193260 Sobic005G192700 Sobic005G192700 Sobic010G164100--Sobic005G192700 Sobic005G185600 Sobic005G185600 Sobic010G164100--Sobic005G185600 Sobic005G192900 Sobic005G192900 Sobic010G164100--Sobic005G192900 Sobic005G192901 Sobic005G192901 Sobic010G164100--Sobic005G192901 Sobic010G044600 Sobic010G044600 Sobic010G164100--Sobic010G044600 Sobic005G192801 Sobic005G192801 Sobic010G164100--Sobic005G192801 Sobic002G362400 Sobic002G362400 Sobic010G164100--Sobic002G362400 Sobic005G051700--Sobic005G116000 Sobic005G051700--Sobic010G195600 Sobic005G051700--Sobic005G153400 Sobic005G051700--Sobic001G328900 Sobic005G051700--Sobic009G040100 Sobic005G051700--Sobic007G205200 Sobic005G051700--Sobic002G345400 Sobic005G051700--Sobic005G153600 Sobic009G039100 Sobic009G039100 Sobic005G051700--Sobic009G039100
Octagon: transcription factors


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