Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G313100.1
Synonym Sb03g036100
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during dark-induced senescence. (PubMedID : 27586543)
helix-loop-helix DNA-binding domain containing protein, expressed
UniProt C5XLL2
Pfam PF00010
Panther DB PTHR12565 PTHR12565:SF164
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G43650 : basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g56690.1 : helix-loop-helix DNA-binding domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a039910
Brachypodium -
Barley -
Wheat TraesCS3B02G344000 , TraesCS3A02G321800 , TraesCS3D02G309500
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G079200 - -
2 Sobic.008G066200 expressed protein -
3 Sobic.009G145600 peroxidase precursor, putative, expressed K00430: peroxidase
4 Sobic.008G066401 - -
5 Sobic.006G008000 O-methyltransferase, putative, expressed -
6 Sobic.006G101100 expressed protein -
7 Sobic.002G012500 DUF538 domain containing protein, putative, expressed -
8 Sobic.009G145700 peroxidase precursor, putative, expressed K00430: peroxidase
9 Sobic.008G022000 Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase, putative, expressed K05928: tocopherol O-methyltransferase
10 Sobic.002G012300 DUF538 domain containing protein, putative, expressed -
11 Sobic.002G063800 transferase family protein, putative, expressed -
12 Sobic.008G158501 - -
13 Sobic.006G235000 expressed protein -
14 Sobic.008G158600 LTPL112 - Protease inhibitor/seed storage/LTP family protein precursor, expressed -
15 Sobic.004G161751 - -
16 Sobic.009G184100 - -
17 Sobic.001G259400 tran- scriptional repressor JASMONATE ZIM-DOMAIN(PubMedID : 25711704)@ZIM domain containing protein, putative, expressed K13464: jasmonate ZIM domain-containing protein
18 Sobic.004G245700 expressed protein -
19 Sobic.001G188800 cysteine-rich repeat secretory protein 55 precursor, putative, expressed -
20 Sobic.009G192600 Protein tyrosine/DOPA decarboxylase 1 (Os)(PubMedID : 27208977)@decarboxylase, putative, expressed K01592: tyrosine decarboxylase


Gene co-expression network
sample Sobic003G313100 Sobic003G313100 Sobic003G079200 Sobic003G079200 Sobic003G313100--Sobic003G079200 Sobic008G066200 Sobic008G066200 Sobic003G313100--Sobic008G066200 Sobic009G145600 Sobic009G145600 Sobic003G313100--Sobic009G145600 Sobic008G066401 Sobic008G066401 Sobic003G313100--Sobic008G066401 Sobic006G008000 Sobic006G008000 Sobic003G313100--Sobic006G008000 Sobic006G101100 Sobic006G101100 Sobic003G313100--Sobic006G101100 Sobic002G012500 Sobic002G012500 Sobic003G313100--Sobic002G012500 Sobic009G145700 Sobic009G145700 Sobic003G313100--Sobic009G145700 Sobic008G022000 Sobic008G022000 Sobic003G313100--Sobic008G022000 Sobic003G079200--Sobic006G008000 Sobic003G079200--Sobic008G066200 Sobic002G012300 Sobic002G012300 Sobic003G079200--Sobic002G012300 Sobic003G079200--Sobic009G145600 Sobic008G158600 Sobic008G158600 Sobic003G079200--Sobic008G158600 Sobic003G079200--Sobic002G012500 Sobic002G063800 Sobic002G063800 Sobic003G079200--Sobic002G063800 Sobic004G161751 Sobic004G161751 Sobic003G079200--Sobic004G161751 Sobic005G086600 Sobic005G086600 Sobic003G079200--Sobic005G086600 Sobic008G066200--Sobic006G008000 Sobic008G066200--Sobic002G012500 Sobic008G066200--Sobic009G145700 Sobic008G066200--Sobic003G079200 Sobic008G066200--Sobic009G145600 Sobic008G066200--Sobic008G066401 Sobic008G066200--Sobic008G022000 Sobic008G066200--Sobic002G012300 Sobic001G188800 Sobic001G188800 Sobic008G066200--Sobic001G188800 Sobic009G145600--Sobic009G145700 Sobic009G145600--Sobic008G066401 Sobic009G145600--Sobic008G066200 Sobic009G145600--Sobic003G079200 Sobic009G145600--Sobic006G008000 Sobic003G043500 Sobic003G043500 Sobic009G145600--Sobic003G043500 Sobic004G245700 Sobic004G245700 Sobic009G145600--Sobic004G245700 Sobic009G145600--Sobic002G012500 Sobic009G200566 Sobic009G200566 Sobic009G145600--Sobic009G200566 Sobic008G066401--Sobic009G145700 Sobic008G066401--Sobic009G145600 Sobic008G066401--Sobic008G066200 Sobic008G066401--Sobic002G012500 Sobic007G169700 Sobic007G169700 Sobic008G066401--Sobic007G169700 Sobic009G184000 Sobic009G184000 Sobic008G066401--Sobic009G184000 Sobic008G066401--Sobic006G008000 Sobic008G066401--Sobic003G043500 Sobic003G362700 Sobic003G362700 Sobic008G066401--Sobic003G362700 Sobic006G008000--Sobic008G066200 Sobic006G008000--Sobic002G012500 Sobic006G008000--Sobic003G079200 Sobic006G008000--Sobic005G086600 Sobic006G008000--Sobic002G012300 Sobic006G008000--Sobic009G145600 Sobic006G008000--Sobic009G145700 Sobic006G008000--Sobic008G022000 Sobic006G008000--Sobic008G066401 Sobic009G192600 Sobic009G192600 Sobic006G101100--Sobic009G192600 Sobic006G101300 Sobic006G101300 Sobic006G101100--Sobic006G101300 Sobic006G101100--Sobic008G066200 Sobic001G259900 Sobic001G259900 Sobic006G101100--Sobic001G259900 Sobic006G101100--Sobic003G313100 Sobic010G082600 Sobic010G082600 Sobic006G101100--Sobic010G082600 Sobic006G101100--Sobic002G012500 Sobic001G259400 Sobic001G259400 Sobic006G101100--Sobic001G259400 Sobic003G142300 Sobic003G142300 Sobic006G101100--Sobic003G142300 Sobic002G012500--Sobic006G008000 Sobic002G012500--Sobic001G259400 Sobic002G012500--Sobic008G066200 Sobic002G012500--Sobic002G012300 Sobic002G012500--Sobic008G066401 Sobic002G012500--Sobic003G079200 Sobic002G012500--Sobic008G022000 Sobic002G012500--Sobic008G158600 Sobic002G012500--Sobic009G145600 Sobic009G145700--Sobic009G145600 Sobic009G145700--Sobic008G066401 Sobic009G145700--Sobic008G066200 Sobic009G145700--Sobic006G008000 Sobic001G112200 Sobic001G112200 Sobic009G145700--Sobic001G112200 Sobic003G043600 Sobic003G043600 Sobic009G145700--Sobic003G043600 Sobic009G145700--Sobic003G043500 Sobic009G145700--Sobic009G184000 Sobic009G145700--Sobic003G079200 Sobic008G022000--Sobic002G012300 Sobic008G022000--Sobic006G008000 Sobic008G022000--Sobic008G066200 Sobic008G022000--Sobic002G012500 Sobic008G158501 Sobic008G158501 Sobic008G022000--Sobic008G158501 Sobic008G022000--Sobic003G079200 Sobic008G022000--Sobic008G158600 Sobic008G036800 Sobic008G036800 Sobic008G022000--Sobic008G036800 Sobic003G426600 Sobic003G426600 Sobic008G022000--Sobic003G426600
Octagon: transcription factors


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