Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G208301.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A1W0W557
Pfam PF00497 PF13458 PF00060
Panther DB PTHR18966 PTHR18966:SF223
NCBI CDD KOG1052; Glutamate-gated kainate-type ion channel receptor subunit GluR5 and related subunits
KEGG Orthology K05387; glutamate receptor, ionotropic, plant
Gene Ontology GO:0016020; membrane GO:0004970ionotropic glutamate receptor activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G29110 : glutamate receptor 2.8
RAP-DB (Rice) LOC_Os09g25980.1 : glutamate receptor 2.6 precursor, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat TraesCS5A02G219800 , TraesCS5D02G228000 , TraesCS5B02G218700 , TraesCS5D02G227800
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G399800 Homologous to EPF/EPFL genes in Arabidopsis. Modelling of protein structure.(PubMedID : 23755192)@expressed protein -
2 Sobic.009G049100 - -
3 Sobic.001G227601 - -
4 Sobic.002G107700 - -
5 Sobic.003G276400 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@Alpha-amylase isozime 2 precursor AMY3 (Os)(PubMedID : 27208977)@alpha-amylase precursor, putative, expressed -
6 Sobic.006G165501 - -
7 Sobic.001G385132 - -
8 Sobic.004G237900 no apical meristem protein, putative, expressed -
9 Sobic.010G184201 - -
10 Sobic.008G159800 - -
11 Sobic.002G427201 - -
12 Sobic.004G258450 - -
13 Sobic.001G204400 MYB family transcription factor, putative, expressed -
14 Sobic.007G137750 - -
15 Sobic.008G024700 DUF567 domain containing protein, putative, expressed -
16 Sobic.003G301950 - -
17 Sobic.007G031000 X8 domain containing protein, expressed -
18 Sobic.003G336300 C2 domain containing protein, putative, expressed -
19 Sobic.004G070150 - -
20 Sobic.009G235100 GTP-binding protein, putative, expressed K03595: era, GTPase


Gene co-expression network
sample Sobic002G208301 Sobic002G208301 Sobic003G399800 Sobic003G399800 Sobic002G208301--Sobic003G399800 Sobic009G049100 Sobic009G049100 Sobic002G208301--Sobic009G049100 Sobic001G227601 Sobic001G227601 Sobic002G208301--Sobic001G227601 Sobic002G107700 Sobic002G107700 Sobic002G208301--Sobic002G107700 Sobic003G276400 Sobic003G276400 Sobic002G208301--Sobic003G276400 Sobic006G165501 Sobic006G165501 Sobic002G208301--Sobic006G165501 Sobic001G385132 Sobic001G385132 Sobic002G208301--Sobic001G385132 Sobic004G237900 Sobic004G237900 Sobic002G208301--Sobic004G237900 Sobic010G184201 Sobic010G184201 Sobic002G208301--Sobic010G184201 Sobic003G399800--Sobic004G237900 Sobic004G258450 Sobic004G258450 Sobic003G399800--Sobic004G258450 Sobic001G245100 Sobic001G245100 Sobic003G399800--Sobic001G245100 Sobic003G399800--Sobic009G049100 Sobic003G399800--Sobic002G107700 Sobic004G070150 Sobic004G070150 Sobic003G399800--Sobic004G070150 Sobic007G052000 Sobic007G052000 Sobic003G399800--Sobic007G052000 Sobic003G298000 Sobic003G298000 Sobic003G399800--Sobic003G298000 Sobic003G336300 Sobic003G336300 Sobic003G399800--Sobic003G336300 Sobic008G024700 Sobic008G024700 Sobic009G049100--Sobic008G024700 Sobic001G460150 Sobic001G460150 Sobic009G049100--Sobic001G460150 Sobic009G049100--Sobic003G336300 Sobic004G190800 Sobic004G190800 Sobic009G049100--Sobic004G190800 Sobic004G144300 Sobic004G144300 Sobic009G049100--Sobic004G144300 Sobic009G252500 Sobic009G252500 Sobic009G049100--Sobic009G252500 Sobic009G049100--Sobic003G298000 Sobic004G310400 Sobic004G310400 Sobic009G049100--Sobic004G310400 Sobic007G046600 Sobic007G046600 Sobic009G049100--Sobic007G046600 Sobic009G005750 Sobic009G005750 Sobic001G227601--Sobic009G005750 Sobic004G087900 Sobic004G087900 Sobic001G227601--Sobic004G087900 Sobic003G315900 Sobic003G315900 Sobic001G227601--Sobic003G315900 Sobic007G031000 Sobic007G031000 Sobic001G227601--Sobic007G031000 Sobic001G227601--Sobic002G208301 Sobic002G375600 Sobic002G375600 Sobic001G227601--Sobic002G375600 Sobic009G106300 Sobic009G106300 Sobic001G227601--Sobic009G106300 Sobic003G017300 Sobic003G017300 Sobic001G227601--Sobic003G017300 Sobic001G227601--Sobic004G258450 Sobic002G107700--Sobic010G184201 Sobic002G107700--Sobic004G237900 Sobic002G107700--Sobic004G070150 Sobic002G107700--Sobic003G399800 Sobic002G107700--Sobic001G385132 Sobic002G315450 Sobic002G315450 Sobic002G107700--Sobic002G315450 Sobic002G107700--Sobic002G208301 Sobic007G038200 Sobic007G038200 Sobic002G107700--Sobic007G038200 Sobic003G276700 Sobic003G276700 Sobic002G107700--Sobic003G276700 Sobic003G276400--Sobic004G144300 Sobic001G104100 Sobic001G104100 Sobic003G276400--Sobic001G104100 Sobic003G001650 Sobic003G001650 Sobic003G276400--Sobic003G001650 Sobic005G025400 Sobic005G025400 Sobic003G276400--Sobic005G025400 Sobic001G113400 Sobic001G113400 Sobic003G276400--Sobic001G113400 Sobic006G024400 Sobic006G024400 Sobic003G276400--Sobic006G024400 Sobic003G362800 Sobic003G362800 Sobic003G276400--Sobic003G362800 Sobic003G276400--Sobic009G049100 Sobic005G014400 Sobic005G014400 Sobic003G276400--Sobic005G014400 Sobic002G086900 Sobic002G086900 Sobic006G165501--Sobic002G086900 Sobic001G187900 Sobic001G187900 Sobic006G165501--Sobic001G187900 Sobic010G042300 Sobic010G042300 Sobic006G165501--Sobic010G042300 Sobic006G165501--Sobic005G014400 Sobic003G053750 Sobic003G053750 Sobic006G165501--Sobic003G053750 Sobic008G170800 Sobic008G170800 Sobic006G165501--Sobic008G170800 Sobic001G093732 Sobic001G093732 Sobic006G165501--Sobic001G093732 Sobic007G137750 Sobic007G137750 Sobic006G165501--Sobic007G137750 Sobic005G182100 Sobic005G182100 Sobic006G165501--Sobic005G182100 Sobic001G385132--Sobic002G107700 Sobic001G385132--Sobic004G237900 Sobic001G385132--Sobic003G399800 Sobic001G385132--Sobic010G184201 Sobic001G385132--Sobic002G208301 Sobic001G285100 Sobic001G285100 Sobic001G385132--Sobic001G285100 Sobic001G385132--Sobic001G245100 Sobic001G385132--Sobic004G258450 Sobic001G385132--Sobic001G187900 Sobic004G237900--Sobic003G399800 Sobic004G237900--Sobic004G258450 Sobic004G237900--Sobic001G245100 Sobic004G237900--Sobic002G107700 Sobic008G132550 Sobic008G132550 Sobic004G237900--Sobic008G132550 Sobic004G237900--Sobic010G184201 Sobic004G237900--Sobic004G070150 Sobic004G237900--Sobic009G049100 Sobic004G237900--Sobic001G385132 Sobic010G184201--Sobic002G107700 Sobic010G184201--Sobic004G237900 Sobic010G184201--Sobic003G399800 Sobic010G184201--Sobic001G385132 Sobic010G184201--Sobic002G315450 Sobic001G494950 Sobic001G494950 Sobic010G184201--Sobic001G494950 Sobic010G184201--Sobic004G070150 Sobic010G184201--Sobic004G258450 Sobic010G184201--Sobic002G208301
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.