Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G336000.1
Synonym
Functional annotation PB1 domain containing protein, expressed
UniProt C5XAX5
Pfam PF00564
Panther DB PTHR31066 PTHR31066:SF4
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005515; protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G05150 : Octicosapeptide/Phox/Bem1p family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g37040.1 : PB1 domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a014891 , Zm00025a048356
Brachypodium KQK15805
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G018200 glycine-rich protein 2, putative, expressed -
2 Sobic.003G273400 glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1, putative, expressed K00671: glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
3 Sobic.004G164000 glycosyltransferase, putative, expressed K08238: xyloglucan 6-xylosyltransferase
4 Sobic.008G138600 SCARECROW, putative, expressed -
5 Sobic.003G283300 expressed protein -
6 Sobic.001G434400 ufm1-conjugating enzyme 1, putative, expressed K12165: ufm1-conjugating enzyme 1
7 Sobic.009G156300 pleckstrin homology domain-containing protein, putative, expressed -
8 Sobic.002G259400 zinc finger DHHC domain-containing protein, putative, expressed K16675: palmitoyltransferase ZDHHC9/14/18
9 Sobic.006G109700 UBA and UBX domain-containing protein, putative, expressed K14012: SHP1, UBX1, UBX domain-containing protein 1
10 Sobic.007G019501 - K13448: calcium-binding protein CML
11 Sobic.006G276200 F-box domain containing protein, expressed -
12 Sobic.003G030800 prenylated rab acceptor, putative, expressed -
13 Sobic.010G065400 X0001, putative, expressed -
14 Sobic.008G137600 RNA recognition motif containing protein, expressed K12900: FUS-interacting serine-arginine-rich protein 1
15 Sobic.001G294000 LOL3, putative, expressed -
16 Sobic.010G212200 synthase, putative, expressed K02377: TSTA3, GDP-L-fucose synthase
17 Sobic.006G231500 acetyltransferase, GNAT family, putative, expressed K00670: NAA30, N-alpha-acetyltransferase 30
18 Sobic.002G280600 hydroxyproline-rich glycoprotein family protein, putative, expressed -
19 Sobic.005G155300 BSD domain-containing protein, putative, expressed -
20 Sobic.001G110300 fb27, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic002G336000 Sobic002G336000 Sobic004G018200 Sobic004G018200 Sobic002G336000--Sobic004G018200 Sobic003G273400 Sobic003G273400 Sobic002G336000--Sobic003G273400 Sobic004G164000 Sobic004G164000 Sobic002G336000--Sobic004G164000 Sobic008G138600 Sobic008G138600 Sobic002G336000--Sobic008G138600 Sobic003G283300 Sobic003G283300 Sobic002G336000--Sobic003G283300 Sobic001G434400 Sobic001G434400 Sobic002G336000--Sobic001G434400 Sobic009G156300 Sobic009G156300 Sobic002G336000--Sobic009G156300 Sobic002G259400 Sobic002G259400 Sobic002G336000--Sobic002G259400 Sobic006G109700 Sobic006G109700 Sobic002G336000--Sobic006G109700 Sobic001G188700 Sobic001G188700 Sobic004G018200--Sobic001G188700 Sobic006G181700 Sobic006G181700 Sobic004G018200--Sobic006G181700 Sobic007G019501 Sobic007G019501 Sobic004G018200--Sobic007G019501 Sobic004G018200--Sobic009G156300 Sobic010G039000 Sobic010G039000 Sobic004G018200--Sobic010G039000 Sobic004G018200--Sobic003G283300 Sobic009G077100 Sobic009G077100 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Octagon: transcription factors


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