Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G055000.1
Synonym Sb03g004720
Functional annotation pentatricopeptide, putative, expressed
UniProt A0A1B6Q1J1
Pfam PF12854 PF13812 PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF680
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G66631 : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g07340.1 : pentatricopeptide, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a023304
Brachypodium KQK02859
Barley HORVU3Hr1G017470.1
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.007G216800 expressed protein -
2 Sobic.002G158300 ankyrin, putative, expressed -
3 Sobic.002G212300 - -
4 Sobic.001G453600 beta-hexosaminidase precursor, putative, expressed K12373: hexosaminidase
5 Sobic.009G138401 - -
6 Sobic.009G160700 mitochondrial glycoprotein, putative, expressed K15414: complement component 1 Q subcomponent-binding protein, mitochondrial
7 Sobic.007G048900 OsFBX381 - F-box domain containing protein, expressed -
8 Sobic.002G102300 - -
9 Sobic.002G015700 OsFBD13 - F-box and FBD domain containing protein, expressed -
10 Sobic.001G457500 - -
11 Sobic.010G225201 - -
12 Sobic.005G170200 OsFBDUF55 - F-box and DUF domain containing protein, expressed -
13 Sobic.003G065700 expressed protein -
14 Sobic.009G142400 gibberellin 20 oxidase 2, putative, expressed -
15 Sobic.002G414800 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
16 Sobic.010G263700 expressed protein -
17 Sobic.008G155400 ankyrin, putative, expressed -
18 Sobic.003G048300 - -
19 Sobic.004G140400 tRNA-splicing endonuclease positive effector-related, putative, expressed K10706: SETX, senataxin
20 Sobic.002G304500 mutS family domain IV containing protein, expressed K08740: DNA mismatch repair protein MSH4


Gene co-expression network
sample Sobic003G055000 Sobic003G055000 Sobic007G216800 Sobic007G216800 Sobic003G055000--Sobic007G216800 Sobic002G158300 Sobic002G158300 Sobic003G055000--Sobic002G158300 Sobic002G212300 Sobic002G212300 Sobic003G055000--Sobic002G212300 Sobic001G453600 Sobic001G453600 Sobic003G055000--Sobic001G453600 Sobic009G138401 Sobic009G138401 Sobic003G055000--Sobic009G138401 Sobic009G160700 Sobic009G160700 Sobic003G055000--Sobic009G160700 Sobic007G048900 Sobic007G048900 Sobic003G055000--Sobic007G048900 Sobic002G102300 Sobic002G102300 Sobic003G055000--Sobic002G102300 Sobic002G015700 Sobic002G015700 Sobic003G055000--Sobic002G015700 Sobic007G216800--Sobic002G158300 Sobic010G255400 Sobic010G255400 Sobic007G216800--Sobic010G255400 Sobic007G216800--Sobic002G015700 Sobic002G304500 Sobic002G304500 Sobic007G216800--Sobic002G304500 Sobic002G016000 Sobic002G016000 Sobic007G216800--Sobic002G016000 Sobic007G216800--Sobic007G048900 Sobic008G041300 Sobic008G041300 Sobic007G216800--Sobic008G041300 Sobic005G201200 Sobic005G201200 Sobic007G216800--Sobic005G201200 Sobic003G342500 Sobic003G342500 Sobic007G216800--Sobic003G342500 Sobic002G158300--Sobic002G016000 Sobic002G158300--Sobic010G255400 Sobic002G158300--Sobic002G015700 Sobic002G158300--Sobic002G304500 Sobic002G158300--Sobic008G041300 Sobic002G158300--Sobic005G201200 Sobic003G211800 Sobic003G211800 Sobic002G158300--Sobic003G211800 Sobic004G064800 Sobic004G064800 Sobic002G158300--Sobic004G064800 Sobic006G013600 Sobic006G013600 Sobic002G158300--Sobic006G013600 Sobic001G504500 Sobic001G504500 Sobic002G212300--Sobic001G504500 Sobic004G349450 Sobic004G349450 Sobic002G212300--Sobic004G349450 Sobic005G131550 Sobic005G131550 Sobic002G212300--Sobic005G131550 Sobic006G162500 Sobic006G162500 Sobic002G212300--Sobic006G162500 Sobic008G056600 Sobic008G056600 Sobic002G212300--Sobic008G056600 Sobic002G212300--Sobic002G102300 Sobic002G280950 Sobic002G280950 Sobic002G212300--Sobic002G280950 Sobic005G185500 Sobic005G185500 Sobic002G212300--Sobic005G185500 Sobic002G243300 Sobic002G243300 Sobic002G212300--Sobic002G243300 Sobic010G145100 Sobic010G145100 Sobic001G453600--Sobic010G145100 Sobic004G046800 Sobic004G046800 Sobic001G453600--Sobic004G046800 Sobic006G093600 Sobic006G093600 Sobic001G453600--Sobic006G093600 Sobic009G229400 Sobic009G229400 Sobic001G453600--Sobic009G229400 Sobic009G202000 Sobic009G202000 Sobic001G453600--Sobic009G202000 Sobic006G162400 Sobic006G162400 Sobic001G453600--Sobic006G162400 Sobic001G387300 Sobic001G387300 Sobic001G453600--Sobic001G387300 Sobic003G024100 Sobic003G024100 Sobic001G453600--Sobic003G024100 Sobic009G061500 Sobic009G061500 Sobic001G453600--Sobic009G061500 Sobic001G210600 Sobic001G210600 Sobic009G138401--Sobic001G210600 Sobic008G002201 Sobic008G002201 Sobic009G138401--Sobic008G002201 Sobic003G356800 Sobic003G356800 Sobic009G138401--Sobic003G356800 Sobic001G457500 Sobic001G457500 Sobic009G138401--Sobic001G457500 Sobic010G064200 Sobic010G064200 Sobic009G138401--Sobic010G064200 Sobic010G263700 Sobic010G263700 Sobic009G138401--Sobic010G263700 Sobic003G183100 Sobic003G183100 Sobic009G138401--Sobic003G183100 Sobic007G209900 Sobic007G209900 Sobic009G138401--Sobic007G209900 Sobic009G246600 Sobic009G246600 Sobic009G138401--Sobic009G246600 Sobic002G362500 Sobic002G362500 Sobic009G160700--Sobic002G362500 Sobic009G025700 Sobic009G025700 Sobic009G160700--Sobic009G025700 Sobic009G163100 Sobic009G163100 Sobic009G160700--Sobic009G163100 Sobic008G156600 Sobic008G156600 Sobic009G160700--Sobic008G156600 Sobic001G322400 Sobic001G322400 Sobic009G160700--Sobic001G322400 Sobic003G013700 Sobic003G013700 Sobic009G160700--Sobic003G013700 Sobic001G072000 Sobic001G072000 Sobic009G160700--Sobic001G072000 Sobic003G057050 Sobic003G057050 Sobic009G160700--Sobic003G057050 Sobic009G042000 Sobic009G042000 Sobic009G160700--Sobic009G042000 Sobic001G506400 Sobic001G506400 Sobic007G048900--Sobic001G506400 Sobic007G060100 Sobic007G060100 Sobic007G048900--Sobic007G060100 Sobic004G168900 Sobic004G168900 Sobic007G048900--Sobic004G168900 Sobic007G048900--Sobic010G263700 Sobic004G038400 Sobic004G038400 Sobic007G048900--Sobic004G038400 Sobic001G034200 Sobic001G034200 Sobic007G048900--Sobic001G034200 Sobic010G263400 Sobic010G263400 Sobic007G048900--Sobic010G263400 Sobic007G048900--Sobic003G342500 Sobic007G144100 Sobic007G144100 Sobic007G048900--Sobic007G144100 Sobic010G006800 Sobic010G006800 Sobic002G102300--Sobic010G006800 Sobic007G101600 Sobic007G101600 Sobic002G102300--Sobic007G101600 Sobic003G238250 Sobic003G238250 Sobic002G102300--Sobic003G238250 Sobic001G490950 Sobic001G490950 Sobic002G102300--Sobic001G490950 Sobic004G074900 Sobic004G074900 Sobic002G102300--Sobic004G074900 Sobic003G392275 Sobic003G392275 Sobic002G102300--Sobic003G392275 Sobic004G140400 Sobic004G140400 Sobic002G102300--Sobic004G140400 Sobic001G286900 Sobic001G286900 Sobic002G102300--Sobic001G286900 Sobic007G138000 Sobic007G138000 Sobic002G102300--Sobic007G138000 Sobic002G243400 Sobic002G243400 Sobic002G015700--Sobic002G243400 Sobic002G015700--Sobic003G211800 Sobic002G097200 Sobic002G097200 Sobic002G015700--Sobic002G097200 Sobic002G015700--Sobic004G168900 Sobic009G048700 Sobic009G048700 Sobic002G015700--Sobic009G048700 Sobic006G199500 Sobic006G199500 Sobic002G015700--Sobic006G199500 Sobic001G504800 Sobic001G504800 Sobic002G015700--Sobic001G504800 Sobic002G015700--Sobic004G064800 Sobic009G145000 Sobic009G145000 Sobic002G015700--Sobic009G145000
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.