Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G317900.1
Synonym Sb03g036510
Functional annotation lysM domain containing protein, putative
UniProt C5XLQ6
Pfam PF01476
Panther DB PTHR34997 PTHR34997:SF1
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g57400.1 : lysM domain containing protein, putative
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.010G087900 similar to Aquaporin PIP1-6(PubMedID : 29862293)@-(PubMedID : 24879770)@Up-regulated by osmotic stress.(PubMedID : 24879770)@aquaporin protein, putative, expressed K09872: aquaporin PIP
2 Sobic.001G539200 expressed protein -
3 Sobic.003G206400 aldose 1-epimerase, putative, expressed K01785: galM, aldose 1-epimerase
4 Sobic.002G063600 disease resistance protein RPM1, putative -
5 Sobic.002G377600 patatin, putative, expressed -
6 Sobic.001G232700 - -
7 Sobic.010G147200 aluminum-activated malate transporter, putative, expressed -
8 Sobic.002G118801 - -
9 Sobic.006G048100 Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein("PubMedID : 26759170,PubMedID : 24597475")@OsFBK7 - F-box domain and kelch repeat containing protein, expressed -
10 Sobic.002G391800 peroxidase, putative, expressed K00430: peroxidase
11 Sobic.004G029400 periplasmic beta-glucosidase precursor, putative, expressed K05349: beta-glucosidase
12 Sobic.003G337600 WRKY116, expressed -
13 Sobic.005G119900 reticuline oxidase-like protein precursor, putative, expressed -
14 Sobic.003G095100 glycosyltransferase protein, putative, expressed -
15 Sobic.005G222500 phospholipase D, putative, expressed K01115: phospholipase D1/2
16 Sobic.008G020000 - -
17 Sobic.001G187300 SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during dark-induced senescence.(PubMedID : 27586543)@sulfate transporter, putative, expressed -
18 Sobic.010G031700 thaumatin, putative, expressed -
19 Sobic.003G053200 MYB family transcription factor, putative, expressed K09422: transcription factor MYB, plant
20 Sobic.001G231800 glycine-rich cell wall structural protein 2 precursor, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic003G317900 Sobic003G317900 Sobic010G087900 Sobic010G087900 Sobic003G317900--Sobic010G087900 Sobic001G539200 Sobic001G539200 Sobic003G317900--Sobic001G539200 Sobic003G206400 Sobic003G206400 Sobic003G317900--Sobic003G206400 Sobic002G063600 Sobic002G063600 Sobic003G317900--Sobic002G063600 Sobic002G377600 Sobic002G377600 Sobic003G317900--Sobic002G377600 Sobic001G232700 Sobic001G232700 Sobic003G317900--Sobic001G232700 Sobic010G147200 Sobic010G147200 Sobic003G317900--Sobic010G147200 Sobic002G118801 Sobic002G118801 Sobic003G317900--Sobic002G118801 Sobic006G048100 Sobic006G048100 Sobic003G317900--Sobic006G048100 Sobic010G087900--Sobic001G539200 Sobic010G087900--Sobic003G206400 Sobic008G020000 Sobic008G020000 Sobic010G087900--Sobic008G020000 Sobic003G053200 Sobic003G053200 Sobic010G087900--Sobic003G053200 Sobic010G087900--Sobic002G063600 Sobic010G087900--Sobic003G317900 Sobic003G095100 Sobic003G095100 Sobic010G087900--Sobic003G095100 Sobic004G029400 Sobic004G029400 Sobic010G087900--Sobic004G029400 Sobic010G031700 Sobic010G031700 Sobic010G087900--Sobic010G031700 Sobic001G539200--Sobic002G118801 Sobic005G119900 Sobic005G119900 Sobic001G539200--Sobic005G119900 Sobic001G539200--Sobic010G087900 Sobic005G097400 Sobic005G097400 Sobic001G539200--Sobic005G097400 Sobic001G539200--Sobic003G053200 Sobic001G539200--Sobic004G029400 Sobic003G441800 Sobic003G441800 Sobic001G539200--Sobic003G441800 Sobic008G109400 Sobic008G109400 Sobic001G539200--Sobic008G109400 Sobic003G441700 Sobic003G441700 Sobic001G539200--Sobic003G441700 Sobic003G206400--Sobic002G063600 Sobic003G206400--Sobic010G087900 Sobic003G206400--Sobic002G118801 Sobic003G206400--Sobic001G539200 Sobic006G018100 Sobic006G018100 Sobic003G206400--Sobic006G018100 Sobic003G206400--Sobic008G020000 Sobic003G206400--Sobic001G232700 Sobic009G065800 Sobic009G065800 Sobic003G206400--Sobic009G065800 Sobic003G206400--Sobic003G317900 Sobic002G063600--Sobic003G206400 Sobic002G063600--Sobic002G118801 Sobic002G063600--Sobic002G377600 Sobic002G063600--Sobic001G539200 Sobic006G079300 Sobic006G079300 Sobic002G063600--Sobic006G079300 Sobic002G063600--Sobic010G087900 Sobic010G128400 Sobic010G128400 Sobic002G063600--Sobic010G128400 Sobic002G063600--Sobic010G031700 Sobic006G277700 Sobic006G277700 Sobic002G063600--Sobic006G277700 Sobic002G377600--Sobic002G063600 Sobic002G377600--Sobic006G277700 Sobic002G377600--Sobic003G206400 Sobic002G391800 Sobic002G391800 Sobic002G377600--Sobic002G391800 Sobic002G377600--Sobic006G079300 Sobic002G377600--Sobic010G087900 Sobic005G066432 Sobic005G066432 Sobic002G377600--Sobic005G066432 Sobic005G160700 Sobic005G160700 Sobic002G377600--Sobic005G160700 Sobic001G379400 Sobic001G379400 Sobic002G377600--Sobic001G379400 Sobic001G242100 Sobic001G242100 Sobic001G232700--Sobic001G242100 Sobic001G232700--Sobic002G391800 Sobic005G222500 Sobic005G222500 Sobic001G232700--Sobic005G222500 Sobic001G232700--Sobic003G206400 Sobic001G232700--Sobic010G128400 Sobic001G232700--Sobic009G065800 Sobic002G301900 Sobic002G301900 Sobic001G232700--Sobic002G301900 Sobic001G232700--Sobic002G063600 Sobic010G045500 Sobic010G045500 Sobic001G232700--Sobic010G045500 Sobic010G147200--Sobic001G379400 Sobic001G014700 Sobic001G014700 Sobic010G147200--Sobic001G014700 Sobic006G003100 Sobic006G003100 Sobic010G147200--Sobic006G003100 Sobic006G089000 Sobic006G089000 Sobic010G147200--Sobic006G089000 Sobic010G147200--Sobic006G277700 Sobic001G502000 Sobic001G502000 Sobic010G147200--Sobic001G502000 Sobic006G174300 Sobic006G174300 Sobic010G147200--Sobic006G174300 Sobic001G234900 Sobic001G234900 Sobic010G147200--Sobic001G234900 Sobic010G147200--Sobic010G031700 Sobic002G118801--Sobic001G539200 Sobic002G118801--Sobic005G097400 Sobic001G348400 Sobic001G348400 Sobic002G118801--Sobic001G348400 Sobic003G167300 Sobic003G167300 Sobic002G118801--Sobic003G167300 Sobic006G205700 Sobic006G205700 Sobic002G118801--Sobic006G205700 Sobic002G118801--Sobic008G020000 Sobic007G086300 Sobic007G086300 Sobic002G118801--Sobic007G086300 Sobic002G118801--Sobic003G053200 Sobic002G118801--Sobic003G441800 Sobic006G048100--Sobic010G087900 Sobic006G048100--Sobic003G317900 Sobic006G048100--Sobic001G539200 Sobic006G048100--Sobic010G147200 Sobic006G048100--Sobic005G097400 Sobic005G069500 Sobic005G069500 Sobic006G048100--Sobic005G069500 Sobic006G048100--Sobic010G031700 Sobic006G048100--Sobic004G029400 Sobic006G048100--Sobic002G118801
Octagon: transcription factors


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